TkA01G209800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G209800

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 53351259-53353871 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1346 bp · TkA01G209800|TK1151|cDNA

CTACGATGGAATTAATTTTATTGTGCGAACTTTCATCCCCTGTACATTGGCCAAATAGCCAATGATTCACGACTTTGTCTTCGTCGTACTTATACAAATCTACGATGGAATTAATTTTCTTTTCAACTACATAAAGAGAGGTAATAACCATTTTTGTGAAAATAAACGTTTTTAGTCAAAAGTGGAGGCTAATATGTGGTATTATATATATGAGTCATCTTCCATTCTCATCCGCATAACCTGGTGATATTTTTCTGCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

822 bp · TkA01G209800|TK1151|CDS

ATGGGACAAAGAGATTGGAGCGAGCTGCCAGTTCACTGTTTGGTTGAAATCTTTGGAAGAGTCGGAATCGAATCACTTGTGGAGGCTATTCCTTTAGTCTGCAGGTCTTGGTATGAGGCTACCTTATATCCCCAATGCTGGCAACAACTCGTCTTTACTAAATCCCCATGTTTAAGAACTTCTAAACGTTCAATCCCAAGACTTAAATTAGACAAAGACTCGCGTTTTGATTTCAATATTGTGGTGTCACTAGACCATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

273 aa · TkA01G209800|TK1151|PROTEIN

MGQRDWSELPVHCLVEIFGRVGIESLVEAIPLVCRSWYEATLYPQCWQQLVFTKSPCLRTSKRSIPRLKLDKDSRFDFNIVVSLDHTSNGHDSLEKLVRFAVGRSHGLATEIVFHPKSHLKEGQITWIAQRCPSLKLLALPSYLSYVINFEVSDSICKWKDLEALQVVSLIGLKKTIANISKNCHNFNHLSIYVHRIDGDVALAIASQLPHIKTLDLRFAAIERDDLIVILKGCQELEHLDVSECKGVAADDEIMKLARR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G209800`
TK1151 ID	TkA01G209800
OH-1004 ID	LXL04_004039
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G209800`
位置	Chr01:53351259-53353871 (-)
描述	Similar to At3g48880: F-box/LRR-repeat protein At3g48880
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004039` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0010608 post-transcriptional regulation of gene expression 生物过程 GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分 GO:1905761 SCF ubiquitin ligase complex binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT3G48880 ath:AT4G05460 ath:AT4G08980 ath:AT4G30640 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.564

排名 1 · TkA01G209800 · TK1151

细胞质0.402

排名 2 · TkA01G209800 · TK1151

细胞膜0.087

排名 3 · TkA01G209800 · TK1151

内质网0.068

排名 4 · TkA01G209800 · TK1151

质体0.041

排名 5 · TkA01G209800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937F-box-like6-52 aa

PF00646F-box6-47 aa

PF18511F-box_528-40 aa

PF24758LRR_At5g5637032-59 aa

PF29594LRR_SKP2118-251 aa

PF24758LRR_At5g56370120-142 aa

PF25372LRR_FBXL15128-254 aa

PF12799LRR_4130-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G209800	`PF12937`	F-box-like	6	52	2.6e-07	31.0
TkA01G209800	`PF00646`	F-box	6	47	9.5e-05	22.9
TkA01G209800	`PF18511`	F-box_5	28	40	0.023	14.9
TkA01G209800	`PF24758`	LRR_At5g56370	32	59	2e-06	28.4
TkA01G209800	`PF29594`	LRR_SKP2	118	251	7.9e-05	22.8
TkA01G209800	`PF24758`	LRR_At5g56370	120	142	2e-06	28.4
TkA01G209800	`PF25372`	LRR_FBXL15	128	254	0.013	14.6
TkA01G209800	`PF12799`	LRR_4	130	138	0.11	13.5
TkA01G209800	`PF00646`	F-box	176	191	9.5e-05	22.9
TkA01G209800	`PF24758`	LRR_At5g56370	183	245	2e-06	28.4
TkA01G209800	`PF12799`	LRR_4	196	218	0.11	13.5
TkA01G209800	`PF12937`	F-box-like	201	210	2.6e-07	31.0
TkA01G209800	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	209	248	0.032	14.3
TkA01G209800	`PF13516`	LRR_6	209	223	0.2	12.5
TkA01G209800	`PF12799`	LRR_4	210	245	0.11	13.5
TkA01G209800	`PF13516`	LRR_6	234	246	0.2	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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