TkA01G255010 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G255010

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 64315671-64317942 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1113 bp · TkA01G255010|TK1151|cDNA

CCTAATTCCTATCATCATTATCTCAACTATAAATATCGTTTCTTCCCACCCACTTCTTATAGTTGATCATCTAGATTCTAGCTTTTGTGTGAAAAAACAAAACTAAGCATGAGTTTAATACCATGCAACTATTTCACTCTTGGTGTTTTTATTGGGATTTTTCTTATGCCGTCATCTTGCTTTAGTCAAGAATATTATGTCTCCTCTAGAGCAACATATTATGGTAGTCCTGATTGCCTAGGGACTCCAACTGGTGCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

771 bp · TkA01G255010|TK1151|CDS

ATGAGTTTAATACCATGCAACTATTTCACTCTTGGTGTTTTTATTGGGATTTTTCTTATGCCGTCATCTTGCTTTAGTCAAGAATATTATGTCTCCTCTAGAGCAACATATTATGGTAGTCCTGATTGCCTAGGGACTCCAACTGGTGCTTGTGGGTATAAAGTGTATGGAAGCACCATTAATAGTGGTGACGTGAGTGGTGTTTCTAGGCTCTTCAAGAATGGTACTGGTTGTGGAGCATGCTATCAGGTTCGGTGCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

256 aa · TkA01G255010|TK1151|PROTEIN

MSLIPCNYFTLGVFIGIFLMPSSCFSQEYYVSSRATYYGSPDCLGTPTGACGYKVYGSTINSGDVSGVSRLFKNGTGCGACYQVRCKSPKHCSAEGVKVVVTDHGEGDNTDFILSIHAYNKLALPGLAEELFSYGVVDVEYKRISCQYSGYNLMLKVHEHSKFPEYLSLIAIYQAGVSEITAVEIWQEDCQQWMCMRRAYGAVWDMPNPPRGKPEGAINVRIQVTDSSGSKWVQLKNLIPSEWKVGAAYDTAIQLD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G255010`
TK1151 ID	TkA01G255010
OH-1004 ID	LXL04_003855
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.251 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G255010

位置 Chr01:64315671-64317942 (-)

描述 Similar to EXLB1: Expansin-like B1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17030`	类扩展蛋白 B1。	暂无已核实直接文献
`At3g45960`	类膨胀蛋白 A3。	暂无已核实直接文献
`At4g38400`	类膨胀素 A2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0496250`	类扩展蛋白 B1。	暂无已核实直接文献
`Os03g0132200`	类Expansin A1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003855 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45960

ath:AT4G17030

dosa:Os03g0132200

dosa:Os10g0542400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.321

排名 1 · TkA01G255010 · TK1151

细胞外0.268

排名 2 · TkA01G255010 · TK1151

细胞质0.158

排名 3 · TkA01G255010 · TK1151

内质网0.122

排名 4 · TkA01G255010 · TK1151

细胞膜0.101

排名 5 · TkA01G255010 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22514EXPB1_D135-90 aa

PF29515Expansin_N46-123 aa

PF03330DPBB_166-141 aa

PF01357Expansin_C155-240 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G255010	`PF22514`	EXPB1_D1	35	90	0.0096	17.0
TkA01G255010	`PF29515`	Expansin_N	46	123	0.00013	22.8
TkA01G255010	`PF03330`	DPBB_1	66	141	7.1e-14	52.5
TkA01G255010	`PF01357`	Expansin_C	155	240	3.6e-17	63.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23547`	拟南芥	sp\|O23547\|EXLB1_ARATH Expansin-like B1	57.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LZT5`	拟南芥	sp\|Q9LZT5\|EXLA3_ARATH Expansin-like A3	36.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SVE5`	拟南芥	sp\|Q9SVE5\|EXLA2_ARATH Expansin-like A2	36.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q850K7`	水稻	sp\|Q850K7\|EXLB1_ORYSJ Expansin-like B1	39.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q10S70`	水稻	sp\|Q10S70\|EXLA1_ORYSJ Expansin-like A1	39.400%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情