LXL04_039154 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039154

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 60946473-60949782 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1776 bp · LXL04_039154|LXL04_039154|OH1004|cDNA

ATGGTGTTAGTGTCATCTGCAAGAGATTATATAAATCGAATGCTGCAAGATATTTCTGGCATGAAAGTTCTTATACTTGATTCCCAAACGGTTAGTGTTGTTAGTGTGGTGTATTCTCAGTCAGAACTTCTGCAAAAAGAAGTGTTTTTGGTAGAATTGGTTGATGCCATCTCCATGTCAAAGGAGTCCATGTCACATCTCAAAGCAGTTTATTTTCTGCGGCCCACATCAGAAAATATTCAGCATTTGAAACGTCAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1707 bp · LXL04_039154|LXL04_039154|OH1004|CDS

ATGGTGTTAGTGTCATCTGCAAGAGATTATATAAATCGAATGCTGCAAGATATTTCTGGCATGAAAGTTCTTATACTTGATTCCCAAACGGTTAGTGTTGTTAGTGTGGTGTATTCTCAGTCAGAACTTCTGCAAAAAGAAGTGTTTTTGGTAGAATTGGTTGATGCCATCTCCATGTCAAAGGAGTCCATGTCACATCTCAAAGCAGTTTATTTTCTGCGGCCCACATCAGAAAATATTCAGCATTTGAAACGTCAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

568 aa · LXL04_039154|LXL04_039154|OH1004|PROTEIN

MVLVSSARDYINRMLQDISGMKVLILDSQTVSVVSVVYSQSELLQKEVFLVELVDAISMSKESMSHLKAVYFLRPTSENIQHLKRQLAKPRFGEYNLFFSNMLNTTQLHILADSDEHEVVQQVQEFFADFVANEPYHFSLNTPSNYMYMLPAVIDPPNLQNYCDRIVDGVAAIFLAFKRRPVIRYSRTSDIAKRIAQEASKLMYQQESGLFDFRRTEISPLLLVIDRRDDPVTPLLNQWTYQAMVHELIGIKDNKVDLGN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039154`
TK1151 ID	TkA04G509600
OH-1004 ID	LXL04_039154
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 91.220 / OH-1004 98.768 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039154

位置 Chr09:60946473-60949782 (-)

描述 Similar to VPS45: Vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77140`	通过促进液泡分选受体再循环回反式高尔基网络（TGN），参与蛋白质向液泡的运输；可能作用于TGN处的囊泡融合阶段，而非从TGN至液泡前区室的运输阶段。	AtVPS45 is a positive regulator of the SYP41/SYP61/VTI12 SNARE complex involved in trafficking of vacuolar cargo.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.134361 Cell polarity and patterning by PIN trafficking through early endosomal compartments in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1003540

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030307 positive regulation of cell growth 生物过程

GO:0031338 regulation of vesicle fusion 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:2000067 regulation of root morphogenesis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77140

ddi:DDB_G0290213

hsa:11311

mmu:22365

rno:64516

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.669

排名 1 · LXL04_039154 · OH-1004

细胞核0.204

排名 2 · LXL04_039154 · OH-1004

细胞膜0.141

排名 3 · LXL04_039154 · OH-1004

高尔基体0.140

排名 4 · LXL04_039154 · OH-1004

溶酶体／液泡0.074

排名 5 · LXL04_039154 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00995.29Sec122-553 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039154	`PF00995.29`	Sec1	22	553	1.1e-122	411.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49048`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 45 homolog	83.831%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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