TkA01G319560 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G319560

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 79327156-79332470 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4498 bp · TkA01G319560|TK1151|cDNA

AAAGTGCTAGGGTTTCAGAAAAGCCTACCAACATATCTCTCTCTTTTCTCTCAAATTCATCAAATTCAAGACTTCGCTTTTCCGATCCAGACAAATTTCGAGGATAAACGATGCCTCCGAAATCGGCGAGGAAGTCAGTCGGGCCAGGGAGAAGAGGCGGAAGAACTAGAGGAACGCCGAAAGTGGCGGCGCAGCCTGATCCGGAGGCAGTAGCGGTACCTGAAGAATCAAAGAAGCCGGCCGAGGAGGTGCCAATTGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2022 bp · TkA01G319560|TK1151|CDS

ATGGAAGAGGAACCGGAACCAGAACCAGAACCAGAGCCAGATCATCACGCTGACGTGGCAGACGAACAGGAACAGGAGCAAGAACACCACGATGTCTTCAAAGAGAGACGCAAACGAAAGGAGTTTGAAATCTTTGTAGGTGGACTAGACAAAGATGCAACCGAAGAGGATCTTAGGAAAGTGTTTAGTGCAGTTGGTGAGGTGGCAGAAGTCAGGCTTATGATGAATGCTCAAACAAAGAAGAACAAAGGATTTGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

673 aa · TkA01G319560|TK1151|PROTEIN

MEEEPEPEPEPEPDHHADVADEQEQEQEHHDVFKERRKRKEFEIFVGGLDKDATEEDLRKVFSAVGEVAEVRLMMNAQTKKNKGFAFLRFATVEQAKRACVELKSPVVHGKQCGVSPSQDSDTLFVGNVCKTWTKEALKEKLKKYGVDTVEDLTLVEDNKNDGTNRGFAFLEFSSRSDAMDAFKRLQKRDVNFGVDRPAKVSFADSFIDPGDEIMAQVKTVFIDGLPASWDEGRVRDLLKKYGEVVKIELARNMPSARRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G319560`
TK1151 ID	TkA01G319560
OH-1004 ID	LXL04_033558
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.840 / OH-1004 67.899 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G319560`
位置	Chr01:79327156-79332470 (-)
描述	Similar to LIF2: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033558` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006396 RNA processing 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0007623 circadian rhythm 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0009909 regulation of flower development 生物过程 GO:0010439 regulation of glucosinolate biosynthetic process 生物过程 GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程 GO:0016556 mRNA modification 生物过程 GO:0017148 negative regulation of translation 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G00830 dre:562991 hsa:10492 mmu:56403 rno:363113 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.980

排名 1 · TkA01G319560 · TK1151

细胞质0.080

排名 2 · TkA01G319560 · TK1151

细胞膜0.021

排名 3 · TkA01G319560 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA01G319560 · TK1151

质体0.007

排名 5 · TkA01G319560 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05887Trypan_PARP2-28 aa

PF16367RRM_743-92 aa

PF00076RRM_144-112 aa

PF13893RRM_545-120 aa

PF08777RRM_346-105 aa

PF28441RRM_1148-101 aa

PF22976RRM_1051-101 aa

PF28976RRM_ACIN154-104 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G319560	`PF05887`	Trypan_PARP	2	28	6.2	7.5
TkA01G319560	`PF16367`	RRM_7	43	92	1.3e-09	38.6
TkA01G319560	`PF00076`	RRM_1	44	112	3.3e-43	146.1
TkA01G319560	`PF13893`	RRM_5	45	120	0.00079	19.8
TkA01G319560	`PF08777`	RRM_3	46	105	0.0021	18.8
TkA01G319560	`PF28441`	RRM_11	48	101	0.029	15.4
TkA01G319560	`PF22976`	RRM_10	51	101	5.2e-06	27.2
TkA01G319560	`PF28976`	RRM_ACIN1	54	104	0.014	16.1
TkA01G319560	`PF14605`	Nup35_RRM_2	62	99	0.34	11.5
TkA01G319560	`PF14703`	PHM7_cyt	72	119	0.011	16.7
TkA01G319560	`PF04059`	RRM_2	73	91	0.4	11.6
TkA01G319560	`PF11608`	RRM_MARF1	83	118	0.00027	21.8
TkA01G319560	`PF22976`	RRM_10	121	184	5.2e-06	27.2
TkA01G319560	`PF16367`	RRM_7	122	177	1.3e-09	38.6
TkA01G319560	`PF28976`	RRM_ACIN1	122	147	0.014	16.1
TkA01G319560	`PF04059`	RRM_2	123	186	0.4	11.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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