TkA01G118410 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G118410

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 30023787-30027216 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2532 bp · TkA01G118410|TK1151|cDNA

CTCTATGCCGTACCCAAATACTCCATCCAAGCTTCATTACCATTAAATTCATATAAATTTCAAAATACAATGACATTTGTATCAAGTATTATGTCTTTGTCGTATATTTGTACGAAGAGATCTTAGAGCAAAGATCCAGTTCTAAGGCTATGTCCGAGAGTCTCACAGCTCTCCTCCGTCAACCCTGACAACCACGTGCTTCATAAAATTCCGCCACCTGGCCGCTAAATCGCAGCCTCCCATTTTCATCTCTACATGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1476 bp · TkA01G118410|TK1151|CDS

ATGACTCGTGTGTTTGTTCAGAGAGGTTCTTCTGCCGCTGGGTCTTCTTCATCGTCTAATAATGTAAACAGGTCGAGTTCTTCGTCTTCATCGAGTCAACCTCAGGCTCAGGTTACAGGGGATGACGTTCAAGAACAAGTTATTTCCGAAGATCTTCCTGTAGAAACTACTGAAATTGATCGAATCGATGCTCTCGACGTACCCACCACTGATAAAATCGAAGACGAAACTGTCTCAGAAGATCTTCTAAAAAGAATCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

491 aa · TkA01G118410|TK1151|PROTEIN

MTRVFVQRGSSAAGSSSSSNNVNRSSSSSSSSQPQAQVTGDDVQEQVISEDLPVETTEIDRIDALDVPTTDKIEDETVSEDLLKRISGLRVNEEEEEKDVKKSDDYPSQTTSVSPHPPPPPAPPTPPPKPSTTSNSRRFTPGNSASLRIGSSRRATAWPVVSTGSPRSHPENDGYNSADEQNPCYGSSYNDAERERQFEIDIRRTKGYEVKRMSEDGNCLFRAVADQVYGDSEAYDLARQMCIDYMERERDHFSQFITEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G118410`
TK1151 ID	TkA01G118410
OH-1004 ID	LXL04_004720
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G118410

位置 Chr01:30023787-30027216 (-)

描述 Similar to OTU6: OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g27350`	水解酶，可在体外从蛋白质上移除结合的泛素，因此可能通过防止降解在蛋白质周转水平上发挥重要调控作用。	Involvement of KDM1C histone demethylase-OTLD1 otubain-like histone deubiquitinase complexes in plant gene repression.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1014030108 Distinct phylogenetic relationships and biochemical properties of Arabidopsis ovarian tumor-related deubiquitinases support their functional differentiation.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00084 The histone deubiquitinase OTLD1 targets euchromatin to regulate plant growth.2016 · DOI: 10.1126/scisignal.aaf6767 Activation of gene expression by histone deubiquitinase OTLD1.2017 · DOI: 10.1080/15592294.2017.1348446

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001817 regulation of cytokine production 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

GO:0032700 negative regulation of interleukin-17 production 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G27350

dre:555459

mmu:54644

rno:363452

xtr:448134

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.568

排名 1 · TkA01G118410 · TK1151

细胞核0.417

排名 2 · TkA01G118410 · TK1151

细胞膜0.135

排名 3 · TkA01G118410 · TK1151

高尔基体0.061

排名 4 · TkA01G118410 · TK1151

内质网0.056

排名 5 · TkA01G118410 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16101PRIMA1101-131 aa

PF22812CR_prot_dom_plant115-161 aa

PF10275Peptidase_C65208-225 aa

PF29258OTU_Vertnin214-235 aa

PF02338OTU216-325 aa

PF10275Peptidase_C65240-328 aa

PF29258OTU_Vertnin240-292 aa

PF10275Peptidase_C65357-390 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G118410	`PF16101`	PRIMA1	101	131	5.9	7.4
TkA01G118410	`PF22812`	CR_prot_dom_plant	115	161	1.9	9.7
TkA01G118410	`PF10275`	Peptidase_C65	208	225	8.7e-05	22.8
TkA01G118410	`PF29258`	OTU_Vertnin	214	235	0.0068	17.2
TkA01G118410	`PF02338`	OTU	216	325	1.1e-18	68.6
TkA01G118410	`PF10275`	Peptidase_C65	240	328	8.7e-05	22.8
TkA01G118410	`PF29258`	OTU_Vertnin	240	292	0.0068	17.2
TkA01G118410	`PF10275`	Peptidase_C65	357	390	8.7e-05	22.8
TkA01G118410	`PF29258`	OTU_Vertnin	380	391	0.0068	17.2
TkA01G118410	`PF02338`	OTU	382	405	1.1e-18	68.6
TkA01G118410	`PF22567`	UBA_9	448	479	0.02	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIP2`	拟南芥	sp\|Q9XIP2\|OTU6_ARATH OVARIAN TUMOR DOMAIN-containing deubiquitinating enzyme 6	71.300%	Swiss-Prot	高置信

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