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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G355460
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 88262556-88265100 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1667 bp · TkA01G355460|TK1151|cDNA

TTTCAACGGGTGTATATAGAATCCTCCTCCAAAAAGTGGTGTGCTCAAAACGGACGATCCGAAGAAGACACCTCTCTCCTCTCACTCTCTTTCTCTCTCTCTAGAACCTTCGTGTTTAGGTTGATGAATTCCCCACCCCTTTCTTTTCCTCTCTTTTTGCAGCATAACGAGATGGTATTATGACATTAAAGAACGAAAAGCTATGTTCTTTATGCCCAGCTTTTTGTTAAATTTTCAACTAATTTGTAATTAATATAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · TkA01G355460|TK1151|CDS

ATGGCTGTGATTGAGAATGGTGGGTCGAATAATCACGTCGAACCGAACGACGTCGATCAGTCAAAATCCTTGATTTCGAAATCAAGGTCAAGTGATCAGCACCAGAGTTCTGATCAGCAGAAGACAGCAATTAACGGAAATGGTAATCTGGTATACGGCAACAACGGTGTCTCAAACAATCATCATCAGCATCAGATGGCGGTGAATGGCGTCGATCATCATAACCAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGACGGGTTTAAAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

367 aa · TkA01G355460|TK1151|PROTEIN

MAVIENGGSNNHVEPNDVDQSKSLISKSRSSDQHQSSDQQKTAINGNGNLVYGNNGVSNNHHQHQMAVNGVDHHNQEEEEEEDGFKKEMRDLAEMLSNLNPMAAEFVPPSLSNNYTRPLLVPPSPTAHFGYTAINNFLLQTNGTTFTNSNGTTRLKKSSFSHGKRRMNSRTSMAQREDVIKRTVYVSDIDHQVTEEQLAALFIGCGQVVDCRVCGDPNSVLRFAFIEFTDEEGARNALALGGTMLGYYPVRVLPSKTAIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G355460
TK1151 IDTkA01G355460
OH-1004 IDLXL04_035395
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)83.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 77.657 / OH-1004 70.663
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G355460
位置Chr01:88262556-88265100 (+)
描述Similar to CID11: Polyadenylate-binding protein-interacting protein 11
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g10610 在体外结合核酸。
A new Arabidopsis nucleic-acid-binding protein gene is highly expressed in dividing cells during development.1997 · DOI: 10.1023/a:1005834402536
At1g32790 与聚腺苷酸结合蛋白相互作用蛋白 11。 暂无已核实直接文献
At3g49390 与多腺苷酸结合蛋白相互作用的蛋白 10。 暂无已核实直接文献
At3g14450 多腺苷酸结合蛋白相互作用蛋白9。 暂无已核实直接文献
At1g53650 聚腺苷酸结合蛋白相互作用蛋白 8。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035395 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32790
ath:AT1G53650
ath:AT3G14450
ath:AT3G49390
ath:AT4G10610
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550
排名 1 · TkA01G355460 · TK1151
细胞核0.438
排名 2 · TkA01G355460 · TK1151
细胞膜0.134
排名 3 · TkA01G355460 · TK1151
内质网0.039
排名 4 · TkA01G355460 · TK1151
溶酶体／液泡0.031
排名 5 · TkA01G355460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07145PAM295-110 aa
PF16842RRM_occluded182-244 aa
PF23085RRM_PARP14_3182-236 aa
PF24572RBD_RDR6182-213 aa
PF00076RRM_1184-246 aa
PF09063Phage_coat201-201 aa
PF24572RBD_RDR6220-240 aa
PF09063Phage_coat274-321 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G355460PF07145PAM2951104.8e-0523.5
TkA01G355460PF16842RRM_occluded1822440.03314.8
TkA01G355460PF23085RRM_PARP14_31822360.04614.5
TkA01G355460PF24572RBD_RDR61822130.2112.4
TkA01G355460PF00076RRM_11842464.2e-2381.7
TkA01G355460PF09063Phage_coat2012010.212.3
TkA01G355460PF24572RBD_RDR62202400.2112.4
TkA01G355460PF09063Phage_coat2743210.212.3
TkA01G355460PF16842RRM_occluded2783310.03314.8
TkA01G355460PF23085RRM_PARP14_32793260.04614.5
TkA01G355460PF00076RRM_12813484.2e-2381.7
TkA01G355460PF24572RBD_RDR62813110.2112.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S7N9拟南芥sp|Q9S7N9|CID12_ARATH Polyadenylate-binding protein-interacting protein 1262.500%Swiss-Prot高置信
Q9LPI5拟南芥sp|Q9LPI5|CID11_ARATH Polyadenylate-binding protein-interacting protein 1169.400%Swiss-Prot高置信
Q9SG10拟南芥sp|Q9SG10|CID10_ARATH Polyadenylate-binding protein-interacting protein 1069.200%Swiss-Prot高置信
Q9LRR6拟南芥sp|Q9LRR6|CID9_ARATH Polyadenylate-binding protein-interacting protein 961.600%Swiss-Prot高置信
Q9C8M0拟南芥sp|Q9C8M0|CID8_ARATH Polyadenylate-binding protein-interacting protein 862.200%Swiss-Prot高置信

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