TkA01G019340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G019340

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 4954335-4955828 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1316 bp · TkA01G019340|TK1151|cDNA

CCAACTAAAATGGGCTTCTAGCCCTTCAGGCCTCCACCACCATCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACGACGGGTGTTTCCCTTCTCTCCGGTAACCACAATATTAGAGCTTTCAGAGACACCAAGAGAGAGCATCATCATCATCATCATCATCGGTTTTCAGAGGCTTCGATCGCTAAAGACTTTACGTTCGCTGTAGTTTTCATGTCTTATAATCATCACAAATGGAGATCTCGTTTCCTTTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

900 bp · TkA01G019340|TK1151|CDS

ATGGAGATCTCGTTTCCTTTCTCCGATTACGAATATTTTAAATTACTTTCCCTCTTTCTAGCCCTAATTTTCCCTCTTTTCTGCTCTTTATTCCTCCTCTCCCCCTTTCTCATAATCGCATTCTCTCACTCGACCAAAAGAAAGCCTTGTAACAAGTGTGTTTGCTTCAATTCCAACGGCATCGGCGACGATCCACGTTCCGATTTCATGACTATTACCGCTACTGCGGTGGCAAGGATGCCGAATAGTGCCGGGGAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

299 aa · TkA01G019340|TK1151|PROTEIN

MEISFPFSDYEYFKLLSLFLALIFPLFCSLFLLSPFLIIAFSHSTKRKPCNKCVCFNSNGIGDDPRSDFMTITATAVARMPNSAGEMMVVERDRQQTVGASMMEQLVPEITTHVLSYLDYRSLCSLSITNSSMRKAANDDNAWKTLFHKDFTTEQASIRPGNGWKAYYAATKAIVNINQRFFDVIRERSIIEMGQIWLNADYVKCVHASGDIFTGYNRVIRSWQLAFNWELGIDFQIQDVSARVMTDMAWVTMKAYIAMD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G019340`
TK1151 ID	TkA01G019340
OH-1004 ID	LXL04_005742
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G019340

位置 Chr01:4954335-4955828 (+)

描述 Similar to SKIP8: F-box protein SKIP8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10925`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g23960`	可能的F-box蛋白 At4g23960。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005742 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10925

ath:AT4G23960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.404

排名 1 · TkA01G019340 · TK1151

细胞核0.381

排名 2 · TkA01G019340 · TK1151

细胞膜0.116

排名 3 · TkA01G019340 · TK1151

质体0.100

排名 4 · TkA01G019340 · TK1151

内质网0.099

排名 5 · TkA01G019340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15966F-box_4102-135 aa

PF00646F-box105-144 aa

PF12937F-box-like108-148 aa

PF06881Elongin_A130-172 aa

PF12680SnoaL_2137-174 aa

PF14534DUF4440138-152 aa

PF13474SnoaL_3174-287 aa

PF14534DUF4440179-277 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G019340	`PF15966`	F-box_4	102	135	0.018	15.7
TkA01G019340	`PF00646`	F-box	105	144	5.4e-06	26.8
TkA01G019340	`PF12937`	F-box-like	108	148	1.7e-08	34.8
TkA01G019340	`PF06881`	Elongin_A	130	172	0.33	12.2
TkA01G019340	`PF12680`	SnoaL_2	137	174	0.0069	17.7
TkA01G019340	`PF14534`	DUF4440	138	152	0.00033	21.8
TkA01G019340	`PF13474`	SnoaL_3	174	287	3.9e-22	79.5
TkA01G019340	`PF14534`	DUF4440	179	277	0.00033	21.8
TkA01G019340	`PF12680`	SnoaL_2	179	278	0.0069	17.7
TkA01G019340	`PF27039`	ZBED1_RNase-like_helical	201	267	0.19	12.5
TkA01G019340	`PF08332`	CaMKII_AD	265	287	0.19	12.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YV9`	拟南芥	sp\|Q93YV9\|SKIP8_ARATH F-box protein SKIP8	66.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9T0B0`	拟南芥	sp\|Q9T0B0\|FB335_ARATH Probable F-box protein At4g23960	53.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情