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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G168100
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 43080073-43082347 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2168 bp · TkA01G168100|TK1151|cDNA

CGTTAATGTCACGCCAATCTCTCTCACGCGTTGCCTTCTCCTTCATATAATTTCTTTTTATTCTCCTTCTCTTTCATCACACCCACTCTCTTTATCACCTCTCTCTCTCTCTCCCTGCCGGAGAGATTCCCTTTTCCACCGATTATACTCCTCTTTCGTCTTTAACCCATTTCAAAAAATTTCATCTCAAGCTTCATGTCCATAAGATTCTTTTTCTCAGTTTACACAATTTGGGGGTTTTGTTACGTGTATTTAGGGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · TkA01G168100|TK1151|CDS

ATGTACATGGTCGGAAACGGCCAACAAAGCCCCGCCCCGAGCCCTAGCCCGCCGTTACTCCGACGAGCTAGAAGAAACGTCGGTGAACGGTCACCGTTTAACCCGGTTATCGTTCTCCGTGGACCAACAAGCACACCGGAAGAACCGGGTAGTGGTACGGAGGAATCCGGCACTGGTGGTGGCTTTGAGTTGTATTACGATGATGGAGCCGGATCGGGTCTAAGACCATTGCCGGCGAGTATGTCGGAGTTTCTATTGGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

338 aa · TkA01G168100|TK1151|PROTEIN

MYMVGNGQQSPAPSPSPPLLRRARRNVGERSPFNPVIVLRGPTSTPEEPGSGTEESGTGGGFELYYDDGAGSGLRPLPASMSEFLLGSGFDRLLDQLAQIEGNGLGRIDNNPPASKAAIEAMPNIEIQENHVSIESYCAVCKEPFDLGSEAKEMPCQHLYHSDCILPWLALRNSCPVCRHELPTETTDSGDHQPREANTQSGNEEEAVGLTIWRLPGGGFAVGRFSGGRRGGERELPVVFTEMDGGFNNNGAPRRISWAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G168100
TK1151 IDTkA01G168100
OH-1004 IDLXL04_012377
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 83.457
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G168100
位置Chr01:43080073-43082347 (+)
描述Similar to RHC2A: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g39720 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献
At5g59550 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
At3g46620 参与正向调控脱落酸依赖干旱胁迫响应的E3泛素蛋白连接酶。
Suppression of Arabidopsis RING-DUF1117 E3 ubiquitin ligases, AtRDUF1 and AtRDUF2, reduces tolerance to ABA-mediated drought stress.2012 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2012.02.131
The E3 ligase AtRDUF1 positively regulates salt stress responses in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0071078
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012377 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G39720
ath:AT3G19950
ath:AT3G46620
ath:AT5G59550
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438
排名 1 · TkA01G168100 · TK1151
细胞核0.356
排名 2 · TkA01G168100 · TK1151
细胞膜0.253
排名 3 · TkA01G168100 · TK1151
内质网0.100
排名 4 · TkA01G168100 · TK1151
溶酶体／液泡0.080
排名 5 · TkA01G168100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13771zf-HC5HC2H122-166 aa
PF12861zf-ANAPC11132-182 aa
PF12678zf-rbx1133-179 aa
PF11789zf-Nse133-178 aa
PF29452FAR1_N135-178 aa
PF03854zf-P11135-145 aa
PF13920zf-C3HC4_3136-181 aa
PF17120zf-RING_16136-177 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G168100PF13771zf-HC5HC2H1221660.2512.3
TkA01G168100PF12861zf-ANAPC111321823e-0524.7
TkA01G168100PF12678zf-rbx11331792.9e-0834.5
TkA01G168100PF11789zf-Nse1331780.710.5
TkA01G168100PF29452FAR1_N1351780.311.8
TkA01G168100PF03854zf-P111351454.77.7
TkA01G168100PF13920zf-C3HC4_31361810.01415.9
TkA01G168100PF17120zf-RING_161361770.03814.3
TkA01G168100PF22191IBR_11361505.77.6
TkA01G168100PF13923zf-C3HC4_21371781.5e-0835.0
TkA01G168100PF26148VPS18_RING_C1371650.01815.8
TkA01G168100PF26037zf-RING_DCST1_C1371801.110.0
TkA01G168100PF13639zf-RING_21381795.4e-1246.5
TkA01G168100PF13445zf-RING_UBOX1381751.7e-0628.6
TkA01G168100PF00097zf-C3HC41381782.5e-0628.0
TkA01G168100PF17123zf-RING_111381655e-0626.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22283拟南芥sp|O22283|RHC2A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A55.800%Swiss-Prot高置信
Q940T5拟南芥sp|Q940T5|RDUF2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF255.600%Swiss-Prot高置信
Q9SNB6拟南芥sp|Q9SNB6|RDUF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RDUF161.500%Swiss-Prot中等置信
Q8LPN7拟南芥sp|Q8LPN7|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like39.600%Swiss-Prot低置信

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