TkA01G320940 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G320940

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 79707696-79709260 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

642 bp · TkA01G320940|TK1151|cDNA

AAGAGAGAGGAAGAAGAAGAAGACGATTCAAAGCCTTCTGCAGAAGATGAGGATACTGGTGCCCAGGTTGCTCCGATCGTCAAACTCCAGGAAGTAGCCGTGACCACCGGCGAAGAAAACGAAGATGTTCTCCTCGACTTGAAATCAAAGCTGTATAGATTTGACAAGGATGGTAGCCAATGGAAAGAGAGAGGAGTTGGGACTGTGAAGCTACTCAAGCACAAGGAGACTGGCAAAGTTAGACTTGTTATGAGACAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · TkA01G320940|TK1151|CDS

AAGAGAGAGGAAGAAGAAGAAGACGATTCAAAGCCTTCTGCAGAAGATGAGGATACTGGTGCCCAGGTTGCTCCGATCGTCAAACTCCAGGAAGTAGCCGTGACCACCGGCGAAGAAAACGAAGATGTTCTCCTCGACTTGAAATCAAAGCTGTATAGATTTGACAAGGATGGTAGCCAATGGAAAGAGAGAGGAGTTGGGACTGTGAAGCTACTCAAGCACAAGGAGACTGGCAAAGTTAGACTTGTTATGAGACAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

213 aa · TkA01G320940|TK1151|PROTEIN

KREEEEEDDSKPSAEDEDTGAQVAPIVKLQEVAVTTGEENEDVLLDLKSKLYRFDKDGSQWKERGVGTVKLLKHKETGKVRLVMRQNKTLKICANHLVLSTMSVQEHQGNDKSCVWHAADFADGELKEETFCIRFPSVENCKSFKDKIEEITDSLAKDNGESEESTDVASLIEKLSVGDKVKVEETEAKEAPSSSSEEKKEETLEQEKTGDEK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G320940`
TK1151 ID	TkA01G320940
OH-1004 ID	LXL04_000643
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	71.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.404 / OH-1004 76.852 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G320940

位置 Chr01:79707696-79709260 (+)

描述 Similar to RANBP1B: Ran-binding protein 1 homolog b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30060`	Ran结合蛋白1同源物b。	暂无已核实直接文献
`At5g58590`	Ran 结合蛋白 1 同源物 c。	暂无已核实直接文献
`At1g07140`	Ran 结合蛋白 1 同源物 a。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000643 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0046604 positive regulation of mitotic centrosome separation 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0051168 nuclear export 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005643 nuclear pore 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07140

ath:AT2G30060

ath:AT5G58590

hsa:5902

mmu:19385

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.662

排名 1 · TkA01G320940 · TK1151

细胞核0.335

排名 2 · TkA01G320940 · TK1151

细胞膜0.154

排名 3 · TkA01G320940 · TK1151

高尔基体0.082

排名 4 · TkA01G320940 · TK1151

内质网0.061

排名 5 · TkA01G320940 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00638Ran_BP134-151 aa

PF28623UPF0508_C45-83 aa

PF00568WH148-150 aa

PF22972EVH1_PP4R349-153 aa

PF28623UPF0508_C96-121 aa

PF24210T4_RIIA1134-174 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G320940	`PF00638`	Ran_BP1	34	151	5.1e-43	146.9
TkA01G320940	`PF28623`	UPF0508_C	45	83	0.045	14.5
TkA01G320940	`PF00568`	WH1	48	150	0.031	14.9
TkA01G320940	`PF22972`	EVH1_PP4R3	49	153	1.3e-06	29.6
TkA01G320940	`PF28623`	UPF0508_C	96	121	0.045	14.5
TkA01G320940	`PF24210`	T4_RIIA1	134	174	0.095	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWG8`	拟南芥	sp\|Q8RWG8\|RBP1B_ARATH Ran-binding protein 1 homolog b	73.500%	Swiss-Prot	高置信
`P92985`	拟南芥	sp\|P92985\|RBP1C_ARATH Ran-binding protein 1 homolog c	73.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LMK7`	拟南芥	sp\|Q9LMK7\|RBP1A_ARATH Ran-binding protein 1 homolog a	78.600%	Swiss-Prot	中等置信

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