TkA01G037040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G037040

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 9560815-9565512 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2561 bp · TkA01G037040|TK1151|cDNA

TCCTCTCTGTATCTGGGTCAAAGAAACCATACCTCTCTGCCTCCCCTCATCTCAATCAATCTTCCATATGTGAAGAAGGTCGAAGTTCAAGGGTTTGGGGGTTTCGATTTTGACTGAAATCGACGAATTTGCTGGAAATAGAAATCGTCTGCAACATGCTGAGAACCGTAATCAAGACAACACCCGACGACTTGGTTCCAGTCGTATACCTATTAGCCAATAGAATCGCTCCAGCACACGAAGGTTTAGAGCTTGGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1746 bp · TkA01G037040|TK1151|CDS

ATGCTGAGAACCGTAATCAAGACAACACCCGACGACTTGGTTCCAGTCGTATACCTATTAGCCAATAGAATCGCTCCAGCACACGAAGGTTTAGAGCTTGGAATCGGCGATGCTTCCATTATCAAAGCACTTGCTGAAGCTTGTGGTGCAAAAGAAGTACATATAAAAAAACAATACAAGGAATTGGGAGACTTGGGCCTTGTTGCTAAAGCAAGCCGTTCTTCCCAACCTCTGATGCGTAAACCTCAACCTTTGACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

581 aa · TkA01G037040|TK1151|PROTEIN

MLRTVIKTTPDDLVPVVYLLANRIAPAHEGLELGIGDASIIKALAEACGAKEVHIKKQYKELGDLGLVAKASRSSQPLMRKPQPLTVSKVFDTFRVIAKESGKDSQDKKKNHIKGLLVAATDCEPQYLIRLLQTKLRIGLAEQTLLTALGHAIAYTEKHPTDLEEAAKIVKQVYSVISVYDKIVPALLSNGILDLPKTCCFSPGVPVGPMLAKPTKGVSEILDKFQDMEFTCEYKYDGERAQIHYLEDGTVQIYSRNAER...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G037040`
TK1151 ID	TkA01G037040
OH-1004 ID	LXL04_033003
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 69.748 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G037040

位置 Chr01:9560815-9565512 (+)

描述 Similar to LIG1: DNA ligase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08130`	必需蛋白质。	DNA ligase 1 deficient plants display severe growth defects and delayed repair of both DNA single and double strand breaks.2009 · DOI: 10.1186/1471-2229-9-79 DNA LIGASE I exerts a maternal effect on seed development in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1242/dev.041020

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033003 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006273 lagging strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0032201 telomere maintenance via semi-conservative replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08130

ddi:DDB_G0274493

hsa:3978

mmu:16881

xla:397978

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.719

排名 1 · TkA01G037040 · TK1151

细胞质0.334

排名 2 · TkA01G037040 · TK1151

线粒体0.084

排名 3 · TkA01G037040 · TK1151

细胞膜0.024

排名 4 · TkA01G037040 · TK1151

内质网0.016

排名 5 · TkA01G037040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04675DNA_ligase_A_N2-149 aa

PF29374EDDM1342-82 aa

PF01068DNA_ligase_A_M209-413 aa

PF09414RNA_ligase229-412 aa

PF29374EDDM13398-418 aa

PF04679DNA_ligase_A_C440-549 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G037040	`PF04675`	DNA_ligase_A_N	2	149	9.6e-45	153.6
TkA01G037040	`PF29374`	EDDM13	42	82	0.24	11.7
TkA01G037040	`PF01068`	DNA_ligase_A_M	209	413	3e-68	230.2
TkA01G037040	`PF09414`	RNA_ligase	229	412	6.6e-07	30.4
TkA01G037040	`PF29374`	EDDM13	398	418	0.24	11.7
TkA01G037040	`PF04679`	DNA_ligase_A_C	440	549	3.5e-21	76.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42572`	拟南芥	sp\|Q42572\|DNLI1_ARATH DNA ligase 1	73.700%	Swiss-Prot	高置信

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