TkA01G383790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G383790

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 95793376-95795297 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1098 bp · TkA01G383790|TK1151|cDNA

TTCGTGTATCAATTTCGCATGGCTACGGTATTTCAACAATAAACCCGTGGATTCACGCCACCGTTATGAGAAACGTCAAACAACTTGACTTGAAGTTTGCTTCCGATTGGGAGTCTGAGGAGATGGTGATGCCCCACTGCGCTTCGTTGGAGACAAATTGGATCGTCTTTGTATTTCATGCCCAAATCTCAAGAAGCTGAAAATTTCCAACGGCGACGTGCGTGATTGTATTAAGATCTATTGCCCAAAACTGGTGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1284 bp · TkA01G383790|TK1151|CDS

ATGAAGAAATCCAACAGGAGAAAGGCATCAAAACATGAGGATGAGGACATGGCTGATTTGATTAGCAACTTGCCAGATCACATCCTTCTTTTGATTCTCTCGGGACTTCCATCTACCGAAGAAATAATCCGAACAAGCATTTTGTCCAGGCGATGGAGGTATTTGTGGAATTCAATTCCCTCTCTAGACTTGGTATATCCCGGAGGATGGAAGCACTCAAGAATATCGAACTATAGCAAATTCAAAGAATTTGTTGACTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

427 aa · TkA01G383790|TK1151|PROTEIN

MKKSNRRKASKHEDEDMADLISNLPDHILLLILSGLPSTEEIIRTSILSRRWRYLWNSIPSLDLVYPGGWKHSRISNYSKFKEFVDWVLLNRCADLDSFRVSISHGYGISTINPWIHATVMRNVKQLDLKFASDWESEEMVMPHCASLEVLSLCCTNRRLIFPRSSGFPSLRVLKLQFVELLDSDSVKDFLENCIMLEDLTLDTCRLDKLDRLCISCPNLKKLKISNGDVRDCIKIYCPKLVFMELIAVTTTQFIVERID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G383790`
TK1151 ID	TkA01G383790
OH-1004 ID	LXL04_003230
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.721 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G383790

位置 Chr01:95793376-95795297 (-)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10400`	与FBD相关的F-box蛋白At4g10400。	暂无已核实直接文献
`At1g78760`	推测的 F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78760。	暂无已核实直接文献
`At1g78750`	F-box/FBD/LRR 重复蛋白 At1g78750。	暂无已核实直接文献
`At1g69630`	F-box/LRR重复蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At1g16940`	推测的 F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g16940。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003230 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10400

ath:AT4G15060

ath:AT5G02700

ath:AT5G56690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.779

排名 1 · TkA01G383790 · TK1151

细胞质0.258

排名 2 · TkA01G383790 · TK1151

细胞膜0.052

排名 3 · TkA01G383790 · TK1151

内质网0.048

排名 4 · TkA01G383790 · TK1151

质体0.024

排名 5 · TkA01G383790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF118-55 aa

PF00646F-box21-60 aa

PF12937F-box-like21-57 aa

PF23598LRR_1495-177 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1107-347 aa

PF12799LRR_4110-129 aa

PF24758LRR_At5g56370114-241 aa

PF29594LRR_SKP2118-208 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G383790	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	18	55	7.5e-11	42.7
TkA01G383790	`PF00646`	F-box	21	60	6.8e-07	29.7
TkA01G383790	`PF12937`	F-box-like	21	57	5.7e-06	26.7
TkA01G383790	`PF23598`	LRR_14	95	177	0.0048	16.4
TkA01G383790	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	107	347	7.5e-11	42.7
TkA01G383790	`PF12799`	LRR_4	110	129	0.0093	16.9
TkA01G383790	`PF24758`	LRR_At5g56370	114	241	1.6e-13	51.5
TkA01G383790	`PF29594`	LRR_SKP2	118	208	0.088	12.8
TkA01G383790	`PF12799`	LRR_4	147	178	0.0093	16.9
TkA01G383790	`PF00646`	F-box	148	156	6.8e-07	29.7
TkA01G383790	`PF23598`	LRR_14	161	227	0.0048	16.4
TkA01G383790	`PF12799`	LRR_4	197	227	0.0093	16.9
TkA01G383790	`PF00646`	F-box	206	217	6.8e-07	29.7
TkA01G383790	`PF29594`	LRR_SKP2	208	234	0.088	12.8
TkA01G383790	`PF24758`	LRR_At5g56370	285	345	1.6e-13	51.5
TkA01G383790	`PF12799`	LRR_4	304	317	0.0093	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV82`	拟南芥	sp\|Q9SV82\|FBD40_ARATH FBD-associated F-box protein At4g10400	30.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZV94`	拟南芥	sp\|Q9ZV94\|FDL11_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78760	26.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZV93`	拟南芥	sp\|Q9ZV93\|FDL10_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g78750	27.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FWZ1`	拟南芥	sp\|Q9FWZ1\|FBL13_ARATH F-box/LRR-repeat protein 13	28.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FZ53`	拟南芥	sp\|Q9FZ53\|FDL4_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g16940	24.600%	Swiss-Prot	低置信

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