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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G049050
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 12679386-12682069 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1995 bp · TkA01G049050|TK1151|cDNA

AAAAGTGAAACTTCAGGGCCTCGAATGTAAAGTCAGAACATAACTGGGTATCCTCAAATCTCAATCTCTTGTTACCCTGCGCTTCCTTGCTGACAGAGCTTCTTCTTTCTCAATCTCCTCACAAAGACACAAACAATGGCACTTCACTTGCCAAAACCCTAAATTAATAAAAGCGTACCCGTCTTCCAAATTCGAATCTCCTGGGTTTTAATTTAATCAATTCCGTCAACAATAACTGCTTTCATCAGGTACTTTCCTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · TkA01G049050|TK1151|CDS

ATGGATTACGGTCGAGAAAGTGGTAATGTTGTTCAGATAATCACCGGAGGTTCAAGAAACGGCGGTGATTACTGGGGGGATCAGCCCGTATGGGCAACCGAAGACGAATACGGCGTTTGGGACAGAGAAGCATCCGTCGACAATACTTCCAATTCCAATTACGACGGACGACAATCACAAACAAGATCAGGTTCCGAAACACCAAACAAGAAAAGAAACGGGCAAGGAGGCGACGTACAATCTTCCAGTCGTTCAAAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

379 aa · TkA01G049050|TK1151|PROTEIN

MDYGRESGNVVQIITGGSRNGGDYWGDQPVWATEDEYGVWDREASVDNTSNSNYDGRQSQTRSGSETPNKKRNGQGGDVQSSSRSKAIGKMFFKTKLCCKFRAGTCPYITNCNFAHSIEELRRPPPNWQEIVAAHEEERAVSSEPREEYQIPSLGSSSFTVDSQRSYKGRHCKKFYTEEGCPYGDNCTFLHDEQSKARESVVISLGPGSGGGYGGPGGSSTGVIVVGGGAAAGGGGGGGGGGGGQEAAGSNSMLKPSNWK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G049050
TK1151 IDTkA01G049050
OH-1004 IDLXL04_018269
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)30.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 76.253 / OH-1004 83.746
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G049050
位置Chr01:12679386-12682069 (+)
描述Similar to At3g19360: Zinc finger CCCH domain-containing protein 39
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g32360 含锌指 CCCH 结构域的蛋白 12。 暂无已核实直接文献
At2g35430 含锌指CCCH结构域的蛋白28。 暂无已核实直接文献
At3g19360 含锌指CCCH结构域蛋白39。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0159800 含锌指CCCH结构域的蛋白56。 暂无已核实直接文献
Os05g0576300 含锌指CCCH结构域蛋白39。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018269 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32360
ath:AT2G35430
ath:AT3G19360
dosa:Os08g0159800
osa:4344715
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.810
排名 1 · TkA01G049050 · TK1151
细胞质0.255
排名 2 · TkA01G049050 · TK1151
细胞膜0.045
排名 3 · TkA01G049050 · TK1151
内质网0.020
排名 4 · TkA01G049050 · TK1151
溶酶体／液泡0.018
排名 5 · TkA01G049050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19242Zn_finger_prot57-122 aa
PF16131Torus58-119 aa
PF25427zf-CCCH_UNK92-124 aa
PF00642zf-CCCH93-117 aa
PF25585zf-CCCH_DUS3L94-119 aa
PF18044zf-CCCH_496-116 aa
PF18345zf_CCCH_499-116 aa
PF14608zf-CCCH_299-116 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G049050PF19242Zn_finger_prot571220.1212.9
TkA01G049050PF16131Torus581190.0007320.8
TkA01G049050PF25427zf-CCCH_UNK921240.009316.6
TkA01G049050PF00642zf-CCCH931172.1e-2072.8
TkA01G049050PF25585zf-CCCH_DUS3L941191.7e-1351.0
TkA01G049050PF18044zf-CCCH_4961162.8e-1246.8
TkA01G049050PF18345zf_CCCH_4991161.1e-1041.9
TkA01G049050PF14608zf-CCCH_2991160.0001522.8
TkA01G049050PF08352oligo_HPY1011172.39.4
TkA01G049050PF25542zf-CCCH_121041170.001419.0
TkA01G049050PF22623zf-CCCH_91101160.6110.6
TkA01G049050PF16131Torus1421920.0007320.8
TkA01G049050PF25542zf-CCCH_121651930.001419.0
TkA01G049050PF25427zf-CCCH_UNK1651930.009316.6
TkA01G049050PF00642zf-CCCH1671932.1e-2072.8
TkA01G049050PF19242Zn_finger_prot1681930.1212.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LQM3拟南芥sp|Q9LQM3|C3H12_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 1261.200%Swiss-Prot高置信
Q5PP65拟南芥sp|Q5PP65|C3H28_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 2836.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LT81拟南芥sp|Q9LT81|C3H39_ARATH Zinc finger CCCH domain-containing protein 3933.700%Swiss-Prot中等置信
Q84UQ3水稻sp|Q84UQ3|C3H56_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 5666.600%Swiss-Prot高置信
Q6L5G1水稻sp|Q6L5G1|C3H39_ORYSJ Zinc finger CCCH domain-containing protein 3966.700%Swiss-Prot低置信

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