TkA01G016320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G016320

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 4159899-4163621 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2619 bp · TkA01G016320|TK1151|cDNA

ATAAAAACGATTTATGCGCAATATATTCTTTTCCACATAAGCCCCTCTCACCTCGCGAGTCCCCTCCCGCGCCTCCGCCATTCCCCCACCACCAATCTCCGTCCTCCTGTCGGGACCGCCATAACTGAGCTCTCCACCTAAAAGAATCTATCGACTCTGAAAACCTGTGAACCACCAAAGACATAACAATTGCAGCGTGCAGGAATTGTGACGGATACTTATGAATGGCGTGGAGGGAGCTTGGGAAAAAGAGCATTCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1476 bp · TkA01G016320|TK1151|CDS

ATGCCATCTGGCGCCTCCATCACCTTCCTGGACACCCCAGGCCACGCCGCGTTCAGCGCCATGCGTGCACGCGGCGCAGCCGTAACCGACATCGTCGTCCTCGTTGTCGCTGCGGACGACGGTGTCATGCCGCAGACGATCGAGGCGATGGCCCACGCCAGGTCAGCCGACGTCCCGATCGTTGTTGCAATAAATAAATGCGACAAACCTGCGGCAGACCCTAACAGGGTGAAAGTCCAACTGGCGTCTGAAGGACTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

491 aa · TkA01G016320|TK1151|PROTEIN

MPSGASITFLDTPGHAAFSAMRARGAAVTDIVVLVVAADDGVMPQTIEAMAHARSADVPIVVAINKCDKPAADPNRVKVQLASEGLPLEEMGGDVQVVEVSAVTKTGLDGLEEALLLQAELMDLKARVDGAAQAYVVEARLDRGRGPLVTALVKAGTLVVGQHIVVGAEWGKIRAIRDTTGKSTNHATPAMPVEIEGLKGLPMAGDDITVVDNEERARMLSVGRKKKMEKDRLRKMNEEKVSGNETVEEGGEGDDVAVVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G016320`
TK1151 ID	TkA01G016320
OH-1004 ID	LXL04_005799
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	96.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.352 / OH-1004 67.419 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G016320`
位置	Chr01:4159899-4163621 (+)
描述	Similar to infB: Translation initiation factor IF-2 (Parvibaculum lavamentivorans (strain DS-1 / DSM 13023 / NCIMB 13966)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005799` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003743 translation initiation factor activity 分子功能 GO:0003924 GTPase activity 分子功能 GO:0005525 GTP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	csc:Csac_2070 gox:GOX1582 mpo:Mpop_2819 msl:Msil_2295 pla:Plav_3628 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.630

排名 1 · TkA01G016320 · TK1151

细胞核0.317

排名 2 · TkA01G016320 · TK1151

线粒体0.079

排名 3 · TkA01G016320 · TK1151

细胞膜0.078

排名 4 · TkA01G016320 · TK1151

内质网0.069

排名 5 · TkA01G016320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01926MMR_HSR14-66 aa

PF00009GTP_EFTU6-116 aa

PF03193RsgA_GTPase26-115 aa

PF00025Arf31-111 aa

PF13500AAA_2632-75 aa

PF22042EF-G_D2132-211 aa

PF03144GTP_EFTU_D2146-168 aa

PF22042EF-G_D2220-256 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G016320	`PF01926`	MMR_HSR1	4	66	0.0066	17.3
TkA01G016320	`PF00009`	GTP_EFTU	6	116	3.5e-27	95.9
TkA01G016320	`PF03193`	RsgA_GTPase	26	115	0.017	15.6
TkA01G016320	`PF00025`	Arf	31	111	0.063	13.5
TkA01G016320	`PF13500`	AAA_26	32	75	0.017	15.7
TkA01G016320	`PF22042`	EF-G_D2	132	211	7.2e-21	74.8
TkA01G016320	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	146	168	0.0021	19.1
TkA01G016320	`PF22042`	EF-G_D2	220	256	7.2e-21	74.8
TkA01G016320	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	224	236	0.0021	19.1
TkA01G016320	`PF11987`	IF-2	260	354	2.4e-27	95.9
TkA01G016320	`PF13500`	AAA_26	326	365	0.017	15.7
TkA01G016320	`PF22042`	EF-G_D2	394	435	7.2e-21	74.8
TkA01G016320	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	395	460	0.0021	19.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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