LXL04_039328 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039328

当前版本: OH-1004 染色体: JAJTUU010000010.1 坐标: 3148258-3150208 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

708 bp · LXL04_039328|LXL04_039328|OH1004|cDNA

ATGGGTGATAGTCAGTACTCATTTTCTCTTACAACTTTCAGCCCTTCAGGAAAGCTTGTTCAGATTGAACATGCCCTAACAGCTGTTGGTTCTGGGCAAACTTCATTGGGAATTAAAGCTTCAAATGGGGTTGTAATTGCAACTGAAAAGAAGCTCCCATCAATCTTAGTCGATGAGACCTCTGTGCAAAAGATTCAGATTTTGACTCCTAATATTGGAGTTGTATATAGTGGCATGGGGCCCGATTCTAGGGTTTTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

708 bp · LXL04_039328|LXL04_039328|OH1004|CDS

ATGGGTGATAGTCAGTACTCATTTTCTCTTACAACTTTCAGCCCTTCAGGAAAGCTTGTTCAGATTGAACATGCCCTAACAGCTGTTGGTTCTGGGCAAACTTCATTGGGAATTAAAGCTTCAAATGGGGTTGTAATTGCAACTGAAAAGAAGCTCCCATCAATCTTAGTCGATGAGACCTCTGTGCAAAAGATTCAGATTTTGACTCCTAATATTGGAGTTGTATATAGTGGCATGGGGCCCGATTCTAGGGTTTTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

235 aa · LXL04_039328|LXL04_039328|OH1004|PROTEIN

MGDSQYSFSLTTFSPSGKLVQIEHALTAVGSGQTSLGIKASNGVVIATEKKLPSILVDETSVQKIQILTPNIGVVYSGMGPDSRVLVRKSRKQAEQYHRLYKEPIPVTQLVRETAAVMQEFTQSGGVRPFGVSLLVAGYDDKGPQLYQVDPSGSYFSWKASAMGKNVSNAKTFLEKRYTDDMELEDAIHTAILTLKEGFEGQISGKNIEIGVIEADKTFRVLTAAQIEDYLQEVE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039328`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039328

位置 JAJTUU010000010.1:3148258-3150208 (-)

描述 Similar to PAB1: Proteasome subunit alpha type-2-A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16470`	蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。	暂无已核实直接文献
`At1g79210`	蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0387100`	蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YVR7`	蛋白酶体是一种多催化蛋白酶复合物，其特点是能够在中性或微碱性 pH 条件下裂解与离去基团相邻的 Arg、Phe、Tyr、Leu 和 Glu 肽。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039328 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005839 proteasome core complex 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019773 proteasome core complex, alpha-subunit complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16470

ath:AT1G79210

ddi:DDB_G0292122

dosa:Os03g0387100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.714

排名 1 · LXL04_039328 · OH-1004

细胞核0.629

排名 2 · LXL04_039328 · OH-1004

线粒体0.045

排名 3 · LXL04_039328 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 4 · LXL04_039328 · OH-1004

过氧化物酶体0.030

排名 5 · LXL04_039328 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10584.15Proteasome_A_N6-28 aa

PF00227.32Proteasome31-213 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039328	`PF10584.15`	Proteasome_A_N	6	28	6.6e-09	36.0
LXL04_039328	`PF00227.32`	Proteasome	31	213	1.7e-59	201.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23708`	拟南芥	Proteasome subunit alpha type-2-A	93.191%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L4A7`	拟南芥	Proteasome subunit alpha type-2-B	92.340%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10KF0`	水稻	Proteasome subunit alpha type-2	89.362%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2YVR7`	水稻	Proteasome subunit alpha type-2	89.362%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情