TkA01G042440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G042440

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 10895919-10905975 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8067 bp · TkA01G042440|TK1151|cDNA

ATGTTTAAACAACGCAAATTCCGGGGAGAGAGTAAGTCCGTTCCAAATCCAATTCATGGATTCGCCGAGTCCGACGAACACATGTCCAAATCCTCAGACTCGTCCGAACCCGCAGAAAGAATCTTTGAAATTGACCCCAAGGATCAGGAGGTTATCGATGAAATTCTACAAGAGCCTGCGTCAATACCTGGTATTTGCAAAGTTAACCCTGATTGGAATTTGGGCTCGGAATCCAGTTCAAGTGCTGGAGAAAACCTGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

8067 bp · TkA01G042440|TK1151|CDS

ATGTTTAAACAACGCAAATTCCGGGGAGAGAGTAAGTCCGTTCCAAATCCAATTCATGGATTCGCCGAGTCCGACGAACACATGTCCAAATCCTCAGACTCGTCCGAACCCGCAGAAAGAATCTTTGAAATTGACCCCAAGGATCAGGAGGTTATCGATGAAATTCTACAAGAGCCTGCGTCAATACCTGGTATTTGCAAAGTTAACCCTGATTGGAATTTGGGCTCGGAATCCAGTTCAAGTGCTGGAGAAAACCTGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2688 aa · TkA01G042440|TK1151|PROTEIN

MFKQRKFRGESKSVPNPIHGFAESDEHMSKSSDSSEPAERIFEIDPKDQEVIDEILQEPASIPGICKVNPDWNLGSESSSSAGENLSSKKTSSSHEACPSKDSVTKEEFNMLNGKVDQILGLLQPPTKFPCFEDREKQLESLISTRLQESVSQVEKTYSAFEANCLLKVNECLHEATANTKVFQQTIDDLHRRHEKRMSRLEDEIKEKDKQLMIQNEVLVRTLNTLSDLSDVLQLGRLTSAIEDAIQSILQKPTTADCLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G042440`
TK1151 ID	TkA01G042440
OH-1004 ID	LXL04_008398
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 79.834 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G042440`
位置	Chr01:10895919-10905975 (+)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008398` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006260 DNA replication 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0010224 response to UV-B 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G08020 cje:Cj0945c mmu:208084 rno:367645 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.910

排名 1 · TkA01G042440 · TK1151

细胞质0.177

排名 2 · TkA01G042440 · TK1151

线粒体0.035

排名 3 · TkA01G042440 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA01G042440 · TK1151

内质网0.008

排名 5 · TkA01G042440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13191AAA_16141-200 aa

PF10923BrxC_BrxD145-234 aa

PF10436BCDHK_Adom3148-217 aa

PF20870FAM186A-B_N166-237 aa

PF04851ResIII180-227 aa

PF14214Helitron_like_N181-226 aa

PF20870FAM186A-B_N251-288 aa

PF10436BCDHK_Adom3640-661 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G042440	`PF13191`	AAA_16	141	200	0.052	14.8
TkA01G042440	`PF10923`	BrxC_BrxD	145	234	0.27	10.8
TkA01G042440	`PF10436`	BCDHK_Adom3	148	217	0.14	12.7
TkA01G042440	`PF20870`	FAM186A-B_N	166	237	6.5	6.8
TkA01G042440	`PF04851`	ResIII	180	227	0.72	10.5
TkA01G042440	`PF14214`	Helitron_like_N	181	226	7.5e-59	199.8
TkA01G042440	`PF20870`	FAM186A-B_N	251	288	6.5	6.8
TkA01G042440	`PF10436`	BCDHK_Adom3	640	661	0.14	12.7
TkA01G042440	`PF26475`	DUF8148_C	742	778	0.46	10.4
TkA01G042440	`PF10923`	BrxC_BrxD	1090	1107	0.27	10.8
TkA01G042440	`PF14214`	Helitron_like_N	1225	1409	7.5e-59	199.8
TkA01G042440	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	1362	1418	0.00035	21.5
TkA01G042440	`PF26475`	DUF8148_C	1391	1425	0.46	10.4
TkA01G042440	`PF20199`	RepSA	1394	1434	0.051	13.5
TkA01G042440	`PF23343`	REP_ORF2-G2P	1523	1549	0.00035	21.5
TkA01G042440	`PF05970`	PIF1	1877	2099	1.7e-82	277.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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