TkA01G037580 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G037580

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 9719366-9724924 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

621 bp · TkA01G037580|TK1151|cDNA

GTGATTCATATTTCTCTTTCTTCTTTTTCTTGGGCAAAACACAATACATATATATTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGGGCAGCATTCATGTTGCAACCAGCAGAAGGTTAAAAGAGGGCTTTGGTCACCTGAGGAAGATGAAAAGCTCATTAAGTTCATCACAACTCATGGCTACGGCTGCTGGAGTGAAGTCCCAGAGAAAGCTGGCTCTCCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

390 bp · TkA01G037580|TK1151|CDS

ATGGGGCAGCATTCATGTTGCAACCAGCAGAAGGTTAAAAGAGGGCTTTGGTCACCTGAGGAAGATGAAAAGCTCATTAAGTTCATCACAACTCATGGCTACGGCTGCTGGAGTGAAGTCCCAGAGAAAGCTGTTTCAGGGCTTCAAAGATGCGGAAAGAGTTGTCGATTGAGATGGATAAACTATTTGAGACCCGATATCCGAAGAGGAAAGTTTACACCTGAGGAAGAAAAGTTGATCATCAATCTTCATAGCGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

130 aa · TkA01G037580|TK1151|PROTEIN

MGQHSCCNQQKVKRGLWSPEEDEKLIKFITTHGYGCWSEVPEKAVSGLQRCGKSCRLRWINYLRPDIRRGKFTPEEEKLIINLHSVVGNKWAHIASHLPGRTDNEIKNYWNSWIKKKINRKPTSTSMITR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G037580`
TK1151 ID	TkA01G037580
OH-1004 ID	LXL04_005524
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 40.764 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G037580

位置 Chr01:9719366-9724924 (-)

描述 Similar to MYB61: Transcription factor MYB61

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09540`	协调下游靶基因小型网络的转录因子；这些基因参与木质部形成、木质部细胞分化、侧根形成等多个植物生长发育过程。	AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor controlling stomatal aperture in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.06.041 MUM ENHANCERS are important for seed coat mucilage production and mucilage secretory cell differentiation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/jxb/erp102 AtMYB61, an R2R3-MYB transcription factor, functions as a pleiotropic regulator via a small gene network.2012 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2012.04201.x Interactions between the R2R3-MYB transcription factor, AtMYB61, and target DNA binding sites.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0065132 AaMYB1 and its orthologue AtMYB61 affect terpene metabolism and trichome development in Artemisia annua and Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13509
`At5g26660`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g13890`	可能是转录因子，调控花药内壁次生细胞壁增厚，这是花药裂开所必需的。	Disruption of Arabidopsis thaliana MYB26 results in male sterility due to non-dehiscent anthers.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01745.x Efficient production of male and female sterile plants by expression of a chimeric repressor in Arabidopsis and rice.2006 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2006.00184.x Arabidopsis MYB26/MALE STERILE35 regulates secondary thickening in the endothecium and is essential for anther dehiscence.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.046391
`At4g34990`	转录因子MYB32。	暂无已核实直接文献
`At5g12870`	转录激活剂。	The MYB46 transcription factor is a direct target of SND1 and regulates secondary wall biosynthesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053678 MYB83 is a direct target of SND1 and acts redundantly with MYB46 in the regulation of secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1093/pcp/pcp139 MYB46 and MYB83 bind to the SMRE sites and directly activate a suite of transcription factors and secondary wall biosynthetic genes.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcr185 Transcription factor MYB46 is an obligate component of the transcriptional regulatory complex for functional expression of secondary wall-associated cellulose synthases in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2013.04.012 Transcription factors that directly regulate the expression of CSLA9 encoding mannan synthase in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1007/s11103-013-0154-9

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005524 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010089 xylem development 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09540

ath:AT3G01140

ath:AT3G13890

ath:AT4G34990

ath:AT5G26660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.883

排名 1 · TkA01G037580 · TK1151

细胞质0.184

排名 2 · TkA01G037580 · TK1151

线粒体0.040

排名 3 · TkA01G037580 · TK1151

细胞膜0.015

排名 4 · TkA01G037580 · TK1151

质体0.007

排名 5 · TkA01G037580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09111SLIDE10-41 aa

PF15963Myb_DNA-bind_711-33 aa

PF17770RNase_J_C12-46 aa

PF00249Myb_DNA-binding14-63 aa

PF13921Myb_DNA-bind_617-78 aa

PF23588HTH_CHD1_Hrp317-40 aa

PF09111SLIDE60-93 aa

PF00249Myb_DNA-binding69-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G037580	`PF09111`	SLIDE	10	41	0.031	15.0
TkA01G037580	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	11	33	0.021	15.3
TkA01G037580	`PF17770`	RNase_J_C	12	46	0.011	17.3
TkA01G037580	`PF00249`	Myb_DNA-binding	14	63	1.5e-36	124.9
TkA01G037580	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	17	78	5.5e-27	94.4
TkA01G037580	`PF23588`	HTH_CHD1_Hrp3	17	40	0.00039	21.1
TkA01G037580	`PF09111`	SLIDE	60	93	0.031	15.0
TkA01G037580	`PF00249`	Myb_DNA-binding	69	113	1.5e-36	124.9
TkA01G037580	`PF15963`	Myb_DNA-bind_7	71	112	0.021	15.3
TkA01G037580	`PF13921`	Myb_DNA-bind_6	72	127	5.5e-27	94.4
TkA01G037580	`PF17770`	RNase_J_C	72	129	0.011	17.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZQ2`	拟南芥	sp\|Q8VZQ2\|MYB61_ARATH Transcription factor MYB61	72.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LPH6`	拟南芥	sp\|Q8LPH6\|MYB86_ARATH Transcription factor MYB86	69.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SPG3`	拟南芥	sp\|Q9SPG3\|MYB26_ARATH Transcription factor MYB26	70.700%	Swiss-Prot	高置信
`O49608`	拟南芥	sp\|O49608\|MYB32_ARATH Transcription factor MYB32	62.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LXV2`	拟南芥	sp\|Q9LXV2\|MYB46_ARATH Transcription factor MYB46	61.300%	Swiss-Prot	高置信

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