TkA01G134620 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G134620

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 34185950-34188106 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2004 bp · TkA01G134620|TK1151|cDNA

GAGTAAAAGTTTTGACTTAATGTACAATTGAAGGAATAACGACTTCGAAAACTCTTTGCTTGCTTATTGGTCAAATTCATATTCTAAAAGTCTCAACAGACACTTAACAGAAGCAACGACAATGGAGGCCAACAAAGTCGATCATCATCTACCTAACACGATTACCCGATCCATTTCAAACCACTCATTAATCTTGACCATCGTCCTCCTTCTCTCCCACTCCACCATTACCACTTGTTTCCCCAAACCTCCACCAATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1614 bp · TkA01G134620|TK1151|CDS

ATGGAGGCCAACAAAGTCGATCATCATCTACCTAACACGATTACCCGATCCATTTCAAACCACTCATTAATCTTGACCATCGTCCTCCTTCTCTCCCACTCCACCATTACCACTTGTTTCCCCAAACCTCCACCAATTCCAATCTTACCTTTACCTAGTTCACAGCAGCTCTCATGGCAGCTCTCGGAAATGGCACTCTTCCTCCACTTCGGAACCAACACTTTCACCGACACTGAATGGGGCACCGGCCACGCGGATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

537 aa · TkA01G134620|TK1151|PROTEIN

MEANKVDHHLPNTITRSISNHSLILTIVLLLSHSTITTCFPKPPPIPILPLPSSQQLSWQLSEMALFLHFGTNTFTDTEWGTGHADPSVFNPTALNATQWVNVAKENGFSRVILTAKHHDGFCLWPSDFTDYSVKSSPWRGGNGDVVGELAKAAQEAEIQLGLYLSPWDRHEPCYGKTLEYNEYYMAQMTELLTRYGNVKEVWLDGAKGEGEKDMEYFFENWFSLIHQLQPGSVIFSDAGPDVRWSGDEEGYASTTCWSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G134620`
TK1151 ID	TkA01G134620
OH-1004 ID	LXL04_011998
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.641 / OH-1004 97.325 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G134620

位置 Chr01:34185950-34188106 (-)

描述 Similar to FUC1: Alpha-L-fucosidase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28100`	水解 Lewis 决定基中 3- 和 4- 连接的岩藻糖。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0560400`	Alpha-L-岩藻糖苷酶负责水解连接到糖蛋白碳水化合物部分还原端N-乙酰氨基葡萄糖的α-1,6-连接岩藻糖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011998 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006004 fucose metabolic process 生物过程

GO:0006516 glycoprotein catabolic process 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0016139 glycoside catabolic process 生物过程

GO:2000535 regulation of entry of bacterium into host cell 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0035578 azurophil granule lumen 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28100

hsa:2519

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.281

排名 1 · TkA01G134620 · TK1151

内质网0.240

排名 2 · TkA01G134620 · TK1151

细胞质0.181

排名 3 · TkA01G134620 · TK1151

高尔基体0.096

排名 4 · TkA01G134620 · TK1151

细胞核0.091

排名 5 · TkA01G134620 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21081Methyltrans_Mon_3rd13-58 aa

PF01120Alpha_L_fucos88-351 aa

PF28976RRM_ACIN1186-208 aa

PF24135DUF7402361-481 aa

PF00754F5_F8_type_C369-481 aa

PF21081Methyltrans_Mon_3rd389-409 aa

PF22633F5_F8_type_C_2398-477 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G134620	`PF21081`	Methyltrans_Mon_3rd	13	58	0.56	10.8
TkA01G134620	`PF01120`	Alpha_L_fucos	88	351	1.8e-34	120.5
TkA01G134620	`PF28976`	RRM_ACIN1	186	208	0.15	12.8
TkA01G134620	`PF24135`	DUF7402	361	481	0.058	14.2
TkA01G134620	`PF00754`	F5_F8_type_C	369	481	1.1e-08	35.9
TkA01G134620	`PF21081`	Methyltrans_Mon_3rd	389	409	0.56	10.8
TkA01G134620	`PF22633`	F5_F8_type_C_2	398	477	9.8e-09	36.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GW72`	拟南芥	sp\|Q8GW72\|FUCO1_ARATH Alpha-L-fucosidase 1	67.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XUR3`	水稻	sp\|Q7XUR3\|FUCO1_ORYSJ Putative alpha-L-fucosidase 1	61.700%	Swiss-Prot	高置信

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