TkA01G020200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G020200

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 5183448-5187305 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1906 bp · TkA01G020200|TK1151|cDNA

ATCCCTCTCTCTCTCTTGGACCATCTCATCTTCTTCCTCCAATTCCGAAACCTTCTGCCATATCCACCGGCCCCCACTACCCCTATCTTCACCTCTCTGCCATACATCAACCGCAAAACTTCAAAATCCGCTGTCTGCGGTGTTGTGAGTGGTCTATGCAACGATAGCTACAGCCCACTCTCAGTTCACAGTCGACAAAAGATGATTGAGATAATTAAGTATCTGATCGGCTCCGCCGGGGAAAGCGGCTACGGTTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

801 bp · TkA01G020200|TK1151|CDS

ATCCCTCTCTCTCTCTTGGACCATCTCATCTTCTTCCTCCAATTCCGAAACCTTCTGCCATATCCACCGGCCCCCACTACCCCTATCTTCACCTCTCTGCCATACATCAACCGCAAAACTTCAAAATCCGCTGTCTGCGGTGTTGTGAGTGGTCTATGCAACGATAGCTACAGCCCACTCTCAGTTCACAGTCGACAAAAGATGATTGAGATAATTAAGTATCTGATCGGCTCCGCCGGGGAAAGCGGCTACGGTTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

266 aa · TkA01G020200|TK1151|PROTEIN

IPLSLLDHLIFFLQFRNLLPYPPAPTTPIFTSLPYINRKTSKSAVCGVVSGLCNDSYSPLSVHSRQKMIEIIKYLIGSAGESGYGSKSTAEKVTSNCNRLCSCTAIITGATSGIGAETARVLAKGGARIVMPARNLKAAEETKARILSEFPDSEIIVMKLDLSSLYSVRRFVSDFESLNLPLNLLINNAGKFSQNHGVSEDGMEMTFATNYLGHFLLTELLTKNMIDTANITGVQGRIVNVSSGIHTWFSGDLIRSLGRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G020200`
TK1151 ID	TkA01G020200
OH-1004 ID	LXL04_009512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	62.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 71.805 / OH-1004 53.482 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G020200

位置 Chr01:5183448-5187305 (+)

描述 Similar to TIC32B: Short-chain dehydrogenase TIC 32 B, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23430`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	Tic32, an essential component in chloroplast biogenesis.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m402817200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G23430

bna:106397857

hsa:57665

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.249

排名 1 · TkA01G020200 · TK1151

内质网0.206

排名 2 · TkA01G020200 · TK1151

线粒体0.191

排名 3 · TkA01G020200 · TK1151

细胞核0.157

排名 4 · TkA01G020200 · TK1151

质体0.119

排名 5 · TkA01G020200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106adh_short40-55 aa

PF23941DUF727686-143 aa

PF23441SDR97-160 aa

PF00106adh_short104-244 aa

PF08659KR104-227 aa

PF01370Epimerase106-243 aa

PF13561adh_short_C2109-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G020200	`PF00106`	adh_short	40	55	1.9e-25	90.2
TkA01G020200	`PF23941`	DUF7276	86	143	0.19	12.1
TkA01G020200	`PF23441`	SDR	97	160	0.084	13.0
TkA01G020200	`PF00106`	adh_short	104	244	1.9e-25	90.2
TkA01G020200	`PF08659`	KR	104	227	1.9e-09	38.4
TkA01G020200	`PF01370`	Epimerase	106	243	0.0026	17.9
TkA01G020200	`PF13561`	adh_short_C2	109	243	2.1e-11	44.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A2RVM0`	拟南芥	sp\|A2RVM0\|TIC32_ARATH Short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic	49.700%	Swiss-Prot	中等置信

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