TkA01G445240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G445240

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 111443374-111446876 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2402 bp · TkA01G445240|TK1151|cDNA

ATGTTGACCACTGCCATTTTTGAGGGTCCTGTGTTTAAGATTTTAGTCATTTTACCCCTCTTCTTACTTGGCATTTCTTCATCAAGATTCAAAAAACACAAAGCCACGTACGCAGCTCTGCATTTTGTTTCAGTCTTTCGTCGGTCTCAGATTCAATACACCACCACCACCTCCGCCGGCACCACCGCATTCCTCCCTATCAGTCCAACTCCATCATTACCCTAGCAACCGACTTTGATGCCAATTTACATCTCTGTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1728 bp · TkA01G445240|TK1151|CDS

ATGGTTGCATCGGCATCAGCATCGGTATCTTCGCTGGTCTGTACATGGTTAGTAGCGTCATGCATGTCATCCACCTGCCAAAATCACCAACAACATTCGTCCATTTTTTCTTCAAAACCGGGATTCAATGGCAGATGTGCTCGTAGACGAAGGCTTTTATCTAAATGCAACGCCAACAAACACCAAAACCCCTCTTTTCCCAGTCTACGAGTATCTAACATTGCAAATAACAATAGTATCGCCACCGAGGGTTTCATGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

575 aa · TkA01G445240|TK1151|PROTEIN

MVASASASVSSLVCTWLVASCMSSTCQNHQQHSSIFSSKPGFNGRCARRRRLLSKCNANKHQNPSFPSLRVSNIANNNSIATEGFMSTSCDRCCYSNGFSLSSSHSFGADSVLGSRNVLVCRRQRRLLSPPLRSGETMAIALQPSMETTAKKKPPTKQRRVVVTGMGVETSIGHTPDEFYNNLLEGVSGISEIEAFDCSNYPTRIAGEIKTFSTDGWVAPKLSKRMDRFMLYMLTSGKKALADGGITESMMNEIDKTRCG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G445240`
TK1151 ID	TkA01G445240
OH-1004 ID	LXL04_027781
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	81.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.957 / OH-1004 99.639 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G445240

位置 Chr01:111443374-111446876 (-)

描述 Similar to KAS2: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74960`	通过加成丙二酰-ACP 的两个碳酰基受体来催化脂肪酸合成缩合反应的必需蛋白。	A KAS2 cDNA complements the phenotypes of the Arabidopsis fab1 mutant that differs in a single residue bordering the substrate binding pocket.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01253.x A Mutant of Arabidopsis Deficient in the Elongation of Palmitic Acid.1994 · DOI: 10.1104/pp.106.1.143 Elevated Levels of High-Melting-Point Phosphatidylglycerols Do Not Induce Chilling Sensitivity in an Arabidopsis Mutant.1995 · DOI: 10.1105/tpc.7.1.17 Modulating seed beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase II level converts the composition of a temperate seed oil to that of a palm-like tropical oil.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611141104 Expression and developmental function of the 3-ketoacyl-ACP synthase2 gene in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1266/ggs.83.143 Low-temperature damage and subsequent recovery of fab1 mutant Arabidopsis exposed to 2 degrees C.1997 · DOI: 10.1104/pp.113.2.347
`At5g46290`	催化脂肪酸合成的缩合反应，通过将来自丙二酰-ACP的两个碳添加到酰基受体上。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010020 chloroplast fission 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0004315 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74960

ath:AT5G46290

cbu:CBU_0497

vch:VC_2019

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.966

排名 1 · TkA01G445240 · TK1151

线粒体0.050

排名 2 · TkA01G445240 · TK1151

细胞质0.018

排名 3 · TkA01G445240 · TK1151

过氧化物酶体0.015

排名 4 · TkA01G445240 · TK1151

细胞核0.014

排名 5 · TkA01G445240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21062Reovirus_L2_4th4-53 aa

PF21062Reovirus_L2_4th81-138 aa

PF00109ketoacyl-synt159-404 aa

PF20589DUF6790267-336 aa

PF00108Thiolase_N301-348 aa

PF02801Ketoacyl-synt_C412-531 aa

PF00108Thiolase_N446-463 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G445240	`PF21062`	Reovirus_L2_4th	4	53	0.85	10.3
TkA01G445240	`PF21062`	Reovirus_L2_4th	81	138	0.85	10.3
TkA01G445240	`PF00109`	ketoacyl-synt	159	404	1.8e-59	202.1
TkA01G445240	`PF20589`	DUF6790	267	336	0.099	13.2
TkA01G445240	`PF00108`	Thiolase_N	301	348	0.0032	17.6
TkA01G445240	`PF02801`	Ketoacyl-synt_C	412	531	2.7e-32	112.0
TkA01G445240	`PF00108`	Thiolase_N	446	463	0.0032	17.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9P4`	拟南芥	sp\|Q9C9P4\|KASC2_ARATH 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II, chloroplastic	69.700%	Swiss-Prot	高置信
`P52410`	拟南芥	sp\|P52410\|KASC1_ARATH 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic	54.300%	Swiss-Prot	高置信

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