RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G407370
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 101683291-101684315 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

636 bp · TkA01G407370|TK1151|cDNA

ATGCTTTTGGATCTCGGCATCATCGCCATCTTAGACATCGGTCTCCTGAAGGCCTGGCTGAAATTGTTATGCTCCAACGAAATCTACTTATGGGGGGGACGATTAGATCATGATCGATATAGGGACTGGAGACTTGATGTTGATACTATGTCTTATAAGGAGTTGCTGGAGCTTGGTGACAAAATTGGTTACGTGAGCACTGGTTTAAGAGAAGATGAGATCGGTTGCTGTGTTAGAAAAACCAAGCCTCCAAATATGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

417 bp · TkA01G407370|TK1151|CDS

ATGCTTTTGGATCTCGGCATCATCGCCATCTTAGACATCGGTCTCCTGAAGGCCTGGCTGAAATTGTTATGCTCCAACGAAATCTACTTATGGGGGGGACGATTAGATCATGATCGATATAGGGACTGGAGACTTGATGTTGATACTATGTCTTATAAGGAGTTGCTGGAGCTTGGTGACAAAATTGGTTACGTGAGCACTGGTTTAAGAGAAGATGAGATCGGTTGCTGTGTTAGAAAAACCAAGCCTCCAAATATGTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

138 aa · TkA01G407370|TK1151|PROTEIN

MLLDLGIIAILDIGLLKAWLKLLCSNEIYLWGGRLDHDRYRDWRLDVDTMSYKELLELGDKIGYVSTGLREDEIGCCVRKTKPPNMSDCKSSPHFPNEMQWKCTICQVSLAIEIKPFSTYTGIIYKSTYKRYSSDINL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G407370
TK1151 IDTkA01G407370
OH-1004 IDLXL04_002980
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 85.507 / OH-1004 46.825
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G407370
位置Chr01:101683291-101684315 (-)
描述Similar to RHG1A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g42940 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At2g15530 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500
At4g34040 E3 泛素蛋白连接酶通过以 RING-H2 依赖性方式靶向 MED25 降解，充当 MED25 稳定性调节剂。
Proteasome-mediated turnover of Arabidopsis MED25 is coupled to the activation of FLOWERING LOCUS T transcription.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.205500

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0648800 可能的E3泛素蛋白连接酶，作用于HAL3下游，并且对HAL3调控的植物生长必需。 暂无已核实直接文献
Os01g0667700 可能的 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002980 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0061659 ubiquitin-like protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G15530
ath:AT4G34040
ath:AT5G42940
dosa:Os04g0648800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.379
排名 1 · TkA01G407370 · TK1151
细胞质0.326
排名 2 · TkA01G407370 · TK1151
线粒体0.169
排名 3 · TkA01G407370 · TK1151
细胞膜0.076
排名 4 · TkA01G407370 · TK1151
细胞外0.073
排名 5 · TkA01G407370 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20823Cmr2_Zn-bd16-48 aa
PF20823Cmr2_Zn-bd101-112 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G407370PF20823Cmr2_Zn-bd16480.02515.3
TkA01G407370PF20823Cmr2_Zn-bd1011120.02515.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FMM4拟南芥sp|Q9FMM4|RHG1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHG1A42.700%Swiss-Prot中等置信
Q9ZQF9拟南芥sp|Q9ZQF9|MBR1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR147.900%Swiss-Prot中等置信
O49500拟南芥sp|O49500|MBR2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MBR245.300%Swiss-Prot中等置信
Q7XTV7水稻sp|Q7XTV7|HIP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase HIP151.800%Swiss-Prot低置信
Q5QLR5水稻sp|Q5QLR5|ZFP1_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase ZFP141.900%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看