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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G090340
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 22940919-22944778 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2047 bp · TkA01G090340|TK1151|cDNA

GTTGAAACGATTAGCTTTCCATGCAAAAAATAGCTTTGACATTCCGTATTAATTTATCCCTCAAATTTTCAATTAATAATCTCTCCAAAAACGCATAATTTACAAGGAAAATTGTTCTTCTCTGCATTTGACATTTATCAATTCGATTAACAAAACGCAGATTGTTTCTCATATCTCTCTTGCGATTTCCAACCATTTGCGACCTAGAAAAAAAAAACAGAGTGTAATCATGACAGCACCACCGTCACCGTCGTTGGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1620 bp · TkA01G090340|TK1151|CDS

ATGACAGCACCACCGTCACCGTCGTTGGTTGTCCCGGCGTCGCTGTACGTAGGGGATTTGCATCCGGAAATCACCAACGACCAATTGAGCGATGCATTCTCAGAGTATAAAAGCCTTTCTTCCGTTCGGGTTTGCCGTGACTCTTCCACCGGCCGTTCTCTCTGTTATGGCTATGTCAACTTCCTTTCTCCACAAGACGCGACATGTGCTATTGAAGCTAAAAACCACACCATTTTGCATGGGAAAATGATAAGGGTGAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

539 aa · TkA01G090340|TK1151|PROTEIN

MTAPPSPSLVVPASLYVGDLHPEITNDQLSDAFSEYKSLSSVRVCRDSSTGRSLCYGYVNFLSPQDATCAIEAKNHTILHGKMIRVTRTNRDPDVRRSGIGNVFVKNLNESVNNVQLQELFRNFGNILSCKVSTFEDGKSKGYGFVQFETEESSNAAIENLNGTSIGGKHIYVGKFMKKSERTLPSPEDKYTNLYIKNIDLDITEDFLKERFSVFGSIISLIIVRDNNGVSRGFGFVNFEKPNDAKKAVEAMNGLNLGGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G090340
TK1151 IDTkA01G090340
OH-1004 IDLXL04_032594
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)60.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.814 / OH-1004 99.690
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G090340
位置Chr01:22940919-22944778 (-)
描述Similar to PAB7: Polyadenylate-binding protein 7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g36660 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献
At4g34110 结合 mRNA 的聚 尾。 暂无已核实直接文献
At1g22760 结合 mRNA 的聚 尾。
Unexpected complexity of poly(A)-binding protein gene families in flowering plants: three conserved lineages that are at least 200 million years old and possible auto- and cross-regulation.2003 · DOI: 10.1093/genetics/163.1.311
Evidence that poly(A) binding protein has an evolutionarily conserved function in facilitating mRNA biogenesis and export.2003 · DOI: 10.1261/rna.5128903
At1g49760 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献
At2g23350 结合 mRNA 的聚 (A) 尾。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032594 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0045070 positive regulation of viral genome replication 生物过程
GO:0048255 mRNA stabilization 生物过程
GO:0060213 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程
GO:0070934 CRD-mediated mRNA stabilization 生物过程
GO:1900152 negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程
GO:1900153 positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G36660
bta:282296
hsa:26986
mmu:18458
rno:171350
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.647
排名 1 · TkA01G090340 · TK1151
细胞核0.402
排名 2 · TkA01G090340 · TK1151
细胞膜0.059
排名 3 · TkA01G090340 · TK1151
线粒体0.051
排名 4 · TkA01G090340 · TK1151
内质网0.036
排名 5 · TkA01G090340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28978RRM_SRRT13-51 aa
PF00076RRM_115-84 aa
PF16367RRM_715-39 aa
PF22976RRM_1019-81 aa
PF08777RRM_320-77 aa
PF26250RRM_RdRP1_249-73 aa
PF28441RRM_1149-86 aa
PF11608RRM_MARF151-76 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G090340PF28978RRM_SRRT13510.01616.0
TkA01G090340PF00076RRM_115841.3e-81269.1
TkA01G090340PF16367RRM_715395.2e-0627.1
TkA01G090340PF22976RRM_1019812.3e-1144.4
TkA01G090340PF08777RRM_320774.2e-0524.3
TkA01G090340PF26250RRM_RdRP1_249731.2e-0526.3
TkA01G090340PF28441RRM_1149860.002418.9
TkA01G090340PF11608RRM_MARF151760.008517.0
TkA01G090340PF24475RBD_DEAH1154889.2e-1142.6
TkA01G090340PF14605Nup35_RRM_256700.001918.7
TkA01G090340PF11767SET_assoc58770.03614.4
TkA01G090340PF16842RRM_occluded59876.8e-0833.0
TkA01G090340PF29326RRM_MUD2_C981113.5e-0731.0
TkA01G090340PF00076RRM_11031711.3e-81269.1
TkA01G090340PF28976RRM_ACIN11031643.9e-0834.0
TkA01G090340PF16367RRM_71031615.2e-0627.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZQA8拟南芥sp|Q9ZQA8|PABP7_ARATH Polyadenylate-binding protein 753.000%Swiss-Prot高置信
P42731拟南芥sp|P42731|PABP2_ARATH Polyadenylate-binding protein 243.900%Swiss-Prot中等置信
O64380拟南芥sp|O64380|PABP3_ARATH Polyadenylate-binding protein 343.000%Swiss-Prot中等置信
Q9FXA2拟南芥sp|Q9FXA2|PABP8_ARATH Polyadenylate-binding protein 841.500%Swiss-Prot中等置信
O22173拟南芥sp|O22173|PABP4_ARATH Polyadenylate-binding protein 442.900%Swiss-Prot中等置信

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