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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G394320
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 98362541-98366405 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1242 bp · TkA01G394320|TK1151|cDNA

ATGGGAATTGAAGCCGGGGAGTCCTCCGGTGCCGGACGTCCTGAGACGAGTAGTGGTGGAGAAGATGCCGGTCCCACTACCACCCCAACCACTACCTCCAACCCCGTGCGCCGGCGATTCCCGCTGGCTGCTCAGCCGGAGATAATGAGAGCGGCGCAGAAGGATGACCAGTATGCTTCTTTCGTCTACGAGGCCTGTCGTACAAGGGCAGCTATATCGTATCAGAGTGAGACAAAACTATTGGGGCAAATGCTGTATTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1242 bp · TkA01G394320|TK1151|CDS

ATGGGAATTGAAGCCGGGGAGTCCTCCGGTGCCGGACGTCCTGAGACGAGTAGTGGTGGAGAAGATGCCGGTCCCACTACCACCCCAACCACTACCTCCAACCCCGTGCGCCGGCGATTCCCGCTGGCTGCTCAGCCGGAGATAATGAGAGCGGCGCAGAAGGATGACCAGTATGCTTCTTTCGTCTACGAGGCCTGTCGTACAAGGGCAGCTATATCGTATCAGAGTGAGACAAAACTATTGGGGCAAATGCTGTATTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

413 aa · TkA01G394320|TK1151|PROTEIN

MGIEAGESSGAGRPETSSGGEDAGPTTTPTTTSNPVRRRFPLAAQPEIMRAAQKDDQYASFVYEACRTRAAISYQSETKLLGQMLYYILTTGAGQQTLGEEYCDVTQVAGLHGLPPTPARRALFIVYQSAVPYIAERVSSRIASRGIALTESMSDDIHGQQASSSSSSSSSSSSSSSSPVVSISPLSRLKEKISSLWLHTVERWPAMLPLAREFLQLLLRANLMFFYFEGLYYHISKRAAGIRYVFIGKPMNQRPRYQIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G394320
TK1151 IDTkA01G394320
OH-1004 IDLXL04_003093
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)87.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.400 / OH-1004 99.767
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G394320
位置Chr01:98362541-98366405 (-)
描述Similar to PEX10: Peroxisome biogenesis factor 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g26350 E3 泛素-蛋白连接酶，作为逆转运通道的组成部分，通过介导 PEX5 受体从过氧化物酶体向细胞质的转运以调控过氧化物酶体组织，从而促进 PEX5 的循环。
AthPEX10, a nuclear gene essential for peroxisome and storage organelle formation during Arabidopsis embryogenesis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1633697100
An Arabidopsis pex10 null mutant is embryo lethal, implicating peroxisomes in an essential role during plant embryogenesis.2003 · DOI: 10.1104/pp.103.031252
Requirement of the C3HC4 zinc RING finger of the Arabidopsis PEX10 for photorespiration and leaf peroxisome contact with chloroplasts.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0610402104
Functional classification of Arabidopsis peroxisome biogenesis factors proposed from analyses of knockdown mutants.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm053
Different functions of the C3HC4 zinc RING finger peroxins PEX10, PEX2, and PEX12 in peroxisome formation and matrix protein import.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1009174107
Arabidopsis RING peroxins are E3 ubiquitin ligases that interact with two homologous ubiquitin receptor proteins(F).2013 · DOI: 10.1111/jipb.12014
Peroxisomal ubiquitin-protein ligases peroxin2 and peroxin10 have distinct but synergistic roles in matrix protein import and peroxin5 retrotranslocation in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1104/pp.114.247148

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003093 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程
GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程
GO:0007031 peroxisome organization 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009853 photorespiration 生物过程
GO:0010381 peroxisome-chloroplast membrane tethering 生物过程
GO:0016558 protein import into peroxisome matrix 生物过程
GO:0016562 protein import into peroxisome matrix, receptor recycling 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G26350
ddi:DDB_G0282693
hsa:5192
xla:108697631
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.704
排名 1 · TkA01G394320 · TK1151
线粒体0.119
排名 2 · TkA01G394320 · TK1151
细胞核0.114
排名 3 · TkA01G394320 · TK1151
内质网0.104
排名 4 · TkA01G394320 · TK1151
细胞质0.092
排名 5 · TkA01G394320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04757Pex2_Pex1268-276 aa
PF04564U-box184-195 aa
PF13920zf-C3HC4_3339-384 aa
PF12678zf-rbx1339-379 aa
PF11789zf-Nse339-378 aa
PF13639zf-RING_2340-379 aa
PF13923zf-C3HC4_2340-378 aa
PF14634zf-RING_5340-379 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G394320PF04757Pex2_Pex12682763.4e-35122.4
TkA01G394320PF04564U-box1841950.08713.7
TkA01G394320PF13920zf-C3HC4_33393841.6e-0938.1
TkA01G394320PF12678zf-rbx13393791.7e-0525.7
TkA01G394320PF11789zf-Nse3393783.58.3
TkA01G394320PF13639zf-RING_23403793.1e-1040.9
TkA01G394320PF13923zf-C3HC4_23403783.1e-0834.0
TkA01G394320PF14634zf-RING_53403796.8e-0523.5
TkA01G394320PF14835zf-RING_63403810.2611.9
TkA01G394320PF00097zf-C3HC43413785.4e-0833.3
TkA01G394320PF13445zf-RING_UBOX3413761.2e-0629.1
TkA01G394320PF24921RING_XB3-XBAT313413821.2e-0525.9
TkA01G394320PF15227zf-C3HC4_43413782.9e-0524.8
TkA01G394320PF14447Prok-RING_43413820.0007420.1
TkA01G394320PF16685zf-RING_103413800.2412.2
TkA01G394320PF17123zf-RING_113413651.49.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SYU4拟南芥sp|Q9SYU4|PEX10_ARATH Peroxisome biogenesis factor 1068.100%Swiss-Prot高置信

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