TkA01G125480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G125480

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 31674905-31681690 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3580 bp · TkA01G125480|TK1151|cDNA

TAGAGAGAGATGAAATTCAATGTGTACATTGGACACAAGTAGAGTCCTCATCGACTCATCGTATACCATCGGCTTATGACCGTTTAAACAAAAAGCTCGCAAACACCCACAACTCTAGGGTTTTTGTCCAGAAAAAAAGGGTACCAAATTTCGAAAGAGGGGTTTATTCCTTTTTATCTAATTTTCCAATTCAGACAAGGGTTTTTCTGGGCTTTTCTTCTCGAAGGAGCTGCTGTAGCGATATCGTATTATGATACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2229 bp · TkA01G125480|TK1151|CDS

ATGTTCAAAAGAAACCCAACAGAAGGGAAAGCTGGCGGTGATTCTGGCGGCTGGGCCAACGGGTTTTCGAAAATTGGCGGGAAAGAATCGCAACCGTATAATGTTATTGCTATTGGAAGTCAAGATCGGACCATTACTGTTTGGACTACTGCTAGTGCTCGCCCTTTATTCGTTGCCAAACACTTCTTTTCCCAAAGTGTTGTGGATCTTTCTTGGAGCCCAGATGGGTATTCATTATTTGCATGCTCTTTAGACGGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

742 aa · TkA01G125480|TK1151|PROTEIN

MFKRNPTEGKAGGDSGGWANGFSKIGGKESQPYNVIAIGSQDRTITVWTTASARPLFVAKHFFSQSVVDLSWSPDGYSLFACSLDGTVATFHFEVKELGHRLTDIELEELKKSRYGDVIIRQANLAESPAQLLLEAAAASKKVTGNTTTTTTTTNNNSSTIKSSSSSLGVPSKVSESLHQLNNNNKNVGVGVLNTSSNKPPASTPVKQREYRRPDGRKRIIPEAVRVPENVSQTVDFSQKSTDNGGVVVVVQQDPGFPPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G125480`
TK1151 ID	TkA01G125480
OH-1004 ID	LXL04_004676
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 72.978 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G125480

位置 Chr01:31674905-31681690 (+)

描述 Similar to Os09g0567700: Protein HIRA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g44530`	组蛋白伴侣参与在整个叶片发育过程中维持诺克斯基因沉默。	Maize rough sheath2 and its Arabidopsis orthologue ASYMMETRIC LEAVES1 interact with HIRA, a predicted histone chaperone, to maintain knox gene silencing and determinacy during organogenesis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.035477 The HIRA complex that deposits the histone H3.3 is conserved in Arabidopsis and facilitates transcriptional dynamics.2014 · DOI: 10.1242/bio.20148680 The histone chaperone complex HIR maintains nucleosome occupancy and counterbalances impaired histone deposition in CAF-1 complex mutants.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12758

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0567700`	参与在整个叶片发育过程中维持 knox 基因沉默的组蛋白伴侣。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004676 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0034728 nucleosome organization 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0000417 HIR complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0030875 rDNA protrusion 细胞组分

GO:0031491 nucleosome binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G44530

cnb:CNBH2820

dosa:Os09g0567700

yli:2911845

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935

排名 1 · TkA01G125480 · TK1151

细胞质0.136

排名 2 · TkA01G125480 · TK1151

细胞膜0.026

排名 3 · TkA01G125480 · TK1151

线粒体0.015

排名 4 · TkA01G125480 · TK1151

高尔基体0.012

排名 5 · TkA01G125480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st31-106 aa

PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR132-98 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st32-96 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st34-98 aa

PF00400WD4034-48 aa

PF25174Beta-prop_THOC334-97 aa

PF25175Beta-prop_WDR534-98 aa

PF23775Beta-prop_RIG_2nd34-96 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G125480	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	31	106	0.00077	19.7
TkA01G125480	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	32	98	2.2e-05	24.3
TkA01G125480	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	32	96	7.9e-05	23.1
TkA01G125480	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	34	98	2.2e-07	31.3
TkA01G125480	`PF00400`	WD40	34	48	1.7e-06	29.0
TkA01G125480	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	34	97	6.9e-06	26.0
TkA01G125480	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	34	98	2e-05	24.7
TkA01G125480	`PF23775`	Beta-prop_RIG_2nd	34	96	4.8e-05	23.6
TkA01G125480	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	34	94	0.00029	21.0
TkA01G125480	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	34	97	0.00063	19.9
TkA01G125480	`PF12894`	ANAPC4_WD40	34	102	0.0012	19.8
TkA01G125480	`PF24796`	WDR55	34	102	0.021	14.6
TkA01G125480	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	34	95	0.1	12.5
TkA01G125480	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	34	94	0.1	12.6
TkA01G125480	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	35	88	0.00018	21.5
TkA01G125480	`PF24814`	WD40_Prp19	35	92	0.00053	19.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXN4`	拟南芥	sp\|Q9LXN4\|HIRA_ARATH Protein HIRA	63.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q652L2`	水稻	sp\|Q652L2\|HIRA_ORYSJ Protein HIRA	61.400%	Swiss-Prot	高置信

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