LXL04_039589 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039589

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000015.1 坐标: 541553-557618 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3848 bp · LXL04_039589|LXL04_039589|OH1004|cDNA

ATGGACAAGTCTTGGATGGGATCACAAAGAAATAGACAACCTTATATGAGGGGAGTTGAAGAATTTTTGGAATATGCGGTTTCAAATTTCAAGCTTTCTAACAACATCGATCCTCTAGAAATTCCATGTCCATGTATCAAGTGTGTGAACCACTTACCTCATTCGGTGCAATTGGTACGTGATCACTTAATCACACATGGAATTAATGAAACCTACACGAACTGGACATATCATGGAGAACAATACGATCCACCATTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

3624 bp · LXL04_039589|LXL04_039589|OH1004|CDS

ATGGACAAGTCTTGGATGGGATCACAAAGAAATAGACAACCTTATATGAGGGGAGTTGAAGAATTTTTGGAATATGCGGTTTCAAATTTCAAGCTTTCTAACAACATCGATCCTCTAGAAATTCCATGTCCATGTATCAAGTGTGTGAACCACTTACCTCATTCGGTGCAATTGGTACGTGATCACTTAATCACACATGGAATTAATGAAACCTACACGAACTGGACATATCATGGAGAACAATACGATCCACCATTACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1207 aa · LXL04_039589|LXL04_039589|OH1004|PROTEIN

MDKSWMGSQRNRQPYMRGVEEFLEYAVSNFKLSNNIDPLEIPCPCIKCVNHLPHSVQLVRDHLITHGINETYTNWTYHGEQYDPPLPYIVDDDFDMDTSYVVDSMDDTTEKPTDAAENEELVQAAEELFMDDPTKFREMLEDAEKPLYEGCPNFTKLSAIIQLLNLKKGNEMYSGTYEAKKAFKQLGSGYEKIHACVNRCILYRNEYENLTECPNCGKSRWKVDEQKNKIYENVPANVMWYFPIIPRMKRLKVEPGVMRH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039589`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039589

位置 JAJTUU010000015.1:541553-557618 (-)

描述 Similar to AGDP1: Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09320`	异染色质结合蛋白，优先结合长转座子并特异识别组蛋白H3的'赖氨酸-9'甲基化(H3K9me)标记，对二甲基化H3K9(H3K9me2)有更强亲和力。	Arabidopsis AGDP1 links H3K9me2 to DNA methylation in heterochromatin.2018 · DOI: 10.1038/s41467-018-06965-w Plant HP1 protein ADCP1 links multivalent H3K9 methylation readout to heterochromatin formation.2019 · DOI: 10.1038/s41422-018-0104-9

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039589 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000792 heterochromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0042393 histone binding 分子功能

GO:0140566 histone reader activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.787

排名 1 · LXL04_039589 · OH-1004

细胞质0.263

排名 2 · LXL04_039589 · OH-1004

细胞外0.032

排名 3 · LXL04_039589 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 4 · LXL04_039589 · OH-1004

内质网0.030

排名 5 · LXL04_039589 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13963.12Transpos_assoc3-80 aa

PF02992.21Transposase_21256-460 aa

PF13952.12DUF4216759-821 aa

PF05641.19Agenet965-1026 aa

PF05641.19Agenet1108-1165 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039589	`PF13963.12`	Transpos_assoc	3	80	2.2e-18	66.9
LXL04_039589	`PF02992.21`	Transposase_21	256	460	8.7e-78	261.1
LXL04_039589	`PF13952.12`	DUF4216	759	821	3.8e-20	72.9
LXL04_039589	`PF05641.19`	Agenet	965	1026	7.3e-17	62.3
LXL04_039589	`PF05641.19`	Agenet	1108	1165	7.3e-17	62.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q500V5`	拟南芥	Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1	25.185%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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