TkA01G019170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G019170

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 4899316-4908207 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1453 bp · TkA01G019170|TK1151|cDNA

TGGAAGTTACGTCACCCGGAAATCGGTTGGCATATCAAAATTGTTTCAAAAATCGCAACAATTTAAAACGACGCCTATCTTCGTCCACTTTTCATCCCCTTGAGATCGATTGATATATAGTGAAATCGATTCAAACAGATCTTATTTCCATCAAAGCAATCACAGCGTTTTTTTGCCACTTCATCGCAAATCTTCTTCCTCATGAGTCTTAGTAAAATCGAGAACGAAGGTTCTACCTCAAAGAACTCCGATGCTATTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1065 bp · TkA01G019170|TK1151|CDS

ATGAGTCTTAGTAAAATCGAGAACGAAGGTTCTACCTCAAAGAACTCCGATGCTATTTCAGATAGAGAATATTTCGAGCTTTCGGGACCCACACACCTAACTACCATTGACTGGACTAATCCAGATCACAGACGCTCTGTCGCAGCATGCTTAGTCCAAGGCGTATACATCACCGAACGAGACCGCCAAGAAAACCGCCAACCGCCACTCGCGCCGCCATGGTGGCAATCTTTCAACTTCGACATACACAGTCAACTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

354 aa · TkA01G019170|TK1151|PROTEIN

MSLSKIENEGSTSKNSDAISDREYFELSGPTHLTTIDWTNPDHRRSVAACLVQGVYITERDRQENRQPPLAPPWWQSFNFDIHSQLIDDADSSIFGTIYKSKNPQSQSTPSYIIAFRGTVTKGNSFSRDLELDIHIIKNGLHQSSRFQIAMQAVKNLVTENKKSNIWLTGHSLGSAMALLTGKKMAKSGILLDSYLFNPPFFSAPLENIKDQNIKHGIRIASSFLTAGLAVAAKIKNANQQNLMPEDSFLALAGWVPCLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G019170`
TK1151 ID	TkA01G019170
OH-1004 ID	LXL04_005749
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.395 / OH-1004 42.440 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G019170

位置 Chr01:4899316-4908207 (+)

描述 Similar to At4g10955: GDSL esterase/lipase At4g10955

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10955`	GDSL酯酶/脂肪酶At4g10955。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005749 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10955

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.386

排名 1 · TkA01G019170 · TK1151

细胞质0.352

排名 2 · TkA01G019170 · TK1151

细胞核0.144

排名 3 · TkA01G019170 · TK1151

细胞膜0.118

排名 4 · TkA01G019170 · TK1151

线粒体0.084

排名 5 · TkA01G019170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12697Abhydrolase_651-76 aa

PF20408Abhydrolase_1155-73 aa

PF26363Phospholipase-like85-179 aa

PF11187Mbeg1-like111-184 aa

PF05728UPF0227141-202 aa

PF01764Lipase_3149-189 aa

PF10230LIDHydrolase149-190 aa

PF20408Abhydrolase_11150-200 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G019170	`PF12697`	Abhydrolase_6	51	76	0.035	15.4
TkA01G019170	`PF20408`	Abhydrolase_11	55	73	0.027	14.9
TkA01G019170	`PF26363`	Phospholipase-like	85	179	1.2e-06	28.7
TkA01G019170	`PF11187`	Mbeg1-like	111	184	0.044	13.9
TkA01G019170	`PF05728`	UPF0227	141	202	0.19	12.3
TkA01G019170	`PF01764`	Lipase_3	149	189	1.1e-08	35.8
TkA01G019170	`PF10230`	LIDHydrolase	149	190	0.055	13.9
TkA01G019170	`PF20408`	Abhydrolase_11	150	200	0.027	14.9
TkA01G019170	`PF12146`	Hydrolase_4	152	187	0.038	14.0
TkA01G019170	`PF12697`	Abhydrolase_6	159	210	0.035	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q680C0`	拟南芥	sp\|Q680C0\|GDL62_ARATH GDSL esterase/lipase At4g10955	56.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情