TkA01G422680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G422680

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 105571104-105571644 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

438 bp · TkA01G422680|TK1151|cDNA

ATGCACAACTCATCGACCACCATCCTCGCCACCATCCTACCGCTGCTTTGTCTTCTCTTCCACCATAAAGATCGTTGTTCTCTTCACCCCGTCTCCGTCGGAACTGTAGAAACAAAGCTCGTCAAAACCCGTCTAGAAGCCCTAGATCGTTCTAGCGAAGCCAATCGGAACCTCCCTGGCTGCGGTCCAGGGAGCTCCACCGACCGTACACGTGTCTCTGTCGTCAACGGCCTACGGAAGCAGCGTCAATCGTCTATGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

438 bp · TkA01G422680|TK1151|CDS

ATGCACAACTCATCGACCACCATCCTCGCCACCATCCTACCGCTGCTTTGTCTTCTCTTCCACCATAAAGATCGTTGTTCTCTTCACCCCGTCTCCGTCGGAACTGTAGAAACAAAGCTCGTCAAAACCCGTCTAGAAGCCCTAGATCGTTCTAGCGAAGCCAATCGGAACCTCCCTGGCTGCGGTCCAGGGAGCTCCACCGACCGTACACGTGTCTCTGTCGTCAACGGCCTACGGAAGCAGCGTCAATCGTCTATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

145 aa · TkA01G422680|TK1151|PROTEIN

MHNSSTTILATILPLLCLLFHHKDRCSLHPVSVGTVETKLVKTRLEALDRSSEANRNLPGCGPGSSTDRTRVSVVNGLRKQRQSSMKSFTELRQKMASEHRETVQRSDYTVTGENPDEGTLDNLISTGESETFYRKRFRSKGEGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G422680`
TK1151 ID	TkA01G422680
OH-1004 ID	LXL04_002765
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G422680

位置 Chr01:105571104-105571644 (+)

描述 Similar to SYP121: Syntaxin-121

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11820`	参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。	Arabidopsis SNAREs SYP61 and SYP121 coordinate the trafficking of plasma membrane aquaporin PIP2;7 to modulate the cell membrane water permeability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127159
`At3g52400`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g11250`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61290`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0787000`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	OsSYP121 Accumulates at Fungal Penetration Sites and Mediates Host Resistance to Rice Blast.2019 · DOI: 10.1104/pp.18.01013

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002765 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010148 transpiration 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11250

ath:AT1G61290

ath:AT3G11820

ath:AT3G52400

dosa:Os03g0787000

osa:4334356

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.350

排名 1 · TkA01G422680 · TK1151

细胞核0.312

排名 2 · TkA01G422680 · TK1151

细胞质0.304

排名 3 · TkA01G422680 · TK1151

细胞膜0.116

排名 4 · TkA01G422680 · TK1151

内质网0.083

排名 5 · TkA01G422680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00804Syntaxin38-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G422680	`PF00804`	Syntaxin	38	136	7.9e-28	98.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZSD4`	拟南芥	sp\|Q9ZSD4\|SY121_ARATH Syntaxin-121	62.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVC2`	拟南芥	sp\|Q9SVC2\|SY122_ARATH Syntaxin-122	53.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SXB0`	拟南芥	sp\|Q9SXB0\|SY125_ARATH Syntaxin-125	50.900%	Swiss-Prot	高置信
`O64791`	拟南芥	sp\|O64791\|SY124_ARATH Syntaxin-124	52.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q6F3B4`	水稻	sp\|Q6F3B4\|SY121_ORYSJ Syntaxin-121	58.800%	Swiss-Prot	高置信

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