TkA01G004350 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G004350

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 1146941-1152350 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3719 bp · TkA01G004350|TK1151|cDNA

AAATGTTGATGTCATTCTTCGTTTTCACATTCATGTTTGATTTTCAATTCTATCCCGCTCAAACCCTTCACTATCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCGTTGCACTCGATAATTGCATTTCTCTCTAGATTCATCTCACCCACACGAACCTTTGCTGGATCCGTTTTGCTGTCTGCCTTCACCATCCACGATTCAATCTATTGATCCATGATCGTTTTCCCTCTTTCTTTCTCACCTTGGCAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2280 bp · TkA01G004350|TK1151|CDS

ATGGATAATTTCCACATATACGAAGCCATCGGCCAAGGAAAATACTCCACGGTATACAAAGGGAGGAAGAAGAAAAGCGTTGAATATTTCGCAATCAAAAGCGTTGATAAATCCCATAAGAGCAAGGTTCTTCAGGAAGTTAGAATTCTTCACTCTTTGGATAATTCTAATGTACTCAAATTTTATGCTTGGTATGAGACTTCTGCTCATTTGTGGTTGATTTTAGAATACTGTGTTGGAGGTGACCTCCGTACATTACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

759 aa · TkA01G004350|TK1151|PROTEIN

MDNFHIYEAIGQGKYSTVYKGRKKKSVEYFAIKSVDKSHKSKVLQEVRILHSLDNSNVLKFYAWYETSAHLWLILEYCVGGDLRTLLEQDSKLPEDSVHDLARDLVRGLRYLHSKGIIYCDLKPSNILLDENGRTKLCDFGLSRKLSDISKTPSSLLPQAKRGTPCYMAPELFHDGGVHSYASDLWALGCVLYECYAGRPPFIGKEFTQLVKCILTDPTPSLPGNPSRPFANLVSSLLIKDPTDRIQWSEICTHAYWRTQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G004350`
TK1151 ID	TkA01G004350
OH-1004 ID	LXL04_005959
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.868 / OH-1004 71.780 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G004350

位置 Chr01:1146941-1152350 (+)

描述 Similar to RUK: Serine/threonine-protein kinase RUNKEL

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18700`	必需蛋白，在有丝分裂过程中无论是体细胞还是合胞体，细胞板扩展时调节纺锤体微管组织。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0000914 phragmoplast assembly 生物过程

GO:0003351 epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement 生物过程

GO:0007224 smoothened signaling pathway 生物过程

GO:0007349 cellularization 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010245 radial microtubular system formation 生物过程

GO:0010342 endosperm cellularization 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18700

hsa:54986

mmu:209012

pon:100173957

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.624

排名 1 · TkA01G004350 · TK1151

细胞核0.300

排名 2 · TkA01G004350 · TK1151

细胞膜0.100

排名 3 · TkA01G004350 · TK1151

高尔基体0.073

排名 4 · TkA01G004350 · TK1151

溶酶体／液泡0.066

排名 5 · TkA01G004350 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase4-256 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr5-252 aa

PF01163RIO133-141 aa

PF01636APH39-114 aa

PF03109ABC166-149 aa

PF14531Kinase-like84-197 aa

PF01636APH115-141 aa

PF22956PIK3R4-like_middle493-614 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G004350	`PF00069`	Pkinase	4	256	1.4e-65	222.0
TkA01G004350	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	5	252	4.8e-41	141.5
TkA01G004350	`PF01163`	RIO1	33	141	0.078	13.3
TkA01G004350	`PF01636`	APH	39	114	0.026	15.0
TkA01G004350	`PF03109`	ABC1	66	149	6e-07	29.6
TkA01G004350	`PF14531`	Kinase-like	84	197	4.1e-05	23.7
TkA01G004350	`PF01636`	APH	115	141	0.026	15.0
TkA01G004350	`PF22956`	PIK3R4-like_middle	493	614	0.15	11.5
TkA01G004350	`PF11865`	mTOR_dom	501	573	0.017	15.8
TkA01G004350	`PF24768`	ARM_ARMC5	503	614	0.0032	17.6
TkA01G004350	`PF24492`	HEAT_ECM29	541	621	0.0074	17.1
TkA01G004350	`PF02985`	HEAT	545	575	0.0029	18.4
TkA01G004350	`PF02985`	HEAT	588	616	0.0029	18.4
TkA01G004350	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	588	619	0.18	11.8
TkA01G004350	`PF11865`	mTOR_dom	635	707	0.017	15.8
TkA01G004350	`PF23227`	HEAT_MROH2B_C	649	727	0.18	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JY37`	拟南芥	sp\|F4JY37\|RUK_ARATH Serine/threonine-protein kinase RUNKEL	60.900%	Swiss-Prot	高置信

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