TkA01G410890 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G410890

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 102504206-102514598 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2562 bp · TkA01G410890|TK1151|cDNA

ATGTCGACCTCTGGAAACACCCTCGAAGCCGAATCTCAATCCCCGAGGCGCCTCATCGGTTTCTTCTCCATGGCGATTTCTCTTCTCCATACAGGTGAGAATGACATGATTAGGGAAGCTGGAGATGATCCAAATGCAAATGGCACTCTTTCTAATACACCACAGAAGTTTAAAAAACGACGTGGGTTGAAAGGAAAATATATTAATTTTGATTCTGCAAGTAAGCTAGACAGTTTGACAAAAGGAAAGGATTCAGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2562 bp · TkA01G410890|TK1151|CDS

ATGTCGACCTCTGGAAACACCCTCGAAGCCGAATCTCAATCCCCGAGGCGCCTCATCGGTTTCTTCTCCATGGCGATTTCTCTTCTCCATACAGGTGAGAATGACATGATTAGGGAAGCTGGAGATGATCCAAATGCAAATGGCACTCTTTCTAATACACCACAGAAGTTTAAAAAACGACGTGGGTTGAAAGGAAAATATATTAATTTTGATTCTGCAAGTAAGCTAGACAGTTTGACAAAAGGAAAGGATTCAGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

853 aa · TkA01G410890|TK1151|PROTEIN

MSTSGNTLEAESQSPRRLIGFFSMAISLLHTGENDMIREAGDDPNANGTLSNTPQKFKKRRGLKGKYINFDSASKLDSLTKGKDSEFTLEPKGCNGHFKLENSTPMEAKSELEDVMGDSDWEDGSNPNLNSETGHENHINKDISIEIDASPDNYNYLPETPHHCSNHRTTAVGTANAVTTAAKLSNWKLKTLSVGGRLTLIKSVLSSLPLYNMSLFKVPMGILKTLEQVRSRFFRGVDRAGKKMAWISWDKVCASKQKGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G410890`
TK1151 ID	TkA01G410890
OH-1004 ID	LXL04_002918
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.423 / OH-1004 86.656 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G410890

位置 Chr01:102504206-102514598 (-)

描述 Similar to At1g65750: Putative ribonuclease H protein At1g65750

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75340`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 16。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002918 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0004523 RNA-DNA hybrid ribonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.634

排名 1 · TkA01G410890 · TK1151

细胞质0.342

排名 2 · TkA01G410890 · TK1151

细胞膜0.068

排名 3 · TkA01G410890 · TK1151

内质网0.051

排名 4 · TkA01G410890 · TK1151

高尔基体0.043

排名 5 · TkA01G410890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13966zf-RVT176-190 aa

PF13966zf-RVT410-475 aa

PF13966zf-RVT568-576 aa

PF00642zf-CCCH574-586 aa

PF18345zf_CCCH_4574-585 aa

PF00642zf-CCCH666-676 aa

PF27634Amo1_N673-724 aa

PF00642zf-CCCH694-701 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G410890	`PF13966`	zf-RVT	176	190	2.6e-14	54.4
TkA01G410890	`PF13966`	zf-RVT	410	475	2.6e-14	54.4
TkA01G410890	`PF13966`	zf-RVT	568	576	2.6e-14	54.4
TkA01G410890	`PF00642`	zf-CCCH	574	586	0.033	14.8
TkA01G410890	`PF18345`	zf_CCCH_4	574	585	0.34	11.8
TkA01G410890	`PF00642`	zf-CCCH	666	676	0.033	14.8
TkA01G410890	`PF27634`	Amo1_N	673	724	6.9e-06	27.2
TkA01G410890	`PF00642`	zf-CCCH	694	701	0.033	14.8
TkA01G410890	`PF18345`	zf_CCCH_4	695	700	0.34	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWS3`	拟南芥	sp\|Q9FWS3\|C3H16_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 16	49.700%	Swiss-Prot	低置信

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