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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G354200
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 88001714-88006967 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3204 bp · TkA01G354200|TK1151|cDNA

ATGGCTTTGATTTAAAACCAGGAAGCACCACAAATAGGGATTAAAAATAAGAAAAAGAAAGAAAAAACGAAAAATAACACATGCATTCTTGGAGATTGTCCTAGGTCATGATTTTAATCTTCGTTCTTGGAATCCGGCAGGCCAGGCATACGAAATCATAGAGTGAGGAAGAGCGGTTTCATGTGCACACCATTCATCTGCGACGCAGATGCAGATTGTCTCTTGTTTTGATTTCATCCCCTCAAAATCAAACCTATAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2625 bp · TkA01G354200|TK1151|CDS

ATGCAGTTAAGAACAAGTGGTGCAGCAGATGGTTTCAGAATCAGCGTTTCCAGCACCCCTAGTTGTTCAAATCCTAATTCTGGACACGATGACATTGAATCATTAGGAGACGTTTTCGTTTGGGGAGAAGTTTGGTCTGACGTGTCATCCTCCGATGGATCCACCAACACTTTCCAATTAAAAAATGACGTCACCATCCCCAGGCTCCTAGAGTGTAACGTGGTCATAGACGTCCAACAAATCGCTTGTGGGGTTCGACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

874 aa · TkA01G354200|TK1151|PROTEIN

MQLRTSGAADGFRISVSSTPSCSNPNSGHDDIESLGDVFVWGEVWSDVSSSDGSTNTFQLKNDVTIPRLLECNVVIDVQQIACGVRHLSLVTKQGEVFTWGEESGGRLGHGTEKDFSRPHLVEFLAVTNVDYVACGEFHTCAITNAGDLYTWGDGSHNAGLLGHGTDCSHWIPKRVSGPLEGLLVFSVACSTWHTALSTVDGRLFTFGDGKFGVLGHGDRESQKYPKEVESLSGLKTLKVACGVWHTAAIVEVTNQNGGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G354200
TK1151 IDTkA01G354200
OH-1004 IDLXL04_003484
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)84.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.771 / OH-1004 94.890
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G354200
位置Chr01:88001714-88006967 (-)
描述Similar to PRAF1: PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g76950 能结合磷脂酸和磷脂肌醇类，如PtdIns3P、PtdIns(3,4)P(2)、PtdIns(3,4,5)P(3)和PtdIns(4,5)P(2)。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003484 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010374 stomatal complex development 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0035091 phosphatidylinositol binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070300 phosphatidic acid binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G76950
hsa:8925
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.536
排名 1 · TkA01G354200 · TK1151
细胞核0.274
排名 2 · TkA01G354200 · TK1151
细胞膜0.259
排名 3 · TkA01G354200 · TK1151
高尔基体0.067
排名 4 · TkA01G354200 · TK1151
溶酶体／液泡0.055
排名 5 · TkA01G354200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13540RCC1_236-42 aa
PF25390WD40_RLD55-414 aa
PF00415RCC162-88 aa
PF13540RCC1_278-104 aa
PF00415RCC194-143 aa
PF25384Alsin_RLD95-153 aa
PF13540RCC1_2132-157 aa
PF00415RCC1147-196 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G354200PF13540RCC1_236421.1e-30105.3
TkA01G354200PF25390WD40_RLD554143.8e-77260.8
TkA01G354200PF00415RCC162883.8e-79261.8
TkA01G354200PF13540RCC1_2781041.1e-30105.3
TkA01G354200PF00415RCC1941433.8e-79261.8
TkA01G354200PF25384Alsin_RLD951536.2e-1246.1
TkA01G354200PF13540RCC1_21321571.1e-30105.3
TkA01G354200PF00415RCC11471963.8e-79261.8
TkA01G354200PF25384Alsin_RLD1552166.2e-1246.1
TkA01G354200PF13540RCC1_21872131.1e-30105.3
TkA01G354200PF00415RCC12012503.8e-79261.8
TkA01G354200PF25384Alsin_RLD2043216.2e-1246.1
TkA01G354200PF13540RCC1_22392511.1e-30105.3
TkA01G354200PF13540RCC1_22592731.1e-30105.3
TkA01G354200PF25384Alsin_RLD2643726.2e-1246.1
TkA01G354200PF00415RCC12663123.8e-79261.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q947D2拟南芥sp|Q947D2|PRAF1_ARATH PH, RCC1 and FYVE domains-containing protein 149.900%Swiss-Prot中等置信

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