TkA01G370060 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G370060

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 92205136-92209536 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2372 bp · TkA01G370060|TK1151|cDNA

CGGACACAACTCCACTGTATGTGTTTGAGAGAGAGAGACTTTGGACTTACACATCTTCTACGCTTTTTTGCTGCTTTTCAAAAAGCGAACCAAATACTCTTTTGGATTATTTATATTTTCCAAATTCCAAATCTCTCTTCTTTCAACAACATCATCCAAGCATTGCCTCTTGAATTCGACATCAAATCCACAGAATAAGACCGCCATCGGTTGTTAATTACTTGCTGCTCGCATGTTCTGTTGACGAGCTCTAACCAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · TkA01G370060|TK1151|CDS

ATGACAAGGATGGGCCGTGATTTCAGCTACACAACTCAAAGAGACGCAGTTTCCCCAGTATCAGCAGATGTTTTATTTGCATCCAGTCGATTTCCAAATTCCAAAAATAGAACTAATGACAACATGTTGGAGGTGAAAGAAGATACAAAGTTAGTTACAATGAGGGAGTTAACTCGACATGAAACTGCCCAATTGCTAGATCAGCAAAACCGGTTATCTGTTCGTGATCTTGCCAGTAAATTTGAAAAGGGTTTAGCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

496 aa · TkA01G370060|TK1151|PROTEIN

MTRMGRDFSYTTQRDAVSPVSADVLFASSRFPNSKNRTNDNMLEVKEDTKLVTMRELTRHETAQLLDQQNRLSVRDLASKFEKGLAAAAKLSDENKLRDVVSLEKHVLLEKLKDALESLKGRAVGKNKDDVEEAIAMVEALSGQLTQREGELVQEKAEVKKLASFLKQASEDAKKLVDEERAFARTEIEKARDAVQRVEEALQEQERMSRATGTQDVEELMKEVQEARRIKMLHQPSKVMDMEHELQALRTQLAEKSKCS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G370060`
TK1151 ID	TkA01G370060
OH-1004 ID	LXL04_014763
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.992 / OH-1004 99.393 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G370060

位置 Chr01:92205136-92209536 (-)

描述 Similar to SCAB1: Stomatal closure-related actin-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26770`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白，可捆绑和稳定微丝。	The plant-specific actin binding protein SCAB1 stabilizes actin filaments and regulates stomatal movement in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.086546
`At2g40820`	可能是植物特有的肌动蛋白结合蛋白，能束缚和稳定微丝（MFs）。	暂无已核实直接文献
`At3g56480`	可能是植物特有的肌动蛋白结合蛋白，能束缚和稳定微丝（MFs）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014763 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26770

ath:AT2G40820

ath:AT3G56480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540

排名 1 · TkA01G370060 · TK1151

细胞核0.262

排名 2 · TkA01G370060 · TK1151

细胞膜0.234

排名 3 · TkA01G370060 · TK1151

高尔基体0.107

排名 4 · TkA01G370060 · TK1151

内质网0.070

排名 5 · TkA01G370060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16711SCAB-ABD54-96 aa

PF16712SCAB_CC56-96 aa

PF16493Meis_PKNOX_N96-124 aa

PF16711SCAB-ABD97-111 aa

PF16712SCAB_CC100-267 aa

PF27375AF_0414100-120 aa

PF26213TYRAAT1_C109-132 aa

PF01580FtsK_SpoIIIE128-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G370060	`PF16711`	SCAB-ABD	54	96	2.9e-20	72.6
TkA01G370060	`PF16712`	SCAB_CC	56	96	2.7e-77	259.1
TkA01G370060	`PF16493`	Meis_PKNOX_N	96	124	0.72	11.1
TkA01G370060	`PF16711`	SCAB-ABD	97	111	2.9e-20	72.6
TkA01G370060	`PF16712`	SCAB_CC	100	267	2.7e-77	259.1
TkA01G370060	`PF27375`	AF_0414	100	120	2.6	9.1
TkA01G370060	`PF26213`	TYRAAT1_C	109	132	7.9	7.0
TkA01G370060	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	128	175	4.7	7.3
TkA01G370060	`PF27375`	AF_0414	154	190	2.6	9.1
TkA01G370060	`PF26213`	TYRAAT1_C	183	207	7.9	7.0
TkA01G370060	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	185	229	4.7	7.3
TkA01G370060	`PF16493`	Meis_PKNOX_N	189	258	0.72	11.1
TkA01G370060	`PF26213`	TYRAAT1_C	240	261	7.9	7.0
TkA01G370060	`PF16709`	SCAB-Ig	281	378	1e-41	141.7
TkA01G370060	`PF23197`	IG_AIR9	307	346	0.029	14.9
TkA01G370060	`PF17684`	SCAB-PH	381	488	6.2e-57	191.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48791`	拟南芥	sp\|O48791\|SCAB1_ARATH Stomatal closure-related actin-binding protein 1	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`F4IIZ9`	拟南芥	sp\|F4IIZ9\|SCAB2_ARATH Stomatal closure-related actin-binding protein 2	47.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GX05`	拟南芥	sp\|Q8GX05\|SCAB3_ARATH Stomatal closure-related actin-binding protein 3	48.600%	Swiss-Prot	中等置信

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