TkA01G032820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G032820

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 8518291-8519477 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1113 bp · TkA01G032820|TK1151|cDNA

ATGGTCGAATCAATGGCGGCATCATCGTTGTTACGACCCACGCCAATTTTAGGGCATCATTGGAGACAAAGACGACATTCTTCCGCTAAACATCTCGCAATGAACCCTAATCGGTTCTCCAAACTTCACCCAATCAAAGCTCAAGCAATCGAGCTAACCAGAGAGATATACAACTTCAAAGAAGAAGACAGATTCCAGGAAAAACCCGATAACACTAACCCACATAAAAAACCCATACCTTCATGGCCGCCAAACAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1113 bp · TkA01G032820|TK1151|CDS

ATGGTCGAATCAATGGCGGCATCATCGTTGTTACGACCCACGCCAATTTTAGGGCATCATTGGAGACAAAGACGACATTCTTCCGCTAAACATCTCGCAATGAACCCTAATCGGTTCTCCAAACTTCACCCAATCAAAGCTCAAGCAATCGAGCTAACCAGAGAGATATACAACTTCAAAGAAGAAGACAGATTCCAGGAAAAACCCGATAACACTAACCCACATAAAAAACCCATACCTTCATGGCCGCCAAACAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

370 aa · TkA01G032820|TK1151|PROTEIN

MVESMAASSLLRPTPILGHHWRQRRHSSAKHLAMNPNRFSKLHPIKAQAIELTREIYNFKEEDRFQEKPDNTNPHKKPIPSWPPNNKADNKSLQNPLQRQHQMGCGWLAAIFEWEGVLIEDNPDLEQQSWLTLSQEESKSPPPTFILKRIQGMKNEQAISEVLCWSRDPSQLSRMSSRKEEIHKSLQSGIFRFRDGSREFVNTLTRYNIPMALVSTRPRKNLEEAIGAIGINGVFNVVVTCEDVYRGKPDPEMFMYAAQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G032820`
TK1151 ID	TkA01G032820
OH-1004 ID	LXL04_005577
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.865 / OH-1004 97.500 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G032820

位置 Chr01:8518291-8519477 (-)

描述 Similar to PYRP2: 5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil phosphatase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g11570`	催化 5-氨基-6-(5-磷酸-D-核糖醇氨基)尿嘧啶的去磷酸化，但对黄素单核苷酸不具有活性。	Identification and characterization of the missing phosphatase on the riboflavin biosynthesis pathway in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13291

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005577 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0009231 riboflavin biosynthetic process 生物过程

GO:0017000 antibiotic biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能

GO:0008801 beta-phosphoglucomutase activity 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0043726 5-amino-6-(5-phosphoribitylamino)uracil phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G11570

bsu:BSU09240

bsu:BSU34550

tma:TM1254

tmi:THEMA_08065

tmm:Tmari_1259

tmw:THMA_1279

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.957

排名 1 · TkA01G032820 · TK1151

细胞核0.039

排名 2 · TkA01G032820 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA01G032820 · TK1151

细胞质0.020

排名 4 · TkA01G032820 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkA01G032820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13419HAD_2111-291 aa

PF05822UMPH-1164-217 aa

PF00702Hydrolase194-284 aa

PF13242Hydrolase_like246-293 aa

PF00702Hydrolase330-360 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G032820	`PF13419`	HAD_2	111	291	1.4e-19	71.5
TkA01G032820	`PF05822`	UMPH-1	164	217	0.045	14.0
TkA01G032820	`PF00702`	Hydrolase	194	284	1.4e-14	55.6
TkA01G032820	`PF13242`	Hydrolase_like	246	293	2.8e-05	24.7
TkA01G032820	`PF00702`	Hydrolase	330	360	1.4e-14	55.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDD5`	拟南芥	sp\|Q9LDD5\|PYRP2_ARATH 5-amino-6-(5-phospho-D-ribitylamino)uracil phosphatase, chloroplastic	66.300%	Swiss-Prot	高置信

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