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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G026750
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 6923513-6927111 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1980 bp · TkA01G026750|TK1151|cDNA

ATAAAACAAAGTCAGATATTTTCCCTTTGTTTGGGCGGACAATGCTACAGTGTCCAGATGGACTGTCACAATGGAAGGTCAAACTTCAAAGGTGTGACATTAAATCGAGATATGTAGATACAAGTTTTGCTGTTTTGGTATATCCAATCTCCCAAGAAAGAAACAAGAACAGAGATCATTTTAGACAATAAAAAAAGCGGATCACTGTGTGTGATTTAATCAATCGATCCATCGACTTTCACCGCTGCAACGAGATTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1260 bp · TkA01G026750|TK1151|CDS

ATGGGTGTTCCTAAACCAGGACTACATCGTAAAATCCAAACAAGCAAGGCGCCATTACTAATGGAGAGAACAGAAACCAATACCGATTGTGAACATGTGATTAATATACCAACAAGTAGCAATGAAGCTTCATCATCTACCTCAACTCTCTCTACACCTTCAACAAGTTCACAACCTCCAGTCTTGCAACATTCTTTTTCTACTACAAACACAAGGAATACATCATTTTCAAGACGAGGGAATGGGAATGGGAATGGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

419 aa · TkA01G026750|TK1151|PROTEIN

MGVPKPGLHRKIQTSKAPLLMERTETNTDCEHVINIPTSSNEASSSTSTLSTPSTSSQPPVLQHSFSTTNTRNTSFSRRGNGNGNGNGRRRSPLNSGYWISVELVITVSQIIAAIVVLSLSRDEHPHAPLFTWVIGYASGCVVTLPLLFWRFYNRNASNQEVSQGRQNSTPGSLSAVASSFTSSSNGRIFEGDNRNTAGTSTRRMAMGALSARVKVLVEYFKMGLDCFFAVWFVVGNVWIFGGHTSSSVAPNLYRLCIVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G026750
TK1151 IDTkA01G026750
OH-1004 IDLXL04_005658
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G026750
位置Chr01:6923513-6927111 (-)
描述Similar to At4g11680: E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g63170 介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。 暂无已核实直接文献
At1g12760 在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。 暂无已核实直接文献
At2g01735 可能是胚胎发育所需的 E3 泛素蛋白连接酶。
A RING-H2 zinc-finger protein gene RIE1 is essential for seed development in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000009256.01620.a6

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005658 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0046330 positive regulation of JNK cascade 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005637 nuclear inner membrane 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分
GO:0005768 endosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12760
ath:AT1G63170
ath:AT2G01735
ath:AT4G11680
mmu:24017
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.383
排名 1 · TkA01G026750 · TK1151
细胞膜0.263
排名 2 · TkA01G026750 · TK1151
内质网0.199
排名 3 · TkA01G026750 · TK1151
细胞质0.190
排名 4 · TkA01G026750 · TK1151
高尔基体0.140
排名 5 · TkA01G026750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13923zf-C3HC4_223-33 aa
PF27961CSNKA2IP23-76 aa
PF00097zf-C3HC426-32 aa
PF14634zf-RING_528-34 aa
PF13445zf-RING_UBOX28-34 aa
PF26753SIS3_N113-138 aa
PF27961CSNKA2IP150-192 aa
PF26753SIS3_N209-274 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G026750PF13923zf-C3HC4_223330.0001122.7
TkA01G026750PF27961CSNKA2IP23763.08.0
TkA01G026750PF00097zf-C3HC426325.6e-0626.8
TkA01G026750PF14634zf-RING_528340.0005620.5
TkA01G026750PF13445zf-RING_UBOX28340.005717.3
TkA01G026750PF26753SIS3_N1131380.9610.0
TkA01G026750PF27961CSNKA2IP1501923.08.0
TkA01G026750PF26753SIS3_N2092740.9610.0
TkA01G026750PF13920zf-C3HC4_32722880.000321.3
TkA01G026750PF13639zf-RING_22742871.7e-1454.5
TkA01G026750PF00097zf-C3HC42802895.6e-0626.8
TkA01G026750PF13445zf-RING_UBOX2812850.005717.3
TkA01G026750PF13920zf-C3HC4_33513980.000321.3
TkA01G026750PF23555zf-RING_Vps413533880.03414.5
TkA01G026750PF13639zf-RING_23543951.7e-1454.5
TkA01G026750PF17123zf-RING_113543812.6e-0937.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LDB8拟南芥sp|Q8LDB8|RING2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g6317032.800%Swiss-Prot中等置信
Q9LN71拟南芥sp|Q9LN71|RING1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g1276031.700%Swiss-Prot中等置信
Q8GUU2拟南芥sp|Q8GUU2|RIE1_ARATH E3 ubiquitin protein ligase RIE126.000%Swiss-Prot低置信

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