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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G085500
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 21810615-21812142 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1318 bp · TkA01G085500|TK1151|cDNA

AACCCTAATCCTAGTGGTGACCATGGTGTAAAGAGATAAGATATAAACGGGTCGGGTCAACCCACATATCCATCACCAGCCTTACCCTATAATAAACCCTCTCTAAATCCGAAACAATCCCTCATCCCGTCTTCCCCCTTAGCAAAAACCTTATCCTCTGCTAAGGAACTTCACCTTTCTCCAAACCCCATAACCATGTCTTCCGCTTCAGCTTCCCTTCAATTTCTATCCCTAGCTTCCTCTAAAACCCTATCTTCACT...

CDS

下载 CDS FASTA

861 bp · TkA01G085500|TK1151|CDS

ATGTCTTCCGCTTCAGCTTCCCTTCAATTTCTATCCCTAGCTTCCTCTAAAACCCTATCTTCACTCTCTAAAACCCCATCTTCAGCTTCACTTTGCCTATTCCCTTCCTCCCTCAAACCCCTTCCAAAGCTTTTCTCCATTCCCACTTCAACAAAGCTCTTCGAGCCCACACCATCGTCCCGCATCTTCCGTAGTGTAGCCGTTTCATCTGGTTTGGAGTTGGACGAAGAGTTGTCCAGTGATGGAGATGACGAACAGCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

286 aa · TkA01G085500|TK1151|PROTEIN

MSSASASLQFLSLASSKTLSSLSKTPSSASLCLFPSSLKPLPKLFSIPTSTKLFEPTPSSRIFRSVAVSSGLELDEELSSDGDDEQPQNFSPDLKLFVGNLPFSVDSAALAGLFEGAGNVEMVEVIYDKVSGRSRGFGFVTMSSVEEVEQAVQKFNGYELEGRQIRVNSGPPPKREESSFGGPREGGRFGGGGGGRSFDNTNRVYVGNLAWSVDNLALETLFREQGTVVDAKVVYDRESGRSRGFGFVTYSSADEVNNAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G085500
TK1151 IDTkA01G085500
OH-1004 IDLXL04_005010
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G085500
位置Chr01:21810615-21812142 (+)
描述Similar to 31 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g37220 可能参与叶绿体RNA的剪接和/或加工。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005010 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0009579 thylakoid 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G37220
nsy:104230409
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.980
排名 1 · TkA01G085500 · TK1151
线粒体0.029
排名 2 · TkA01G085500 · TK1151
细胞核0.028
排名 3 · TkA01G085500 · TK1151
细胞质0.021
排名 4 · TkA01G085500 · TK1151
过氧化物酶体0.010
排名 5 · TkA01G085500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26250RRM_RdRP1_26-20 aa
PF22976RRM_1092-162 aa
PF16367RRM_795-122 aa
PF00076RRM_196-166 aa
PF30126YHR127W_C96-168 aa
PF11608RRM_MARF196-178 aa
PF26250RRM_RdRP1_298-149 aa
PF13893RRM_5110-168 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G085500PF26250RRM_RdRP1_26200.001120.0
TkA01G085500PF22976RRM_10921620.03115.1
TkA01G085500PF16367RRM_7951220.0002721.6
TkA01G085500PF00076RRM_1961668.2e-41138.4
TkA01G085500PF30126YHR127W_C961688.6e-0729.6
TkA01G085500PF11608RRM_MARF1961780.000820.3
TkA01G085500PF26250RRM_RdRP1_2981490.001120.0
TkA01G085500PF13893RRM_51101680.0002921.2
TkA01G085500PF28442DUF84001211680.09213.6
TkA01G085500PF28441RRM_111281660.06414.3
TkA01G085500PF08206OB_RNB1291420.1412.6
TkA01G085500PF03880DbpA1461680.0116.6
TkA01G085500PF16367RRM_72022620.0002721.6
TkA01G085500PF00076RRM_12042748.2e-41138.4
TkA01G085500PF30126YHR127W_C2072788.6e-0729.6
TkA01G085500PF22976RRM_102072690.03115.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZUU4拟南芥sp|Q9ZUU4|CP29B_ARATH RNA-binding protein CP29B, chloroplastic59.700%Swiss-Prot高置信

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