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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G339940
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 84414376-84419376 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2264 bp · TkA01G339940|TK1151|cDNA

ACTTTACCTACCATACCGACCAGCCTTATGTTTCCCATTCCCAAATTTAAGTTAAAAGATTCGAGATAAGATGAGGTGGTAAAACACGTGTACTTTATCGGTAACCAATTTATACCCTAATCCCCTCAATTGGGTGAGACTCGTACCGCTGAAACCCTAGCCTCCACCCAATCTCTCAACCCCGAAAGAAACCCTAAATCGATTCTCATCGTCCCGACCACCATGGCCAAGAAGCGAAAGTCTCGTGCTTCACAACCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1464 bp · TkA01G339940|TK1151|CDS

ATGGCCAAGAAGCGAAAGTCTCGTGCTTCACAACCTTCGGTGGAAGAACCAGTACCTAAGGAGGAGCCTCAAGTGCAGATCATTGAAGCACAACAGCAACAGGAAATTATTGCCAATGATGATGTCGTAAATGAGGAGCGAGAGCAAGAAGGTGATGAAATCGCTCAAAATATGGAGGATGTTATAGTAAAAGACGAAGCAGAAGAAGAAGATGACGAGGAAGATCCTCAGGACGATGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

487 aa · TkA01G339940|TK1151|PROTEIN

MAKKRKSRASQPSVEEPVPKEEPQVQIIEAQQQQEIIANDDVVNEEREQEGDEIAQNMEDVIVKDEAEEEDDEEDPQDDDEEEEEESDEEANISEVKAEANGEGAEETEDLEDEPVENLLEPFSKEQLVLLLKEAVSKHPDLIESVQKIADADPAHRKIFVHGLGWDTNADILTSEFGKYGEIEDCKAVVDKVSGKSKGYAFILFKHRAGAQKALREPQKKIGNRMTSCQLASAGPIPAPPPTAPPVSEYTQRKIFVSNV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G339940
TK1151 IDTkA01G339940
OH-1004 IDLXL04_012285
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)51.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 45.791 / OH-1004 41.049
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G339940
位置Chr01:84414376-84419376 (-)
描述Similar to UBA2B: UBP1-associated protein 2B
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g41060 异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。 暂无已核实直接文献
At3g56860 异质核核糖核蛋白 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。
UBA1 and UBA2, two proteins that interact with UBP1, a multifunctional effector of pre-mRNA maturation in plants.2002 · DOI: 10.1128/mcb.22.12.4346-4357.2002
At3g15010 异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为调节细胞核中 mRNA 周转的复合物的组成部分。 暂无已核实直接文献
At2g22090 作为复合物的组分，调节细胞核中 mRNA 的周转。
UBA1 and UBA2, two proteins that interact with UBP1, a multifunctional effector of pre-mRNA maturation in plants.2002 · DOI: 10.1128/mcb.22.12.4346-4357.2002

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0265800 RNA结合蛋白，结合位于小麦蛋白RNA 5'-CDS中的顺式定位元件或邮政编码。
Characterization of RNA binding protein RBP-P reveals a possible role in rice glutelin gene expression and RNA localization.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0191-z
RNA-Binding Protein RBP-P Is Required for Glutelin and Prolamine mRNA Localization in Rice Endosperm Cells.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00321
Zipcode RNA-Binding Proteins and Membrane Trafficking Proteins Cooperate to Transport Glutelin mRNAs in Rice Endosperm.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00111
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012285 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010150 leaf senescence 生物过程
GO:0012501 programmed cell death 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0051028 mRNA transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0035925 mRNA 3'-UTR AU-rich region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22090
ath:AT2G41060
ath:AT3G15010
ath:AT3G56860
dosa:Os01g0265800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.868
排名 1 · TkA01G339940 · TK1151
细胞质0.260
排名 2 · TkA01G339940 · TK1151
细胞膜0.037
排名 3 · TkA01G339940 · TK1151
内质网0.028
排名 4 · TkA01G339940 · TK1151
线粒体0.024
排名 5 · TkA01G339940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10232Med820-114 aa
PF02724CDC4531-109 aa
PF11696DUF329245-121 aa
PF10986ZrgA61-99 aa
PF08559Cut874-150 aa
PF16367RRM_7157-222 aa
PF05172RRM_Nup35158-225 aa
PF00076RRM_1159-225 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G339940PF10232Med8201140.5410.5
TkA01G339940PF02724CDC45311094.86.0
TkA01G339940PF11696DUF3292451211.18.3
TkA01G339940PF10986ZrgA61992.48.8
TkA01G339940PF08559Cut8741500.0003820.8
TkA01G339940PF16367RRM_71572226.8e-1142.7
TkA01G339940PF05172RRM_Nup351582256.6e-0523.5
TkA01G339940PF00076RRM_11592255.4e-2794.2
TkA01G339940PF28441RRM_111622270.0004921.1
TkA01G339940PF16367RRM_72533136.8e-1142.7
TkA01G339940PF00076RRM_12553225.4e-2794.2
TkA01G339940PF28441RRM_112673120.0004921.1
TkA01G339940PF05172RRM_Nup352683296.6e-0523.5
TkA01G339940PF10986ZrgA3033632.48.8
TkA01G339940PF08559Cut83493550.0003820.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80678拟南芥sp|O80678|UBA2B_ARATH UBP1-associated protein 2B56.300%Swiss-Prot高置信
Q9LES2拟南芥sp|Q9LES2|UBA2A_ARATH UBP1-associated protein 2A54.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LKA4拟南芥sp|Q9LKA4|UBA2C_ARATH UBP1-associated protein 2C49.300%Swiss-Prot低置信
Q9SHZ6拟南芥sp|Q9SHZ6|UBA1A_ARATH UBP1-associated proteins 1A49.600%Swiss-Prot低置信
Q9LJ04水稻sp|Q9LJ04|RBPP_ORYSJ RNA-binding protein P54.100%Swiss-Prot中等置信

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