TkA01G118110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G118110

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 29924948-29926181 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

901 bp · TkA01G118110|TK1151|cDNA

AAAAAAACCAAAACCTTCAACTAATCCCCTTTCCCTATATAACTACCTCCTTCCATTACCACTTCAATCAAACCAAATCTCACAAAATGGATCACCACCACAACAATGCTCCCTCCCACCACCAACCAGCCGTAGAAGCAGTCCGTCATACTCCCACCACCCAGTCCCACCACCAATCATCACCGCAAGCTCCAACCGCCGTCCACCATGGCTCTCACCAGAGCTCGAAGTTCACCGACAATAAACCCACTGTTAGGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

600 bp · TkA01G118110|TK1151|CDS

ATGGATCACCACCACAACAATGCTCCCTCCCACCACCAACCAGCCGTAGAAGCAGTCCGTCATACTCCCACCACCCAGTCCCACCACCAATCATCACCGCAAGCTCCAACCGCCGTCCACCATGGCTCTCACCAGAGCTCGAAGTTCACCGACAATAAACCCACTGTTAGGGTTTACAGCAAGGCTAAGACCGATTACTCTCTCACAATTCGTGATGGCTCAGTCGTTATCACGCCCACTAACCCCTCCGATACTCACCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

199 aa · TkA01G118110|TK1151|PROTEIN

MDHHHNNAPSHHQPAVEAVRHTPTTQSHHQSSPQAPTAVHHGSHQSSKFTDNKPTVRVYSKAKTDYSLTIRDGSVVITPTNPSDTHQHWIKEENKQVKDKEGFPSFALINKATGQAIKHATGATKPVQLTEYNPDRVDESVLWTQSKDLGHGFHAVRMVNNIELNLDASKGEVGIHDGSKVLVWEWTKADNQQWTTAPF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G118110`
TK1151 ID	TkA01G118110
OH-1004 ID	LXL04_004728
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	88.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.789 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G118110

位置 Chr01:29924948-29926181 (-)

描述 Similar to R40G3: Ricin B-like lectin R40G3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39050`	在体外结合碳水化合物的凝集素。	The Arabidopsis lectin EULS3 is involved in stomatal closure.2015 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2015.07.005

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0684000`	在体外结合碳水化合物的凝集素。	暂无已核实直接文献
`Os03g0327600`	在体外结合碳水化合物的凝集素。	暂无已核实直接文献
`Os07g0683900`	在体外结合碳水化合物的凝集素。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004728 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39050

dosa:Os03g0327600

dosa:Os07g0683900

dosa:Os07g0684000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.599

排名 1 · TkA01G118110 · TK1151

细胞外0.383

排名 2 · TkA01G118110 · TK1151

细胞核0.184

排名 3 · TkA01G118110 · TK1151

细胞膜0.048

排名 4 · TkA01G118110 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA01G118110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00652Ricin_B_lectin41-97 aa

PF21351TetR_C_4170-90 aa

PF14200RicinB_lectin_272-93 aa

PF14200RicinB_lectin_286-184 aa

PF00652Ricin_B_lectin107-196 aa

PF21351TetR_C_41157-193 aa

PF14200RicinB_lectin_2173-196 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G118110	`PF00652`	Ricin_B_lectin	41	97	0.0011	19.9
TkA01G118110	`PF21351`	TetR_C_41	70	90	0.27	12.2
TkA01G118110	`PF14200`	RicinB_lectin_2	72	93	0.0003	22.1
TkA01G118110	`PF14200`	RicinB_lectin_2	86	184	0.0003	22.1
TkA01G118110	`PF00652`	Ricin_B_lectin	107	196	0.0011	19.9
TkA01G118110	`PF21351`	TetR_C_41	157	193	0.27	12.2
TkA01G118110	`PF14200`	RicinB_lectin_2	173	196	0.0003	22.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q945P1`	拟南芥	sp\|Q945P1\|EULS3_ARATH Ricin B-like lectin EULS3	50.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z4N4`	水稻	sp\|Q6Z4N4\|40G3_ORYSJ Ricin B-like lectin R40G3	52.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q10M12`	水稻	sp\|Q10M12\|40C1_ORYSJ Ricin B-like lectin R40C1	52.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z4N6`	水稻	sp\|Q6Z4N6\|40G2_ORYSJ Ricin B-like lectin R40G2	53.300%	Swiss-Prot	高置信

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