LXL04_039545 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039545

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000013.1 坐标: 678250-679842 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1593 bp · LXL04_039545|LXL04_039545|OH1004|cDNA

ATGCAAACCAGAATTTGGTCCCTGAAATGTCTTTTCTGTGGAAATCTTCGAGTACTTTACAAACCCAGAGCTCAAACTCTCATCCAATTCAAGCATATTGCATCTCTGATCCTCAATAAGCATGAAtcatcatcaaattttcgaACTTTTCACAACGAAAGTCATGAACATCCAGAGTCTTGTAGCGAAGGAAATCACGGATTTCTCCCATCGCCGGTACCAAGCAAGGATGAATCCTCCGCCATGGATAGCAAAGCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · LXL04_039545|LXL04_039545|OH1004|CDS

ATGCAAACCAGAATTTGGTCCCTGAAATGTCTTTTCTGTGGAAATCTTCGAGTACTTTACAAACCCAGAGCTCAAACTCTCATCCAATTCAAGCATATTGCATCTCTGATCCTCAATAAGCATGAATCATCATCAAATTTTCGAACTTTTCACAACGAAAGTCATGAACATCCAGAGTCTTGTAGCGAAGGAAATCACGGATTTCTCCCATCGCCGGTACCAAGCAAGGATGAATCCTCCGCCATGGATAGCAAAGCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

530 aa · LXL04_039545|LXL04_039545|OH1004|PROTEIN

MQTRIWSLKCLFCGNLRVLYKPRAQTLIQFKHIASLILNKHESSSNFRTFHNESHEHPESCSEGNHGFLPSPVPSKDESSAMDSKALEVQALLKQINGHHEIEQALTLLGLSVNEDLVLNILRRHRSDWKSAYLFFTWVSNSSGYSPGTGSYNEILDILGRFKRFTEVSQLLDEMSNKNNNLINERTYGVVVNRYAAAHKIEDAIDFFYKRKQFGLKLDLIAFQTLLLSLCRYKHVEAAEFLFHSKKHEFPHTIKTMNII...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039545`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039545

位置 JAJTUU010000013.1:678250-679842 (+)

描述 Similar to At3g15200: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15200

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15200`	预测含五螺旋重复的蛋白质 At3g15200。	暂无已核实直接文献
`At5g15010`	含五十二肽重复序列的蛋白 At5g15010，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g80550`	含有五三肽重复的蛋白 At1g80550，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g62470`	含五肽重复的蛋白 At3g62470，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g62540`	含五聚体重复蛋白 At3g62540，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039545 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80550

ath:AT3G15200

ath:AT3G62470

ath:AT5G15010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.849

排名 1 · LXL04_039545 · OH-1004

质体0.073

排名 2 · LXL04_039545 · OH-1004

细胞核0.068

排名 3 · LXL04_039545 · OH-1004

细胞质0.032

排名 4 · LXL04_039545 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_039545 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N152-311 aa

PF13041.13PPR_2254-300 aa

PF12854.14PPR_1285-315 aa

PF01535.27PPR290-320 aa

PF17177.11PPR_long291-451 aa

PF13812.13PPR_3311-368 aa

PF12854.14PPR_1318-350 aa

PF13041.13PPR_2322-371 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039545	`PF29070.1`	MSC6_N	152	311	2.6e-23	83.5
LXL04_039545	`PF13041.13`	PPR_2	254	300	3.5e-55	184.6
LXL04_039545	`PF12854.14`	PPR_1	285	315	8.4e-37	125.3
LXL04_039545	`PF01535.27`	PPR	290	320	3.3e-39	131.1
LXL04_039545	`PF17177.11`	PPR_long	291	451	2.9e-16	60.2
LXL04_039545	`PF13812.13`	PPR_3	311	368	3.6e-26	91.7
LXL04_039545	`PF12854.14`	PPR_1	318	350	8.4e-37	125.3
LXL04_039545	`PF13041.13`	PPR_2	322	371	3.5e-55	184.6
LXL04_039545	`PF23276.3`	TPR_24	329	389	2.9e-12	47.3
LXL04_039545	`PF29070.1`	MSC6_N	330	411	2.6e-23	83.5
LXL04_039545	`PF13812.13`	PPR_3	346	409	3.6e-26	91.7
LXL04_039545	`PF12854.14`	PPR_1	353	386	8.4e-37	125.3
LXL04_039545	`PF13041.13`	PPR_2	357	409	3.5e-55	184.6
LXL04_039545	`PF01535.27`	PPR	360	389	3.3e-39	131.1
LXL04_039545	`PF13812.13`	PPR_3	419	463	3.6e-26	91.7
LXL04_039545	`PF13041.13`	PPR_2	435	477	3.5e-55	184.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIL5`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g15200	45.842%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFQ4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g15010, mitochondrial	33.981%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M8M3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g80550, mitochondrial	31.358%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZP3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62470, mitochondrial	30.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3EAF8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g62540, mitochondrial	30.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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