TkA01G449450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G449450

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 112598975-112600618 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1407 bp · TkA01G449450|TK1151|cDNA

ATGCTCATACCCTTGCTAGCATCACTTTCTCACTTTTGTTCTTCAAACCCAATTCAAGATAGCTTCCATCAATGTCTTTCCACCAATACAAACTCTTTTACTAACCTTCCCAACATATTTTTCACCCCAAAAAACACTTCTTTCACACCCCTTCTAAACTCAACCGCCCAAAATCTCCGTTGCATCGCATCTTATGCAGCAAAACCCGAGGTTATTTTAACCCCGTTACACGAAACCCACATCCAAACCGCAGTTATTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1407 bp · TkA01G449450|TK1151|CDS

ATGCTCATACCCTTGCTAGCATCACTTTCTCACTTTTGTTCTTCAAACCCAATTCAAGATAGCTTCCATCAATGTCTTTCCACCAATACAAACTCTTTTACTAACCTTCCCAACATATTTTTCACCCCAAAAAACACTTCTTTCACACCCCTTCTAAACTCAACCGCCCAAAATCTCCGTTGCATCGCATCTTATGCAGCAAAACCCGAGGTTATTTTAACCCCGTTACACGAAACCCACATCCAAACCGCAGTTATTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

468 aa · TkA01G449450|TK1151|PROTEIN

MLIPLLASLSHFCSSNPIQDSFHQCLSTNTNSFTNLPNIFFTPKNTSFTPLLNSTAQNLRCIASYAAKPEVILTPLHETHIQTAVICAKKLGIQLRVRSGGHDYEGASYTSVMDPPYVVIDLAKLRGINVDIADGSVWVEAGATVGELYYRVAEKSKTHGVPSGLCTSLGVGGHIVGGAYGSMMRKYGLGADNALDAKIIDPNGKILDRKAMGEDVFWALRGGGGGSFGIILSWKLKLVPVPETVTVFNVGRTLEQGATK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G449450`
TK1151 ID	TkA01G449450
OH-1004 ID	LXL04_002379
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G449450

位置 Chr01:112598975-112600618 (-)

描述 Similar to MEE23: Berberine bridge enzyme-like 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30760`	催化肉桂醇的对位羟基化衍生物，即木质素单体对香豆醇、松柏醇和芥子醇的氧化，生成相应醛类。	暂无已核实直接文献
`At2g34790`	对胚乳发育和极核融合必需。	暂无已核实直接文献
`At5g44400`	小檗碱桥酶样蛋白 26。	暂无已核实直接文献
`At5g44390`	小檗碱桥酶样蛋白 25。	暂无已核实直接文献
`At5g44380`	小檗碱桥酶样蛋白 24。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002379 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0045551 cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0050268 coniferyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30760

ath:AT2G34790

ath:AT5G44380

ath:AT5G44390

ath:AT5G44400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.361

排名 1 · TkA01G449450 · TK1151

溶酶体／液泡0.223

排名 2 · TkA01G449450 · TK1151

内质网0.200

排名 3 · TkA01G449450 · TK1151

细胞质0.137

排名 4 · TkA01G449450 · TK1151

细胞膜0.084

排名 5 · TkA01G449450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01565FAD_binding_469-207 aa

PF08031BBE302-318 aa

PF08031BBE382-441 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G449450	`PF01565`	FAD_binding_4	69	207	1.5e-26	93.5
TkA01G449450	`PF08031`	BBE	302	318	2.4e-21	76.1
TkA01G449450	`PF08031`	BBE	382	441	2.4e-21	76.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZA3`	拟南芥	sp\|Q93ZA3\|BBE13_ARATH Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 13	52.000%	Swiss-Prot	高置信
`O64743`	拟南芥	sp\|O64743\|BBE15_ARATH Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 15	52.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKU8`	拟南芥	sp\|Q9FKU8\|BBE26_ARATH Berberine bridge enzyme-like 26	51.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKU9`	拟南芥	sp\|Q9FKU9\|BBE25_ARATH Berberine bridge enzyme-like 25	51.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FKV0`	拟南芥	sp\|Q9FKV0\|BBE24_ARATH Berberine bridge enzyme-like 24	48.100%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情