TkA01G126960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G126960

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 32076001-32083284 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

372 bp · TkA01G126960|TK1151|cDNA

ATGGAAATGGAAAGCATTATTGGATATCTTGAAAATAAAACAATCTTAATCACAGGTGCTACTGGATTTCTAGGAAAAATTTTCGTCGAGAAGATACTCCGGATACAACCAAACATAAAAAAGCTATTTCTTCTTATAAGAGCTTCAGATCCAACTTTAGCCACACACCGCTTGCACTCAGAGGTAATAAGCAAGGACTTATTTAAGAACATCAAAGAGATTCTACCTGTGGCCGGTGATATAAGTCTGGAAAATTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

372 bp · TkA01G126960|TK1151|CDS

ATGGAAATGGAAAGCATTATTGGATATCTTGAAAATAAAACAATCTTAATCACAGGTGCTACTGGATTTCTAGGAAAAATTTTCGTCGAGAAGATACTCCGGATACAACCAAACATAAAAAAGCTATTTCTTCTTATAAGAGCTTCAGATCCAACTTTAGCCACACACCGCTTGCACTCAGAGGTAATAAGCAAGGACTTATTTAAGAACATCAAAGAGATTCTACCTGTGGCCGGTGATATAAGTCTGGAAAATTTTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

123 aa · TkA01G126960|TK1151|PROTEIN

MEMESIIGYLENKTILITGATGFLGKIFVEKILRIQPNIKKLFLLIRASDPTLATHRLHSEVISKDLFKNIKEILPVAGDISLENFGVKNAILLNEIRGQVDVVVSSAATTKFDESVGYSSRR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G126960`
TK1151 ID	TkA01G126960
OH-1004 ID	LXL04_013153
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	54.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.496 / OH-1004 23.836 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G126960

位置 Chr01:32076001-32083284 (+)

描述 Similar to Alcohol-forming fatty acyl-CoA reductase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g44560`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Identification of amino acids conferring chain length substrate specificities on fatty alcohol-forming reductases FAR5 and FAR8 from Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.499715
`At3g44540`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158238 Identification of an Arabidopsis fatty alcohol:caffeoyl-Coenzyme A acyltransferase required for the synthesis of alkyl hydroxycinnamates in root waxes.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201822
`At4g33790`	催化脂肪酰辅酶A还原为脂肪醇。	CER4 encodes an alcohol-forming fatty acyl-coenzyme A reductase involved in cuticular wax production in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.086785
`At3g44550`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158238 Identification of an Arabidopsis fatty alcohol:caffeoyl-Coenzyme A acyltransferase required for the synthesis of alkyl hydroxycinnamates in root waxes.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201822 Identification of amino acids conferring chain length substrate specificities on fatty alcohol-forming reductases FAR5 and FAR8 from Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.499715
`At5g22500`	催化脂酰辅酶A还原为脂肪醇。	Three Arabidopsis fatty acyl-coenzyme A reductases, FAR1, FAR4, and FAR5, generate primary fatty alcohols associated with suberin deposition.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.158238 Identification of an Arabidopsis fatty alcohol:caffeoyl-Coenzyme A acyltransferase required for the synthesis of alkyl hydroxycinnamates in root waxes.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201822

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013153 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0035336 long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0080019 alcohol-forming very long-chain fatty acyl-CoA reductase activity 分子功能

GO:0102965 alcohol-forming long-chain fatty acyl-CoA reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAD38039

ath:AT3G44540

ath:AT3G44550

ath:AT4G33790

ath:AT5G22500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · TkA01G126960 · TK1151

细胞核0.231

排名 2 · TkA01G126960 · TK1151

线粒体0.124

排名 3 · TkA01G126960 · TK1151

过氧化物酶体0.105

排名 4 · TkA01G126960 · TK1151

内质网0.047

排名 5 · TkA01G126960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368NmrA12-49 aa

PF02719Polysacc_synt_215-110 aa

PF01370Epimerase15-109 aa

PF01118Semialdhyde_dh15-55 aa

PF010733Beta_HSD16-92 aa

PF07993NAD_binding_417-117 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G126960	`PF05368`	NmrA	12	49	0.014	15.7
TkA01G126960	`PF02719`	Polysacc_synt_2	15	110	0.00034	20.6
TkA01G126960	`PF01370`	Epimerase	15	109	0.015	15.5
TkA01G126960	`PF01118`	Semialdhyde_dh	15	55	0.17	13.0
TkA01G126960	`PF01073`	3Beta_HSD	16	92	0.012	15.4
TkA01G126960	`PF07993`	NAD_binding_4	17	117	6e-26	91.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PEI6`	拟南芥	sp\|Q1PEI6\|FACR8_ARATH Fatty acyl-CoA reductase 8	48.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LXN3`	拟南芥	sp\|Q9LXN3\|FACR4_ARATH Probable fatty acyl-CoA reductase 4	50.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q93ZB9`	拟南芥	sp\|Q93ZB9\|FACR3_ARATH Fatty acyl-CoA reductase 3	50.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q0WRB0`	拟南芥	sp\|Q0WRB0\|FACR5_ARATH Probable fatty acyl-CoA reductase 5	48.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q39152`	拟南芥	sp\|Q39152\|FACR1_ARATH Fatty acyl-CoA reductase 1	48.400%	Swiss-Prot	中等置信

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