TkA01G087240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G087240

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 22226983-22228209 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1143 bp · TkA01G087240|TK1151|cDNA

ATGGTTCCTACTATGGTCCGAGATCTCAGTCCAAGTTCTTTTACCCCTACGGTGGTCGCTATTGGCCCTCTTCACAGCCAAGATGAACATCTGCAAGAATTTGAAGTTCAGAAAACAGCTTATTTCCATAAGTGGTTGCATCGTTTGGGTATTAATGAAGGAATCAAGGCATGTTATGCAGGGGTAATGACCTACACCGATTCTGAGCTAGCAAAGATGATGGTAATAGATGCGTGTTTCATACTTGAGTTCATTCAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1143 bp · TkA01G087240|TK1151|CDS

ATGGTTCCTACTATGGTCCGAGATCTCAGTCCAAGTTCTTTTACCCCTACGGTGGTCGCTATTGGCCCTCTTCACAGCCAAGATGAACATCTGCAAGAATTTGAAGTTCAGAAAACAGCTTATTTCCATAAGTGGTTGCATCGTTTGGGTATTAATGAAGGAATCAAGGCATGTTATGCAGGGGTAATGACCTACACCGATTCTGAGCTAGCAAAGATGATGGTAATAGATGCGTGTTTCATACTTGAGTTCATTCAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

380 aa · TkA01G087240|TK1151|PROTEIN

MVPTMVRDLSPSSFTPTVVAIGPLHSQDEHLQEFEVQKTAYFHKWLHRLGINEGIKACYAGVMTYTDSELAKMMVIDACFILEFIQSHFILSGTLSGPNILIAQSIYLDILLIENQIPFFVLKIIFDCTILASGPMTDGSSLAKYIEVLVSGYYFIEEHVVEPDALSPDPDHILGFLHKYFRPAEPMPPTSQLSTKRHTAMELDRAGMKFKPINENKNWVLDMKMAIPQFSWFQRPTMWMPKLKIHDQSELILRNLIVYE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G087240`
TK1151 ID	TkA01G087240
OH-1004 ID	LXL04_038766
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.684 / OH-1004 71.327 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G087240

位置 Chr01:22226983-22228209 (-)

描述 Similar to BOP1: Ribosome biogenesis protein BOP1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47200`	UPF0481 蛋白 At3g47200。	暂无已核实直接文献
`At3g02645`	推定 UPF0481 蛋白 At3g02645。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038766 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0000448 cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000460 maturation of 5.8S rRNA 生物过程

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0000466 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0007276 gamete generation 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G40360

dosa:Os07g0435400

mbr:MONBRDRAFT_37129

mmu:12181

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.820

排名 1 · TkA01G087240 · TK1151

细胞质0.142

排名 2 · TkA01G087240 · TK1151

细胞核0.072

排名 3 · TkA01G087240 · TK1151

内质网0.055

排名 4 · TkA01G087240 · TK1151

细胞外0.025

排名 5 · TkA01G087240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03140DUF2472-368 aa

PF00520Ion_trans120-157 aa

PF00520Ion_trans266-292 aa

PF00520Ion_trans343-371 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G087240	`PF03140`	DUF247	2	368	1.6e-83	282.0
TkA01G087240	`PF00520`	Ion_trans	120	157	0.57	10.0
TkA01G087240	`PF00520`	Ion_trans	266	292	0.57	10.0
TkA01G087240	`PF00520`	Ion_trans	343	371	0.57	10.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SD53`	拟南芥	sp\|Q9SD53\|Y3720_ARATH UPF0481 protein At3g47200	21.500%	Swiss-Prot	低置信
`P0C897`	拟南芥	sp\|P0C897\|Y3264_ARATH Putative UPF0481 protein At3g02645	28.900%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情