TkA01G028270 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G028270

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 7250242-7253533 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2221 bp · TkA01G028270|TK1151|cDNA

CCCCGGTTTAGTTTTTCAATTTGGTTTTGAATTGTATCCGGTTTTCTTCGCCCCCGGCGGATTGTGGGGTGGAATATACCGCAAGACATCACTTTCAGTCGCCGTCTCCGGTCCGAATGAGCTCTCGCCTACCTCCTATCCTCCTCCGCAACCTCCATTCTTCTCTAGACGTCTCCTCCATGGCGGCGGCCGGTTTCATCTTCCGAACCCTCTCCACACACTCACTCTCGGCCTCATCCAAACTCTCATCGTTACCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · TkA01G028270|TK1151|CDS

ATGAGCTCTCGCCTACCTCCTATCCTCCTCCGCAACCTCCATTCTTCTCTAGACGTCTCCTCCATGGCGGCGGCCGGTTTCATCTTCCGAACCCTCTCCACACACTCACTCTCGGCCTCATCCAAACTCTCATCGTTACCTTCACTGGTCTCTCATTGTCGCTCCAATCTTTCCTATTCTACTACCTCTTCTTCTCCGTTGCTTGGTGGTTTATTCAGTGCTCACCGTAGCATAGATGGAGATTGGATGCATTCGAGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · TkA01G028270|TK1151|PROTEIN

MSSRLPPILLRNLHSSLDVSSMAAAGFIFRTLSTHSLSASSKLSSLPSLVSHCRSNLSYSTTSSSPLLGGLFSAHRSIDGDWMHSRRLGGKVSASQRGYRKVRGRPAARKKEKGKELELDVRICLEEQLPDDPEILDIAEMLRLNVPMAMKLAFDSLKDSEHKTRDPSVDDVGQFESVELSILLCNDEFIRELNKDWRNEDHATDVLSMSQHVPELKLPLLMLGDIIISVETAARQAEERGHTLLDEIRVLMVHGLLHLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G028270`
TK1151 ID	TkA01G028270
OH-1004 ID	LXL04_005609
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 48.958 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G028270

位置 Chr01:7250242-7253533 (+)

描述 Similar to YBEY: Endoribonuclease YBEY, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25870`	叶绿体核糖体 RNA 加工所需的核糖核酸内切酶，对于正常生长和发育至关重要。	The conserved endoribonuclease YbeY is required for chloroplast ribosomal RNA processing in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.255000

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005609 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004222 metalloendopeptidase activity 分子功能

GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

aae:aq_1354

ade:Adeh_2719

ath:AT2G25870

hmo:HM1_2448

sul:SYO3AOP1_0254

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.919

排名 1 · TkA01G028270 · TK1151

线粒体0.086

排名 2 · TkA01G028270 · TK1151

细胞核0.049

排名 3 · TkA01G028270 · TK1151

细胞质0.036

排名 4 · TkA01G028270 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA01G028270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12710HAD142-207 aa

PF02130YbeY176-285 aa

PF00702Hydrolase249-249 aa

PF12710HAD253-271 aa

PF08282Hydrolase_3329-372 aa

PF00702Hydrolase329-351 aa

PF13344Hydrolase_6329-368 aa

PF12710HAD329-343 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G028270	`PF12710`	HAD	142	207	0.087	13.9
TkA01G028270	`PF02130`	YbeY	176	285	8.8e-36	123.7
TkA01G028270	`PF00702`	Hydrolase	249	249	0.0038	18.4
TkA01G028270	`PF12710`	HAD	253	271	0.087	13.9
TkA01G028270	`PF08282`	Hydrolase_3	329	372	5.9e-13	49.9
TkA01G028270	`PF00702`	Hydrolase	329	351	0.0038	18.4
TkA01G028270	`PF13344`	Hydrolase_6	329	368	0.0062	17.3
TkA01G028270	`PF12710`	HAD	329	343	0.087	13.9
TkA01G028270	`PF04312`	DUF460	331	372	0.086	13.3
TkA01G028270	`PF00702`	Hydrolase	349	374	0.0038	18.4
TkA01G028270	`PF12710`	HAD	350	372	0.087	13.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L5Z4`	拟南芥	sp\|Q8L5Z4\|YBEY_ARATH Endoribonuclease YBEY, chloroplastic	69.600%	Swiss-Prot	高置信

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