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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G182930
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 46951800-46955723 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1983 bp · TkA01G182930|TK1151|cDNA

TACTTTTCTCCCTCACCCATTTTCCAATCATTATTAATCCATCAGAGAAAACCCTCCCGGAGCTACAAAATTCCCATTTCCACTTCCTTCCACCAAACACAAACCCCTCAATTTCACCAAAGAGAAAGAGGGGAAATCTGTTTGAGAAAAGGACATCCCAAGAACAACCCCACAAATAATTCAACAAATTCTCCACCAAAACAACTTTTGTCCAATTGTCCACTTCGGTTCTTGGGAGGATTCCAGATGGAAGAAGGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1452 bp · TkA01G182930|TK1151|CDS

TACTTTTCTCCCTCACCCATTTTCCAATCATTATTAATCCATCAGAGAAAACCCTCCCGGAGCTACAAAATTCCCATTTCCACTTCCTTCCACCAAACACAAACCCCTCAATTTCACCAAAGAGAAAGAGGGGAAATCTGTTTGAGAAAAGGACATCCCAAGAACAACCCCACAAATAATTCAACAAATTCTCCACCAAAACAACTTTTGTCCAATTGTCCACTTCGGTTCTTGGGAGGATTCCAGATGGAAGAAGGGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

483 aa · TkA01G182930|TK1151|PROTEIN

YFSPSPIFQSLLIHQRKPSRSYKIPISTSFHQTQTPQFHQRERGEICLRKGHPKNNPTNNSTNSPPKQLLSNCPLRFLGGFQMEEGSEPTTYWCHGCSRVVETFTEAEMIKCSLCQDGFVEEYDSARSDHHNHQHARDPESDRALSLWAPIFFGMMSDPRRRRRIRQIDNEENDENEDPEERYRRYHREGGESELDRELESIMRRRRRSSATIVQLLRTGIITQSENISDREGGENNRERDRDRERVIVVNPFNPTIIVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G182930
TK1151 IDTkA01G182930
OH-1004 IDLXL04_004217
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.859 / OH-1004 92.415
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G182930
位置Chr01:46951800-46955723 (-)
描述Similar to SIRP1: E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献
At2g40830 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At3g46620 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
The E3 ligase AtRDUF1 positively regulates salt stress responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071078

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0488800 在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。
Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程
GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G26800
ath:AT3G19950
ath:AT3G56580
dosa:Os05g0488800
osa:4339152
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.569
排名 1 · TkA01G182930 · TK1151
细胞核0.454
排名 2 · TkA01G182930 · TK1151
细胞膜0.104
排名 3 · TkA01G182930 · TK1151
内质网0.075
排名 4 · TkA01G182930 · TK1151
线粒体0.051
排名 5 · TkA01G182930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01155HypA82-118 aa
PF14369Zn_ribbon_1990-123 aa
PF16685zf-RING_1092-117 aa
PF13920zf-C3HC4_393-116 aa
PF14634zf-RING_594-116 aa
PF05290Baculo_IE-199-122 aa
PF13771zf-HC5HC2H100-117 aa
PF29452FAR1_N104-117 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G182930PF01155HypA821180.4111.4
TkA01G182930PF14369Zn_ribbon_19901233.2e-0834.3
TkA01G182930PF16685zf-RING_10921174.38.2
TkA01G182930PF13920zf-C3HC4_3931160.1213.0
TkA01G182930PF14634zf-RING_5941160.04614.4
TkA01G182930PF05290Baculo_IE-1991220.6310.7
TkA01G182930PF13771zf-HC5HC2H1001170.1113.4
TkA01G182930PF29452FAR1_N1041170.9710.2
TkA01G182930PF23228zf_PCFS41081280.7110.3
TkA01G182930PF23217DUF70661101382.48.9
TkA01G182930PF13639zf-RING_21111349.7e-1452.1
TkA01G182930PF13923zf-C3HC4_21111331.9e-0834.7
TkA01G182930PF12678zf-rbx11111233.8e-0524.5
TkA01G182930PF17123zf-RING_111121217.2e-1039.1
TkA01G182930PF00097zf-C3HC41121151.2e-0629.0
TkA01G182930PF13445zf-RING_UBOX1121190.0008720.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPN7拟南芥sp|Q8LPN7|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like49.400%Swiss-Prot低置信
O22197拟南芥sp|O22197|RHC1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A36.500%Swiss-Prot低置信
Q9SNB6拟南芥sp|Q9SNB6|RDUF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF138.200%Swiss-Prot低置信
Q6AVN2水稻sp|Q6AVN2|SIRP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SIRP137.700%Swiss-Prot中等置信

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