LXL04_039138 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_039138

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 60398982-60400301 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1320 bp · LXL04_039138|LXL04_039138|OH1004|cDNA

ATGGACTCGACCATCTTTGCTTTCTTCTTCATTGCTTTTCTTTCGACCACAAGAGCTTTTGATCCATGTCCATATTTAAAACCCAAATCGGATGGCTCAGATCTCTCTATCATCCACATCTCCGGTAAATGTTCACCATTCAACTCACCCAAACCGTCATCCTCATGGAGCACCACGGTCCTCAACATGGCCTCCAACGACCATCAAAGGCTAACCTTCTTATCGAGCATGGTTGCCAACAAGCCTATAACTTCGGTGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · LXL04_039138|LXL04_039138|OH1004|CDS

ATGGACTCGACCATCTTTGCTTTCTTCTTCATTGCTTTTCTTTCGACCACAAGAGCTTTTGATCCATGTCCATATTTAAAACCCAAATCGGATGGCTCAGATCTCTCTATCATCCACATCTCCGGTAAATGTTCACCATTCAACTCACCCAAACCGTCATCCTCATGGAGCACCACGGTCCTCAACATGGCCTCCAACGACCATCAAAGGCTAACCTTCTTATCGAGCATGGTTGCCAACAAGCCTATAACTTCGGTGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · LXL04_039138|LXL04_039138|OH1004|PROTEIN

MDSTIFAFFFIAFLSTTRAFDPCPYLKPKSDGSDLSIIHISGKCSPFNSPKPSSSWSTTVLNMASNDHQRLTFLSSMVANKPITSVPIAPGQVINIGNYVARVKLGTPGQLMFMVLDISADLAWVPCTGCTGCSSTLFSPNTSITYGPLDCTSSECVQAHGLSCPMSGPDSCLFNQSYGGDSSFLATLSHDFLQLANDTFPSYVFGCIGSVSGKSIPPQGLLGLGRGSMSILAQSGSFYSGVFSYCLPSFRSYYFSGSLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_039138`
TK1151 ID	TkA04G508050
OH-1004 ID	LXL04_039138
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_039138

位置 Chr09:60398982-60400301 (+)

描述 Similar to AED3: Aspartyl protease AED3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09750`	天冬氨酰蛋白酶AED3。	暂无已核实直接文献
`At5g10770`	可能与 AED1 不冗余，并且不参与水杨酸 (SA) 或系统获得抗性 (SAR) 信号的限制。	暂无已核实直接文献
`At1g01300`	天冬氨酰蛋白酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0186900`	参与绒毡层程序性细胞死亡的花药特异性天冬氨酸蛋白酶。	EAT1 promotes tapetal cell death by regulating aspartic proteases during male reproductive development in rice.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2396

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0043067 regulation of programmed cell death 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0098552 side of membrane 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01300

ath:AT1G09750

ath:AT5G10770

dosa:Os03g0186900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.452

排名 1 · LXL04_039138 · OH-1004

细胞膜0.221

排名 2 · LXL04_039138 · OH-1004

内质网0.120

排名 3 · LXL04_039138 · OH-1004

细胞质0.094

排名 4 · LXL04_039138 · OH-1004

溶酶体／液泡0.065

排名 5 · LXL04_039138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00026.29Asp98-435 aa

PF14543.12TAXi_N99-262 aa

PF14541.12TAXi_C285-434 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_039138	`PF00026.29`	Asp	98	435	1.5e-12	48.4
LXL04_039138	`PF14543.12`	TAXi_N	99	262	7.1e-31	108.5
LXL04_039138	`PF14541.12`	TAXi_C	285	434	3.3e-25	89.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04496`	拟南芥	Aspartyl protease AED3	62.676%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S9J6`	拟南芥	Aspartyl protease family protein At5g10770	31.395%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LNJ3`	拟南芥	Aspartyl protease family protein 2	32.308%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6F4N5`	水稻	Aspartyl protease 25	51.456%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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