TkA01G420760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G420760

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 105085563-105085977 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

339 bp · TkA01G420760|TK1151|cDNA

ATGCTAAAGTTGACAGAATCTCTTTTGGCAGCTCAATTTGCAGCAGAAGCCACTCCACGAAGGGTTCATGCAACTCAAAAAGATGATGATATGCCTCCAATTGAAGCCATTCTTGCACCTTTGGAAGCTGAACTTAAGCCGGCTAGACAAGAGATTGCAAAGCTCCCGGATGACAACAAAGCGTTGGATAGATTGACTAAGTCAAAAGAGGCTGCTTTACTTGAAGCTGAGAAGACATTGCATGTTGCAATGGCAAATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

339 bp · TkA01G420760|TK1151|CDS

ATGCTAAAGTTGACAGAATCTCTTTTGGCAGCTCAATTTGCAGCAGAAGCCACTCCACGAAGGGTTCATGCAACTCAAAAAGATGATGATATGCCTCCAATTGAAGCCATTCTTGCACCTTTGGAAGCTGAACTTAAGCCGGCTAGACAAGAGATTGCAAAGCTCCCGGATGACAACAAAGCGTTGGATAGATTGACTAAGTCAAAAGAGGCTGCTTTACTTGAAGCTGAGAAGACATTGCATGTTGCAATGGCAAATGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

112 aa · TkA01G420760|TK1151|PROTEIN

MLKLTESLLAAQFAAEATPRRVHATQKDDDMPPIEAILAPLEAELKPARQEIAKLPDDNKALDRLTKSKEAALLEAEKTLHVAMANASMVDDLQNKNQELMKQIENCQVLSS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G420760`
TK1151 ID	TkA01G420760
OH-1004 ID	LXL04_000198
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	79.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.286 / OH-1004 18.182 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G420760

位置 Chr01:105085563-105085977 (+)

描述 Similar to MAP70.2: Microtubule-associated protein 70-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24764`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g14840`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0640900`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os02g0736100`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os06g0251700`	与微管相互作用的植物特异性蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000198 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005819 spindle 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

GO:0010005 cortical microtubule, transverse to long axis 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14840

ath:AT1G24764

ath:AT1G68060

ath:AT2G01750

dosa:Os02g0736100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.573

排名 1 · TkA01G420760 · TK1151

细胞核0.276

排名 2 · TkA01G420760 · TK1151

细胞膜0.088

排名 3 · TkA01G420760 · TK1151

高尔基体0.063

排名 4 · TkA01G420760 · TK1151

内质网0.059

排名 5 · TkA01G420760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00261Tropomyosin4-31 aa

PF07058MAP708-108 aa

PF28733PII1_coiled_coil25-103 aa

PF30821TANGO1_helical29-90 aa

PF05377FlaC_arch34-63 aa

PF19220Rod_CreS35-101 aa

PF03938OmpH35-105 aa

PF07926TPR_MLP1_239-106 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G420760	`PF00261`	Tropomyosin	4	31	0.055	13.6
TkA01G420760	`PF07058`	MAP70	8	108	1.7e-52	179.7
TkA01G420760	`PF28733`	PII1_coiled_coil	25	103	0.0012	18.0
TkA01G420760	`PF30821`	TANGO1_helical	29	90	3e-05	24.9
TkA01G420760	`PF05377`	FlaC_arch	34	63	0.14	13.4
TkA01G420760	`PF19220`	Rod_CreS	35	101	0.0011	19.0
TkA01G420760	`PF03938`	OmpH	35	105	0.05	14.5
TkA01G420760	`PF07926`	TPR_MLP1_2	39	106	0.0013	19.4
TkA01G420760	`PF00261`	Tropomyosin	41	108	0.055	13.6
TkA01G420760	`PF25443`	ANG-1	48	108	0.0017	19.3
TkA01G420760	`PF20045`	DUF6447	49	99	0.057	13.9
TkA01G420760	`PF06746`	DUF1216	52	109	0.017	15.8
TkA01G420760	`PF05377`	FlaC_arch	87	106	0.14	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7S4`	拟南芥	sp\|Q8L7S4\|MP702_ARATH Microtubule-associated protein 70-2	72.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LQU7`	拟南芥	sp\|Q9LQU7\|MP704_ARATH Microtubule-associated protein 70-4	84.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QLI6`	水稻	sp\|Q2QLI6\|MP701_ORYSJ Microtubule-associated protein 70-1	74.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z746`	水稻	sp\|Q6Z746\|MP702_ORYSJ Microtubule-associated protein 70-2	73.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q653N3`	水稻	sp\|Q653N3\|MP703_ORYSJ Microtubule-associated protein 70-3	74.200%	Swiss-Prot	高置信

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