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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G380380
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 95012682-95014490 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1736 bp · TkA01G380380|TK1151|cDNA

CATTCCCAACCCATGGCTATCGGATCCGAGAGGCCGCGGATACTAGCGAGGTTCTGTGGCGAAATATTGTAGACTCCGTGCAGCCTTACAAAATGTGGATGCAAAAATCAAGCAAATTTCAGCAAGACGTTCAAAGAATAGGGGTCCAAAAGTAAATTACCCCTAAAACACCGGCACAGAATAAATCTACCGACTATCGATCCTCCATGTCCAGAAATCAAATCTCACTCTGCTTAGCTCTTTGATCAGCCAGTTGCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

966 bp · TkA01G380380|TK1151|CDS

ATGACAGCCATTGATGCTGTTACCTCGAAACTGGAGAAATCGGCTAAGATATTTGTCGCCGGCCACCGCGGCCTAGTCGGATCTGCTATCGTACGACGCCTGCGAACCGTCGGCTATACCAATCTCATTATCCGGTCACACACCGAACTAGATCTCACCAACCAGTCCGCCGTCAAAACATTCTTCTCTCTGGAAAAACCCCAATACGTGATCCTCGCAGCAGCCAAAGTCGGTGGGATCCACGCCAACAGCACCTACCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

321 aa · TkA01G380380|TK1151|PROTEIN

MTAIDAVTSKLEKSAKIFVAGHRGLVGSAIVRRLRTVGYTNLIIRSHTELDLTNQSAVKTFFSLEKPQYVILAAAKVGGIHANSTYPADFIAINLQIQTNVIDSAYRYGTKKLVFLGSSCIYPKHAPQPIPESSLLTGPLEPTNEWYAIAKIAGIKMCQAYRIQYNWDAISAMPTNLYGPNDNFHPENSHVLPALMRRFHEAKVAGSKEVVVWGTGSALREFLHVDDLADAVVFLLENYSDLGHVNVGSGKEVSIKELAE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G380380
TK1151 IDTkA01G380380
OH-1004 IDLXL04_003262
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G380380
位置Chr01:95012682-95014490 (-)
描述Similar to GER2: Putative GDP-L-fucose synthase 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g17890 催化 GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向 GDP-岩藻糖的两步 NADP 依赖性转化，涉及差向异构酶和还原酶反应。 暂无已核实直接文献
At1g73250 催化GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向GDP-岩藻糖的两步NADP依赖性转化，涉及表异构酶和还原酶反应。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0652400 催化GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向GDP-岩藻糖的两步NADP依赖性转化，涉及表异构酶和还原酶反应。 暂无已核实直接文献
Os06g0652300 催化GDP-4-脱氢-6-脱氧-D-甘露糖向GDP-岩藻糖的两步NADP依赖性转化，涉及表异构酶和还原酶反应。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003262 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006005 L-fucose biosynthetic process 生物过程
GO:0042351 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0016853 isomerase activity 分子功能
GO:0050577 GDP-L-fucose synthase activity 分子功能
GO:0070401 NADP+ binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G17890
ath:AT1G73250
dosa:Os06g0652300
dosa:Os06g0652400
rhi:NGR_a00420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.699
排名 1 · TkA01G380380 · TK1151
细胞核0.274
排名 2 · TkA01G380380 · TK1151
过氧化物酶体0.126
排名 3 · TkA01G380380 · TK1151
线粒体0.091
排名 4 · TkA01G380380 · TK1151
质体0.046
排名 5 · TkA01G380380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA15-115 aa
PF04321RmlD_sub_bind16-159 aa
PF01370Epimerase17-248 aa
PF02719Polysacc_synt_217-53 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd18-45 aa
PF16363GDP_Man_Dehyd49-305 aa
PF02719Polysacc_synt_251-117 aa
PF05368NmrA221-267 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G380380PF05368NmrA151150.2311.8
TkA01G380380PF04321RmlD_sub_bind161592.5e-0834.1
TkA01G380380PF01370Epimerase172489.7e-67225.6
TkA01G380380PF02719Polysacc_synt_217530.0003820.5
TkA01G380380PF16363GDP_Man_Dehyd18455.9e-2176.0
TkA01G380380PF16363GDP_Man_Dehyd493055.9e-2176.0
TkA01G380380PF02719Polysacc_synt_2511170.0003820.5
TkA01G380380PF05368NmrA2212670.2311.8
TkA01G380380PF02719Polysacc_synt_22232690.0003820.5
TkA01G380380PF04321RmlD_sub_bind2242682.5e-0834.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LMU0拟南芥sp|Q9LMU0|FCL2_ARATH Putative GDP-L-fucose synthase 278.800%Swiss-Prot高置信
O49213拟南芥sp|O49213|FCL1_ARATH GDP-L-fucose synthase 177.900%Swiss-Prot高置信
Q67WR2水稻sp|Q67WR2|FCL1_ORYSJ Probable GDP-L-fucose synthase 174.800%Swiss-Prot高置信
Q67WR5水稻sp|Q67WR5|FCL2_ORYSJ Putative GDP-L-fucose synthase 257.900%Swiss-Prot高置信

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