RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G102890
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 26094632-26097301 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1408 bp · TkA01G102890|TK1151|cDNA

CACTCTGCTCTCATATAACTTTGTAATTATCAATAGTTTGGTTAACGAATCAAGATCTGAATCAGGAACTTTGACAAGTAAAAACAAAGATGAACGATCTGTTTTCTGGATCCTTCTCTCGTTTCCGCAGCGAAGAAGGATCACCGCCGCAACCATCTCGTTTCCAGAAGGACCAGAACAACGTCGAGATGACAGGTAACGCGCCGTCTACCGGCGGCGTCAACCTCGACAAGTTTTTTGAAGACGTCGAGGCGATTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · TkA01G102890|TK1151|CDS

ATGAACGATCTGTTTTCTGGATCCTTCTCTCGTTTCCGCAGCGAAGAAGGATCACCGCCGCAACCATCTCGTTTCCAGAAGGACCAGAACAACGTCGAGATGACAGGTAACGCGCCGTCTACCGGCGGCGTCAACCTCGACAAGTTTTTTGAAGACGTCGAGGCGATTAAGGACGAGCTGCGAGCACTTGAGACGTTGCATAACCAGCTACAGTCGTCGCACGAGCATAGCAAAACGCTACACAACGCCAAATCGGTGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

340 aa · TkA01G102890|TK1151|PROTEIN

MNDLFSGSFSRFRSEEGSPPQPSRFQKDQNNVEMTGNAPSTGGVNLDKFFEDVEAIKDELRALETLHNQLQSSHEHSKTLHNAKSVKEVRSKMDNDVAVSLKKAKFIKVRLEALDRSNAANRSVPGCGPGSSSDRTRTSVVNGLRKKLSDSMNSFNDLRNKMASEYRETVQRRYFTVTGENPDESTVDTLISTGQSETFLQKAIQEQGRGQVMDTILEIKERHDAVKEIERNLKELHQVFMDMAVLVESQGEQLDDIENQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G102890
TK1151 IDTkA01G102890
OH-1004 IDLXL04_004834
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 91.765 / OH-1004 92.582
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G102890
位置Chr01:26094632-26097301 (-)
描述Similar to SYP121: Syntaxin-121
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g11820 参与分泌途径的小泡转运蛋白（根据相似性推测）。
Arabidopsis SNAREs SYP61 and SYP121 coordinate the trafficking of plasma membrane aquaporin PIP2;7 to modulate the cell membrane water permeability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127159
At1g61290 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献
At1g11250 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g52400 在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g03330 囊泡运输蛋白，在分泌途径中发挥作用（可能）。
Syntaxin of plant proteins SYP123 and SYP132 mediate root hair tip growth in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu048

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004834 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0006887 exocytosis 生物过程
GO:0006906 vesicle fusion 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009620 response to fungus 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0010148 transpiration 生物过程
GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11250
ath:AT1G61290
ath:AT3G11820
ath:AT3G52400
dosa:Os03g0787000
osa:4334356
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.558
排名 1 · TkA01G102890 · TK1151
细胞质0.248
排名 2 · TkA01G102890 · TK1151
溶酶体／液泡0.173
排名 3 · TkA01G102890 · TK1151
高尔基体0.139
排名 4 · TkA01G102890 · TK1151
内质网0.092
排名 5 · TkA01G102890 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00015MCPsignal28-79 aa
PF17396DUF1611_N32-90 aa
PF07889DUF166443-95 aa
PF00804Syntaxin45-204 aa
PF10046BLOC1_245-71 aa
PF05478Prominin46-177 aa
PF28258MSC_0620_UU05247-95 aa
PF02646RmuC47-89 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G102890PF00015MCPsignal28790.212.2
TkA01G102890PF17396DUF1611_N32900.1113.6
TkA01G102890PF07889DUF166443950.9210.3
TkA01G102890PF00804Syntaxin452042e-53181.1
TkA01G102890PF10046BLOC1_245711.410.1
TkA01G102890PF05478Prominin461771.87.3
TkA01G102890PF28258MSC_0620_UU05247950.001717.7
TkA01G102890PF02646RmuC47890.749.6
TkA01G102890PF00435Spectrin48940.003718.5
TkA01G102890PF00482T2SSF48740.0414.6
TkA01G102890PF19103DUF579049930.2612.6
TkA01G102890PF05073Baculo_p24491016.07.5
TkA01G102890PF28690SPACA6_N501280.2512.8
TkA01G102890PF05531NPV_P1051800.3512.1
TkA01G102890PF03564DUF175951974.87.9
TkA01G102890PF05739SNARE52715.6e-2794.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZSD4拟南芥sp|Q9ZSD4|SY121_ARATH Syntaxin-12172.800%Swiss-Prot高置信
O64791拟南芥sp|O64791|SY124_ARATH Syntaxin-12460.100%Swiss-Prot高置信
Q9SXB0拟南芥sp|Q9SXB0|SY125_ARATH Syntaxin-12557.300%Swiss-Prot高置信
Q9SVC2拟南芥sp|Q9SVC2|SY122_ARATH Syntaxin-12259.400%Swiss-Prot高置信
Q9ZQZ8拟南芥sp|Q9ZQZ8|SY123_ARATH Syntaxin-12356.000%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看