RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G000550
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 127187-132790 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3486 bp · TkA01G000550|TK1151|cDNA

TTAAAACTCAAGGGGGATTTCTGGAAGACGGAGTAATTCACAAAACCCTGCCTGCCCCTTTTATCTTCTTCTCCGCCCTCTCGACACTATCTCCTCCCTATCCGTTTACCACTATCTTCACTGAGTTCCTACCGTCGCCTCAACTCGCCGGAGCTTCACCGCAGAGGGGCAGGGTAGTCAGAAATTCACACCATGAACCCTTCGATTCTTCTGACACAACAGCCATCCTCTCCTCACCCAACCATCTTGTTCACTCCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3072 bp · TkA01G000550|TK1151|CDS

ATGAACCCTTCGATTCTTCTGACACAACAGCCATCCTCTCCTCACCCAACCATCTTGTTCACTCCATTTCTCAACCCTACACCTCTCAAAGTCACAACCAAATTTCTCACCTTCAATCACCGTCGGCACAGATACAGCTGCCGTGCGCCTTCCGTCCGTTGCTCGGTATCTTCATCCTCAGTAGACCAACCAACCACCACCGCTCCGGTAAACGATGTGTTTGGAGGGAAGAAGGAGCTGTCGGCATTCCAATCACTTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1023 aa · TkA01G000550|TK1151|PROTEIN

MNPSILLTQQPSSPHPTILFTPFLNPTPLKVTTKFLTFNHRRHRYSCRAPSVRCSVSSSSVDQPTTTAPVNDVFGGKKELSAFQSLVDSMSPAVRLASSVVVVAGAVAAGYGLGLRIGGTRNASLGGAVVLGAAGAGAVYALNSSVPEIAALSLHNYVAGSDPGALKKEDIESIASRYGVSKQNEAFSAELCDIYCRYVTSVLPSGGEDLKGNEADIIMKFKSSLGIDDPDAAAMHMEIGRRIFRQRLETGDREADAEQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G000550
TK1151 IDTkA01G000550
OH-1004 IDLXL04_036629
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)97.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G000550
位置Chr01:127187-132790 (+)
描述Similar to TIC110: Protein TIC110, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g06950 参与蛋白质前体输入叶绿体。
atTic110 functions as a scaffold for coordinating the stromal events of protein import into chloroplasts.2003 · DOI: 10.1074/jbc.m306367200
In vivo studies on the roles of Tic110, Tic40 and Hsp93 during chloroplast protein import.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02307.x
Arabidopsis tic110 is essential for the assembly and function of the protein import machinery of plastids.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.030700

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036629 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0045037 protein import into chloroplast stroma 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0031897 Tic complex 细胞组分
GO:0061927 TOC-TIC supercomplex I 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G06950
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.957
排名 1 · TkA01G000550 · TK1151
线粒体0.042
排名 2 · TkA01G000550 · TK1151
细胞核0.031
排名 3 · TkA01G000550 · TK1151
细胞质0.029
排名 4 · TkA01G000550 · TK1151
过氧化物酶体0.022
排名 5 · TkA01G000550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16940Tic11080-652 aa
PF05099TerB209-234 aa
PF22915ARMH5218-246 aa
PF22915ARMH5282-313 aa
PF22915ARMH5321-379 aa
PF22915ARMH5428-479 aa
PF12836HHH_3433-468 aa
PF22915ARMH5518-570 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G000550PF16940Tic110806521e-282939.6
TkA01G000550PF05099TerB2092341.79.7
TkA01G000550PF22915ARMH52182460.0004721.3
TkA01G000550PF22915ARMH52823130.0004721.3
TkA01G000550PF22915ARMH53213790.0004721.3
TkA01G000550PF22915ARMH54284790.0004721.3
TkA01G000550PF12836HHH_34334680.01516.1
TkA01G000550PF22915ARMH55185700.0004721.3
TkA01G000550PF05099TerB5315561.79.7
TkA01G000550PF05099TerB6646891.79.7
TkA01G000550PF20404DUF66947167810.1213.5
TkA01G000550PF05099TerB7547741.79.7
TkA01G000550PF16940Tic1107608921e-282939.6
TkA01G000550PF22915ARMH57628040.0004721.3
TkA01G000550PF05099TerB7918321.79.7
TkA01G000550PF22915ARMH57948310.0004721.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPR9拟南芥sp|Q8LPR9|TI110_ARATH Protein TIC110, chloroplastic63.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看