RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G001590
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 422091-422972 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

678 bp · TkA01G001590|TK1151|cDNA

ATGTCTGAGCTCAAGAAGTACTTCCATCGATTCGGATACCTCCAAATCCCTGACAACGTCGTAGATAACTTCACAGACGTATTCGATGATAGTTTCGAATCCGCAGTCCTCAACTACCAGAGGAACCTCGGGTTGACGGTGACTGGAAAGCTTGACGCCGGGACTGTCACACAGATCATGTCGCCGCGCTGTGGCGTAATAAACTTCACGGAAGCGGACGATTACTCGTCAGCAGACATCAAAATCGGATTTTACAAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

678 bp · TkA01G001590|TK1151|CDS

ATGTCTGAGCTCAAGAAGTACTTCCATCGATTCGGATACCTCCAAATCCCTGACAACGTCGTAGATAACTTCACAGACGTATTCGATGATAGTTTCGAATCCGCAGTCCTCAACTACCAGAGGAACCTCGGGTTGACGGTGACTGGAAAGCTTGACGCCGGGACTGTCACACAGATCATGTCGCCGCGCTGTGGCGTAATAAACTTCACGGAAGCGGACGATTACTCGTCAGCAGACATCAAAATCGGATTTTACAAAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

225 aa · TkA01G001590|TK1151|PROTEIN

MSELKKYFHRFGYLQIPDNVVDNFTDVFDDSFESAVLNYQRNLGLTVTGKLDAGTVTQIMSPRCGVINFTEADDYSSADIKIGFYKGDHGDGEPFDGVLGVLAHAFSPENGRLHLDEAETWAVDFESTKSKAAADLESVATHEIGHILGLAHTSVKDAIMYPSLSPRTKKVDLKIDDVEGIQALYGSKPNFRYSSLMESDLSSGWMVRSSTKWLTSLVLVMGFVL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G001590
TK1151 IDTkA01G001590
OH-1004 IDLXL04_006007
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)75.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 71.814
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G001590
位置Chr01:422091-422972 (-)
描述Similar to 1MMP: Metalloendoproteinase 1-MMP
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g45040 基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At4g16640 基质金属蛋白酶（MMPs）或基质酶可能在发育过程中或应对压力时参与胞外基质（ECM）的降解和重塑。 暂无已核实直接文献
At1g70170 基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At1g24140 基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At1g59970 基质金属蛋白酶（MMPs）或基质蛋白酶可能在发育过程中或应对胁迫时参与细胞外基质（ECM）的降解和重塑（相似性推测）。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006007 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006508 proteolysis 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程
GO:0030198 extracellular matrix organization 生物过程
GO:0030574 collagen catabolic process 生物过程
GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0080186 developmental vegetative growth 生物过程
GO:1900056 negative regulation of leaf senescence 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G24140
ath:AT1G59970
ath:AT1G70170
ath:AT2G45040
ath:AT4G16640
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.300
排名 1 · TkA01G001590 · TK1151
细胞膜0.189
排名 2 · TkA01G001590 · TK1151
细胞外0.165
排名 3 · TkA01G001590 · TK1151
内质网0.131
排名 4 · TkA01G001590 · TK1151
细胞质0.106
排名 5 · TkA01G001590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01471PG_binding_12-58 aa
PF01400Astacin15-39 aa
PF12388Peptidase_M5730-87 aa
PF00413Peptidase_M1067-186 aa
PF13582Reprolysin_3127-153 aa
PF12388Peptidase_M57129-154 aa
PF05572Peptidase_M43130-154 aa
PF16313DUF4953132-152 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G001590PF01471PG_binding_12582.5e-1144.3
TkA01G001590PF01400Astacin15390.4410.8
TkA01G001590PF12388Peptidase_M5730870.00318.0
TkA01G001590PF00413Peptidase_M10671861e-42146.4
TkA01G001590PF13582Reprolysin_31271530.008817.3
TkA01G001590PF12388Peptidase_M571291540.00318.0
TkA01G001590PF05572Peptidase_M431301540.02515.2
TkA01G001590PF16313DUF49531321520.005816.6
TkA01G001590PF13688Reprolysin_51371580.005917.5
TkA01G001590PF01400Astacin1381540.4410.8
TkA01G001590PF07998Peptidase_M541411730.007317.0
TkA01G001590PF12044Metallopep1411600.06312.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GWW6拟南芥sp|Q8GWW6|4MMP_ARATH Metalloendoproteinase 4-MMP46.100%Swiss-Prot中等置信
O23507拟南芥sp|O23507|1MMP_ARATH Metalloendoproteinase 1-MMP65.900%Swiss-Prot中等置信
O04529拟南芥sp|O04529|2MMP_ARATH Metalloendoproteinase 2-MMP63.300%Swiss-Prot中等置信
Q5XF51拟南芥sp|Q5XF51|3MMP_ARATH Metalloendoproteinase 3-MMP55.300%Swiss-Prot中等置信
Q9ZUJ5拟南芥sp|Q9ZUJ5|5MMP_ARATH Metalloendoproteinase 5-MMP49.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看