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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G067990
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 17404103-17406969 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

981 bp · TkA01G067990|TK1151|cDNA

ATGGTAATCGTTTTGAGTTTTTTGTACATATTTTTTGGCCCACAAACCACTAGTGCTAACACTTTCGATGTAACATCTTATGGTGCAAAAGGAGATGGGAATACAGACAACTCAGAAGCGTTCATTAAAGCATGGGCTGATTTATGTGGAGATACTTCATCAGACCCAACTTTGATCATACCATCAGCCAATACTTTCATGGTAAACCAGATGGTTTTCATGGGTCCATGTAAATCTCCGACCATAAATATTAAGGCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · TkA01G067990|TK1151|CDS

ATGGTAATCGTTTTGAGTTTTTTGTACATATTTTTTGGCCCACAAACCACTAGTGCTAACACTTTCGATGTAACATCTTATGGTGCAAAAGGAGATGGGAATACAGACAACTCAGAAGCGTTCATTAAAGCATGGGCTGATTTATGTGGAGATACTTCATCAGACCCAACTTTGATCATACCATCAGCCAATACTTTCATGGTAAACCAGATGGTTTTCATGGGTCCATGTAAATCTCCGACCATAAATATTAAGGCTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

326 aa · TkA01G067990|TK1151|PROTEIN

MVIVLSFLYIFFGPQTTSANTFDVTSYGAKGDGNTDNSEAFIKAWADLCGDTSSDPTLIIPSANTFMVNQMVFMGPCKSPTINIKAIHFNECDGLRLSGTTHINGPMLHISINRCNNVDIGNLRILAPGNIHNTDGINVGGSSHVNIHDSIIQTGDDCVAINGGIVDLNVTGVLCGPGHGISIGSLGENGGHDTVEQVRIQHCNITGTTNGLRIKTVPNGSGYARGIIFQDIYLENVGNPILIDQNYCSYSFENPTTQAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G067990
TK1151 IDTkA01G067990
OH-1004 IDLXL04_005307
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)57.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.693 / OH-1004 90.300
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G067990
位置Chr01:17404103-17406969 (+)
描述Similar to At3g15720: Probable polygalacturonase At3g15720
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g15720 可能的聚半乳糖醛酸酶At3g15720。 暂无已核实直接文献
At2g41850 多聚半乳糖醛酸酶参与荚果破碎最后阶段的细胞分离、花药开裂和花器官脱落。
Expression of polygalacturonases and evidence to support their role during cell separation processes in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erm222
ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and QUARTET2 are Polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063768
At3g07970 细胞类型特异性果胶降解以分离小孢子所需的多聚半乳糖醛酸酶。
ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and QUARTET2 are Polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063768
Tetrad analysis possible in Arabidopsis with mutation of the QUARTET (QRT) genes.1994 · DOI: 10.1126/science.8197459

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005307 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程
GO:0009830 cell wall modification involved in abscission 生物过程
GO:0009835 fruit ripening 生物过程
GO:0009901 anther dehiscence 生物过程
GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程
GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程
GO:0048235 pollen sperm cell differentiation 生物过程
GO:0071555 cell wall organization 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G07970
ath:AT3G15720
ath:AT3G57510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.733
排名 1 · TkA01G067990 · TK1151
细胞质0.101
排名 2 · TkA01G067990 · TK1151
溶酶体／液泡0.070
排名 3 · TkA01G067990 · TK1151
内质网0.059
排名 4 · TkA01G067990 · TK1151
细胞膜0.035
排名 5 · TkA01G067990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12708Pect-lyase_RHGA_epim22-89 aa
PF00295Glyco_hydro_2857-81 aa
PF00295Glyco_hydro_2885-313 aa
PF12708Pect-lyase_RHGA_epim230-239 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G067990PF12708Pect-lyase_RHGA_epim22890.0116.4
TkA01G067990PF00295Glyco_hydro_2857812.2e-65221.6
TkA01G067990PF00295Glyco_hydro_28853132.2e-65221.6
TkA01G067990PF12708Pect-lyase_RHGA_epim2302390.0116.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LW07拟南芥sp|Q9LW07|PGLR3_ARATH Probable polygalacturonase At3g1572041.500%Swiss-Prot中等置信
Q8RY29拟南芥sp|Q8RY29|ADPG2_ARATH Polygalacturonase ADPG235.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SFB7拟南芥sp|Q9SFB7|QRT2_ARATH Polygalacturonase QRT244.200%Swiss-Prot中等置信

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