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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_039642
当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000020.1 坐标: 466581-474252 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2605 bp · LXL04_039642|LXL04_039642|OH1004|cDNA

TCAGTGTTCATATACACCGGAAGTTATGAGTAGCTGGAGGAGTCTGATTTTGAGAATCGGCGAGAAGTCGCCGGAATATGGCGGAACAGTCGATCACAAAGACCACATTGACGCATGCTTTGGTGCAGTTCGGCGGGAGCTTGAGCATTCCGAAGACGAAATCTTAACTTTTCTTCTTCAATGTTCTGAGCAATTGCCTCACAAAATCCCTCTGTATGGGACTGTGATTGGGTTATTGAACTTGGAAAACGAGGACCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2580 bp · LXL04_039642|LXL04_039642|OH1004|CDS

ATGAGTAGCTGGAGGAGTCTGATTTTGAGAATCGGCGAGAAGTCGCCGGAATATGGCGGAACAGTCGATCACAAAGACCACATTGACGCATGCTTTGGTGCAGTTCGGCGGGAGCTTGAGCATTCCGAAGACGAAATCTTAACTTTTCTTCTTCAATGTTCTGAGCAATTGCCTCACAAAATCCCTCTGTATGGGACTGTGATTGGGTTATTGAACTTGGAAAACGAGGACCTGGTTAAGAAAGTATTGGAGAACACGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

859 aa · LXL04_039642|LXL04_039642|OH1004|PROTEIN

MSSWRSLILRIGEKSPEYGGTVDHKDHIDACFGAVRRELEHSEDEILTFLLQCSEQLPHKIPLYGTVIGLLNLENEDLVKKVLENTHKSLQEALDSGDCNKIRISMRFLTVLMCSKVVQPSSLVVVFETLLSCAATIVDDEKGNPSWQSRADFYITCILSCLPWGGAELVEQIPEEMERVMVGIEAYLSIRRRVSDVGLSVFDDINKDKLHVEQDFVEDLWGRVQDLSKNSWKLESVPRPHLQYEAQLVAGKSHDFGSIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_039642
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_039642
位置JAJTUU010000020.1:466581-474252 (+)
描述Similar to ABH1: Nuclear cap-binding protein subunit 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g13540 帽结合复合物 的组成部分，与前体 mRNA 的 5' 帽共转录结合，并参与多种过程，例如前体 mRNA 剪接和 microRNA 介导的 RNA 介导的基因沉默。
An mRNA cap binding protein, ABH1, modulates early abscisic acid signal transduction in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1016/s0092-8674(01)00460-3
Localization, ion channel regulation, and genetic interactions during abscisic acid signaling of the nuclear mRNA cap-binding protein, ABH1.2002 · DOI: 10.1104/pp.009480
A link between RNA metabolism and silencing affecting Arabidopsis development.2008 · DOI: 10.1016/j.devcel.2008.04.005
Dual roles of the nuclear cap-binding complex and SERRATE in pre-mRNA splicing and microRNA processing in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802493105
Two cap-binding proteins CBP20 and CBP80 are involved in processing primary MicroRNAs.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn146

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0347200 帽结合复合物 (CBC) 的组成部分，与前体 mRNA 的 5' 帽共转录结合，并参与多种过程，例如前体 mRNA 剪接和 microRNA (miRNA) 介导的 RNA 介导的基因沉默 (RNAi)。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039642 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程
GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程
GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0000394 RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0000956 nuclear-transcribed mRNA catabolic process 生物过程
GO:0002191 cap-dependent translational initiation 生物过程
GO:0006370 7-methylguanosine mRNA capping 生物过程
GO:0006401 RNA catabolic process 生物过程
GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程
GO:0006408 snRNA export from nucleus 生物过程
GO:0006446 regulation of translational initiation 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13540
dgr:6566283
dmo:Dmoj_GI15172
dosa:Os03g0347200
hsa:4686
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.570
排名 1 · LXL04_039642 · OH-1004
细胞核0.390
排名 2 · LXL04_039642 · OH-1004
高尔基体0.126
排名 3 · LXL04_039642 · OH-1004
溶酶体／液泡0.093
排名 4 · LXL04_039642 · OH-1004
细胞膜0.081
排名 5 · LXL04_039642 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02854.26MIF4G27-222 aa
PF09088.18MIF4G_like343-466 aa
PF09090.18MIF4G_like_2501-820 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_039642PF02854.26MIF4G272222.6e-2693.3
LXL04_039642PF09088.18MIF4G_like3434666.1e-38131.3
LXL04_039642PF09090.18MIF4G_like_25018205.1e-32112.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIU2拟南芥Nuclear cap-binding protein subunit 163.690%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q10LJ0水稻Nuclear cap-binding protein subunit 158.891%Swiss-Prot强数据库同源证据

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