TkA01G427140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G427140

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 106651125-106655833 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3309 bp · TkA01G427140|TK1151|cDNA

ATGATATTGCAAATTCACTTGTTACGGGTATCCGTTCACACCTGCCCAGACGGGGAGTCAGATGGAGAAATAGAGGCCATAAGGATCCCAGAGAAGAAGCAAACCAAACATCCAGGTGCCAACGTTGGCCCGAAGAAGCCAGACACCCCTGCAATGACTAAGGCAGCACTTGAAGCTAAAAAGTACCACGAGGCTTTTGAAGAGCTAGACTTTAGATCCCCTTTTACGGATGACATCAACGAAACACCGGTCCCGCAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3309 bp · TkA01G427140|TK1151|CDS

ATGATATTGCAAATTCACTTGTTACGGGTATCCGTTCACACCTGCCCAGACGGGGAGTCAGATGGAGAAATAGAGGCCATAAGGATCCCAGAGAAGAAGCAAACCAAACATCCAGGTGCCAACGTTGGCCCGAAGAAGCCAGACACCCCTGCAATGACTAAGGCAGCACTTGAAGCTAAAAAGTACCACGAGGCTTTTGAAGAGCTAGACTTTAGATCCCCTTTTACGGATGACATCAACGAAACACCGGTCCCGCAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1102 aa · TkA01G427140|TK1151|PROTEIN

MILQIHLLRVSVHTCPDGESDGEIEAIRIPEKKQTKHPGANVGPKKPDTPAMTKAALEAKKYHEAFEELDFRSPFTDDINETPVPQGLKGPRIRMYDGRGDPDDHVHNFQWTIKMIPMNPKLCSLYFAGTLDGSARYWLAIPPPKIIRSFEELKRKFCNSFIQQRRYQQQAHVIFACKQREGESNKQYFKRFNKISQEMPTRNDPMIIAAFTYGLLEGELFRKLVRKEFYSAEEMIVKVNRFLRQETESVEKAKSEGKKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G427140`
TK1151 ID	TkA01G427140
OH-1004 ID	LXL04_016385
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	79.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.274 / OH-1004 38.978 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G427140`
位置	Chr01:106651125-106655833 (+)
描述	Similar to KIN14N: Kinesin-like protein KIN-14N
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_016385` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程 GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程 GO:0009971 anastral spindle assembly involved in male meiosis 生物过程 GO:0051225 spindle assembly 生物过程 GO:0051301 cell division 生物过程 GO:0000776 kinetochore 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005819 spindle 细胞组分 GO:0005871 kinesin complex 细胞组分 GO:0005872 minus-end kinesin complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G05190 ath:AT4G21270 ath:AT4G27180 ath:AT5G54670 dosa:Os07g0105700 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.740

排名 1 · TkA01G427140 · TK1151

细胞核0.295

排名 2 · TkA01G427140 · TK1151

细胞膜0.109

排名 3 · TkA01G427140 · TK1151

线粒体0.084

排名 4 · TkA01G427140 · TK1151

内质网0.046

排名 5 · TkA01G427140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732PEG10_N-capsid92-161 aa

PF17919RT_RNaseH_2148-162 aa

PF00075RNase_H540-563 aa

PF00078RVT_1581-637 aa

PF00078RVT_1639-684 aa

PF17919RT_RNaseH_2693-791 aa

PF17917RT_RNaseH720-820 aa

PF00075RNase_H869-963 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G427140	`PF03732`	PEG10_N-capsid	92	161	0.0065	17.5
TkA01G427140	`PF17919`	RT_RNaseH_2	148	162	3.9e-21	75.7
TkA01G427140	`PF00075`	RNase_H	540	563	2e-05	25.5
TkA01G427140	`PF00078`	RVT_1	581	637	5.3e-14	53.3
TkA01G427140	`PF00078`	RVT_1	639	684	5.3e-14	53.3
TkA01G427140	`PF17919`	RT_RNaseH_2	693	791	3.9e-21	75.7
TkA01G427140	`PF17917`	RT_RNaseH	720	820	4.1e-19	69.4
TkA01G427140	`PF00075`	RNase_H	869	963	2e-05	25.5
TkA01G427140	`PF13456`	RVT_3	873	990	2.7e-20	73.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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